Междоусобные войны XV–XVI вв. нанесли большой ущерб району Кинай и отрицательно сказались на производительности сельского хозяйства и доходах землевладельцев. Тем не менее, Япония вступила в период Токугава с определенными достижениями в развитии сельского хозяйства. Несмотря на междоусобные войны, во второй половине XVI в. шло, хотя и медленно, его развитие и увеличение товарного производства. Появились новые сельскохозяйственные культуры — табак, сахарный тростник, батат.
В период Токугава процессы социально-экономического развития деревни заметно ускорились. Положительным фактором явилось установление длительного мира — поля не разорялись, и крестьяне не отвлекались от сельскохозяйственных работ. Стимулировало развитие сельского хозяйства и увеличение городского населения за счет переселения самураев в дзё̄камати.
Освоение новых земель
Освоение новых пахотных земель приобрело при Токугава систематический характер. Сёгун и даймё̄, основу богатства которых составляли налоги, были заинтересованы в расширении площадей под посевы риса. В XVII в. городские купцы и местные богачи начали вкладывать деньги в освоение новых земель и сдавали их в аренду небольшими участками.
В начале XVII в. площадь обработанной (вспаханной) земли составляла 2 млн. 65 тыс. тё̄ (тё̄= 0,992 га), к середине XVIII в. — 2 млн. 971 тыс. тё̄, во второй половине XIX в. — 3 млн. 234 тыс. тё̄. Таким образом, к середине XVIII в. обработанная площадь выросла на 906 тыс. тё̄, а с середины XVIII в. до второй половины XIX в. — на 263 тыс. тё̄.
Такое замедление темпов прироста новых площадей объяснялось тем, что к концу периода Токугава в Японии почти не осталось мало-мальски пригодной земли, которая была бы не обработана или не заселена. Кроме того, разного рода инженерные работы (обустройство берегов рек, строительство дамб и водохранилищ, подводящих каналов орошения) и строительство новых деревень отнимали земельную площадь из-под посевов. Особенно активное строительство велось в 1601–1650 гг.
Развитие агротехники
Период Токугава отмечен техническими изменениями в области сельскохозяйственной техники, что способствовало значительному росту производительности труда и повышению продуктивности сельского хозяйства. Увеличился спрос на сельскохозяйственные орудия и различных инвентарь. Совершенствовалась система орошения, увеличивалось применение удобрений. Мотыга была заменена плугом (появился плуг с отвалом, пригодный для глубокой вспашки), домашний скот стал больше использоваться в качестве тягловой силы, что привело к увеличению производительности крестьянского труда и урожайности культур.
Развитие техники позволило в более широких масштабах вести работы по осушению заболоченных земель, на которых стали собирать большие урожаи риса. Увеличились посевы хлопчатника. Использование быков и лошадей в сельском хозяйстве позволило производить более глубокую вспашку, что также положительно влияло на урожай, и увеличило использование удобрений.
Рост посевных площадей и совершенствование агротехники позволили собирать по 2 урожая в год. Создались условия для интенсивного ведения сельского хозяйства, продукты стали выращиваться на продажу. Косвенно о возросших производственных мощностях сельского хозяйства свидетельствует значительный рост неаграрного населения, которое необходимо было кормить. С ростом городов повышалась роль деревни в обеспечении их сельскохозяйственной продукцией и сырьем для ремесленного производства, что, в свою очередь, способствовало развитию специализации в выращивании культур и рыночной активности.
Но следует учитывать, что экономический эффект в развитии сельского хозяйства главным образом создавался трудом крестьянина, за счет интенсификации его труда. Японский исследователь Хаями Акира назвал это «кимбэн какумэй» — «революцией трудолюбия». По его мнению, в период Токугава начал складываться стереотип современного японского отношения к труду. Так или иначе, японцы высоко ценили землю, ее было мало, поэтому они стремились с максимальной отдачей использовать каждый ее клочок.