Главным в этом договоре были статьи, касающиеся экономики, суть их сводилась к следующему:
— предусматривалось открыть в ближайшие 5 лет новые порты для захода американских кораблей: Канагава, Нагасаки, Ниигата и Хёго, где подданным США разрешалось арендовать землю и приобретать необходимые строения, но не возводить укрепления; в Эдо и О̄сака они могли проживать только с целью торговли. В двусторонней торговле исключалось посредничество правительственных чиновников, но ввиду ограничения права передвижения по стране (не более 40 км от места жительства) возрастала роль японских посреднических торговых фирм.
— вводилась система таможенных пошлин на импортируемые и экспортируемые товары. Их конкретные размеры устанавливались дополнительными правилами, согласно которым была разработана скользящая шкала тарифов. Все импортируемые товары делились на 4 разряда: 1) не подлежащие обложению пошлиной (золото и серебро, ввозимые для личных нужд иностранцев, одежда, домашняя утварь, книги; 2) облагаемые пошлиной в размере 5 % стоимости товара (материалы, необходимые для постройки и оснащения судов всех видов, ряд продовольственных товаров, шелк-сырец, паровые машины, некоторые металлы); 3) облагаемые 35 %-й пошлиной (все алкогольные напитки), 4) облагаемые 20 %-й пошлиной (все прочие товары).
Такая шкала тарифов отвечала, в первую очередь, интересам США. Она учитывала структуру американского экспорта, в котором львиную долю составляла продукция сельского хозяйства. Поэтому пошлины на нее были самыми низкими, а высокие устанавливались, например, на алкоголь, в котором была заинтересована Франция, или текстиль (20 %) — главный предмет экспорта Англии. Учитывая возможность изменения структуры американского экспорта в будущем, в соглашении по тарифам предусматривался их пересмотр, что и было сделано в 1866 г., когда 5 %-е пошлины были введены на все ввозимые товары, что, безусловно, ущемляло интересы Японии, лишая ее фактически таможенной автономии. На все японские экспортируемые товары устанавливалась пошлина в размере 5 %.
Кроме того, договор затрагивал политические и военные аспекты двусторонних отношений. И здесь США получали определенные преимущества. В частности, американский президент выступал посредником при возникновении конфликтов между Японией и другими государствами, что по сути являлось вмешательством во внутренние дела страны. Япония получала право закупать в США военные корабли и вооружение, приглашать военных советников, чем американская сторона не преминула воспользоваться и наводнила своими специалистами Японские острова. Американцам удалось включить статью, согласно которой беспошлинно и бесконтрольно можно было ввозить в открытые порты все необходимые для нужд их флота товары. Нельзя не упомянуть и статью об экстерриториальности, которая была одной из самых унизительных и ограничивала суверенитет страны. Она была включена Гаррисом еще в конвенцию 1857 г. При этом он использовал отсутствие дипломатического опыта у японцев и полное незнание ими основ международного права (им было незнакомо такое понятие, как консульская юрисдикция).
Обсуждение и подписание японо-американского торгового договора происходило в сложной внутриполитической ситуации, когда все более усиливался антисёгунский блок, который настойчиво требовал передачи всей полноты власти императору, Он выступал против заключения договоров с иностранцами, в чем был един с окружением императора.
Для усиления своей позиции в такой обстановке сёгун поставил во главе своей администрации Ии Наосукэ, — одного из влиятельных и способных деятелей той эпохи, имевший высший государственный титул тайро̄ (регент). Он сумел усмирить оппозицию, не прибегая к помощи иностранцев. Многие его противники были подвергнуты арестам, а некоторые казнены. Эти события известны, как «большие аресты годов Ансэй». В дальнейшем Ии Наосукэ, пытавшийся всеми средствами предотвратить падение сёгуната, был убит самураями из мятежного княжества Мито в 1860 г.
Будучи в принципе против открытия страны и установления тесных связей с иностранцами Ии Наосукэ осознавал, что у Японии нет другого выхода, как подписать японо-американский торговый договор, ибо страна не могла противостоять военному вторжению. Он старался решить этот вопрос с наименьшим ущербом для своей родины и пытался заручиться поддержкой даймё̄ и императора. Для этого он даже добился у Т.Гарриса отсрочки подписания договора на 3 месяца. Но ситуация изменилась в результате активизации иностранных держав на Дальнем Востоке. США, боясь, что кто-нибудь их сможет опередить, как всегда под угрозой применения силы, заставили подписать договор задолго до истечения этого срока.