Религиозное реформаторство и атеизм
Несмотря на постоянно принимаемые сёгунским правительством меры контроля над интеллектуальной жизнью страны, приостановить полностью движение общественной мысли было невозможно. В работах японских мыслителей этого периода легко обнаружить некоторые черты, которые можно определить как элементы формирования мировоззрения нового времени. Постепенно исчезала трансцендентная направленность религиозно-философской мысли, появлялся критический взгляд на установившуюся систему ценностей, возникал интерес к отдельной личности, до того полностью интегрированной в социальную группу.
Андо̄ Сё̄эки, известный конфуцианский ученый, порицал священнослужителей и монахов за то, что они, присвоив себе исключительное право толкования путей неба, торгуют истиной, чтобы жить не работая. В своем сборнике эссе «Истинные принципы природы» («Сидзэн синъэйдо̄») он дал развернутую критику феодального общества и нарисовал картину утопического крестьянского государства, где царят законы всеобщего равенства.
В тот же период ряд буддийских ученых приступил к серьезному критическому анализу канонических текстов. Дзиун Сондзя начал с этой целью изучение санскрита, в то время, как прежде богословы довольствовались китайскими текстами, и мысль о необходимости их уточнения не приходила им в голову.
Наиболее последовательную критику догматической теологии можно найти у одного из самых оригинальных японских мыслителей Томинага Накамото. Хотя его и нельзя назвать атеистом в полном смысле этого слова, он довольно близко подошел к этому по свои взглядам. Томинага проанализировал все 3 распространенные в Японии религиозно-философских системы и показал эволюцию их догматики в ходе исторического развития. В своих трудах «Об ошибках» («Сэцухэй») и «Записки старика» («Окина-но фуми») Томинага стремился раскрыть внутреннюю логику развития каждой из этих трех идеологических систем, принимая при этом во внимание язык, на котором излагались эти учения на различных этапах истории, а также национальный, социальный и культурный фон, на котором возникло и эволюционировало каждое из них. Он был единственным из буддийских богословов своего времени, который проанализировал противоречия, встречающиеся в различных сутрах, и объяснил их значение в социально-историческом аспекте. Это был уже научный подход к истории религии. Его критика буддизма была охотно использована представителями школы национальной науки, полностью проигнорировавшими при этом то обстоятельство, что Томинага религиозную доктрину синто̄ вообще не рассматривал как самостоятельную. В целом, Томинага пришел к выводу, что ни одна из религий не может претендовать на обладание абсолютной истиной.
Еще более радикальные взгляды высказывал последователь Томинага Накамото — Ямагата Банто̄, — вообще отрицавший существование богов и любых сверхъестественных явлений. Он не верил также в возможность загробной жизни, считая, что душа неотделима от тела человека и, следовательно, исчезает с его смертью. Тем более странным ему казалось приписывание души горам, камням, деревьям и т. д., как это имеет место в синто̄. В целом, по мнению Ямагата, для объяснения поведения человека и его жизни не следовало искать причин в чем-либо другом, кроме земной жизни.
Появление новых религиозных и философских учений
Движение религиозного реформаторства привело в тот период к возникновению ряда новых религий (сингаку, куродзумикё̄, тэнрикё̄ и др.), для которых было характерно стремление к рационалистическому толкованию религиозных догм, упрощение обрядности и отрицание религиозного формализма. Основатель учения сингаку («религии чистого сердца») Исида Байган проповедовал следование естественным законам и не придавал значения строгому исполнению установленного ритуала. Его учение, обращенное к 4-му, низшему в токугавском обществе, сословию, объективно носило демократический характер. Соответственно, Исида не принял на себя роли харизматического проповедника и всячески подчеркивал отсутствие непроходимой пропасти между священнослужителями и мирянами.
В работах некоторых ученых того времени наметился отход от метафизического метода мышления. Оригинальную диалектическую теорию можно обнаружить в трудах Миура Байэн, который считал главной задачей ученого осмысление целого, состоящего, как он полагал, из антитез (хан). Такими антитезами были для него, в частности, инь и ян, которые, находясь в противостоянии, тем не менее, должны восприниматься как единое целое, как синтез, обозначенный им термином «ханкан гоицу», т. е., выражаясь современным языком, единством противоположностей.