В XVII в. практиковалось переселение даймё̄ на новое место, что особенно часто случалось при первых трех сёгунах. Крестьяне активно протестовали против этого, поскольку новые даймё̄ вводили и новые налоги.
Симабарское восстание
30-е годы XVII в. были отмечены двумя мощными крестьянскими выступлениями, во многом определившими дальнейшую политику правительства в отношении иностранцев. Первое из них, произошедшее на о-ве Амакуса, было быстро подавлено, но уцелевшие его участники присоединились к Симабарскому (по названию п-ова на о-ве Кю̄сю̄) восстанию (1637–1638).
Симабарское восстание было самым крупным вооруженным выступлением в эпоху Токугава. До сих пор среди историков идет спор о том, что послужило непосредственной его причиной: налоги или гонения на христиан. Действительно, Симабарское восстание под христианскими лозунгами, а на знаменах восставших были христианские эмблемы. Но, скорее всего, оно было вызвано жестокостью нового даймё̄ Мацукура Сигэхара. Глава голландской фактории на о-ве Хирадо Н.Кукебакер в своем сообщении об этом восстании указывал, что большинство вассалов прежнего даймё̄ Симабара, Арима, не последовало за ним в новый район, а осталось на месте. Лишенные своих самурайских доходов, они формально превратились в крестьян, но по-прежнему хорошо владели оружием. Новый даймё̄ довел их обложение, как и всех крестьян, до чудовищных размеров, что, по мнению Кукебакера, и привело к восстанию.
Мацукура Сигэхара отбирал у крестьян весь рис, «до последнего зернышка». К неплательщикам он применял жесточайшие пытки и наказания, бросал в тюрьмы их жен и дочерей, которые часто умирали под пытками. Он первым применил изуверскую казнь мино одори («танец соломенного плаща»), при которой поджигали соломенный плащ, надетый на связанного крестьянина. А непосредственным поводом к выступлению послужила пытка, которой один из чиновников даймё̄ подверг дочь крестьянина на глазах отца. Тот не вынес этого зрелища и убил чиновника.
По материалам, основанным на хронике даймё̄ Мацукура, всего в боевых действиях приняло участие 23888 крестьян, из них 11552 женщины; помощь им оказали 3783 крестьянина, в том числе 1720 женщин. Вместе с крестьянами с о-ва Амакуса, о которых таких детальных данных в этой хронике нет, всего в старом замке Хага (в районе Симабара), который захватили восставшие, находилось более 30 тыс. чел. Среди них были и самураи-ро̄нин.
Поначалу у восставших было очень мало оружия, но они добывали его, захватывая у самураев. Власти оказались застигнуты врасплох. Сам даймё̄ Мацукура, согласно системе санкин ко̄тай, находился в Эдо. Власти соседнего княжества, к которым вассалы Мацукура обратились за помощью, отказались выступить без специального указания бакуфу — отправлять войска за пределы своих княжеств даймё̄ не имели права.
5 месяцев восставшие противостояли правительственным войскам. Подавить восстание и сломить сопротивление помогли голод (у осажденных кончилось продовольствие) и артиллерия голландского флота.
Все, кто укрывался в замке Хага, были перебиты. По официальным данным, потери правительственных войск составили 13 тыс. чел., но фактически они, видимо, были больше. Был наказан и даймё̄ Мацукура Сигэхара — его лишили владений.
Рост числа выступлений в XVIII в.
В XVIII в. положение крестьян ухудшилось, что вопреки всем запретам, усилило их бегство из деревни. В первой половине XVIII в. сёгунат издал несколько указов относительно «чистки» городов от беглых крестьян, что свидетельствовало о неблагополучии в деревне. Ухудшение климатических условий, стихийные бедствия, саранча вызывали неурожаи и приводили к голоду и росту цен.
В 1732 г. произошел голодный бунт в Эдо — год выдался неурожайный. Жители громили склады и дома рисоторговцев. Это был один из первых крупных бунтов городских низов в период Токугава.
В 1737–1739 гг. прошли бунты горняков на принадлежавших сёгунату рудниках Икуно. Причина заключалась в повышении цен на рис и снижении заработков. Пришлось вызывать войска из соседнего княжества. Бунт был подавлен, 32 зачинщика брошены в тюрьму.
Грандиозный голодный бунт, когда отчаявшийся народ стал громить рисовые склады и дома богачей, произошел и в мае 1787 года в Эдо. Он продолжался 5 дней. Официальные лица из 90 деревень, местные купцы, кредиторы, торговцы шелком сообщали о большом ущербе, причиненном их домам, лавкам и складам. Это были самые крупные беспорядки в Эдо со времени его основания.