Все долгое время своего правления Дайго сумел обходиться без регентов из дома Фудзивара. Впрочем, это не означало, что Фудзивара утратили свои позиции. Так, в первые годы правления Дайго одной из главных фигур в государстве являлся Фудзивара-но Токихира, хотя он и не был сэссё̄ и кампаку. При этом император и его советники часто оказывались не в состоянии противостоять силе и влиянию дома Фудзивара.
О сохранении влиянии Фудзивара свидетельствует судьба Сугавара-но Митидзанэ — одной из самых замечательных личностей эпохи Хэйан. Известно, что его род первоначально занимался изготовлением ханива, а потом стал «сведущ в книжной премудрости». Прадед Митидзанэ был наставником императора Камму, дед — видным ученым-конфуцианцем, организовавшим частную конфуцианскую школу, а отец возглавлял дайгакурё̄ — ведомство образования.
К 32 годам Митидзанэ был уже известным ученым и каллиграфом. Император-поэт Уда, чрезвычайно чтивший ученость, назначил Митидзанэ начальником дворцовых покоев, а вскоре — воспитателем наследника. Одновременно дочь Митидзанэ стала одной из жен императора. В 894 г. Митидзанэ был назначен главой посольства в Китай, но через несколько недель посольство было отменено, поскольку Митидзанэ доказал его нецелесообразность. В 898 г. Митидзанэ занял пост правого министра; до него только один ученый, Киби-но Макиби, занимал подобную должность. В 901 г. Митидзанэ получил 2-й придворный ранг.
Столь быстрая карьера была чревата опасностями, хотя Митидзанэ имел поддержку со стороны императорского дома, а также среди столичных чиновников, многие из которых были выпускниками конфуцианской школы, основанной его дедом Сугавара-но Корэёси. Давнее недовольство слишком быстрой карьерой Митидзанэ, его чрезвычайной близостью к императору привело к тому, что Фудзивара-но Токихира, в то время левый министр, обвинил его в заговоре с целью сместить императора и возвести на трон своего внука. Митидзанэ был лишен высших придворных рангов и назначен дадзайгон-но соти — «главным управителем» Цукуси, — что по сути означало ссылку. Там он и умер через 2 года.
Однако на этом история Митидзанэ не закончилась. На род Фудзивара обрушились различные беды, у императора в 923 г. умер наследник, и при дворе решили, что это гневается дух несправедливо обиженного Сугавара-но Митидзанэ. Ему посмертно вернули 2-й ранг. Но несчастья не прекратились, и тогда Митидзанэ был присвоен 1-й ранг и предоставлена должность дадзё̄ дайдзин (главного министра). В 947 г. в Китано, к северу от Хэйан, было построено синтоистское святилище, куда поместили его труды. В 988 г. он был канонизирован под именем Тэмман-тэндзин — покровителя наук и каллиграфии. Сугавара-но Митидзанэ был первым человеком, удостоенным официального обожествления. В «О̄кагами» по этому поводу говорится:
«Митидзанэ умер живя на Цукуси, но его дух отправился обитать в Китано, где в одну ночь вырос сосновый лес. Это место и есть современный храм Китано, где он является божеством. Храм посещают даже императоры и почитают его. На Цукуси он пребывает в храме Анракудзи, где настоятель и служащие назначаются императорским указом».
И сегодня культ Тэмман-тэндзин — один из популярнейших в Японии.
Из-за истории с Митидзанэ Фудзивара-но Токихира вошел в историю как «жестокий» правитель. Однако при этом он был человеком, достаточно трезво оценивавшим состояние дел в государстве, видевшим причины разрушения финансовой основы центральной власти. Своими указами 897–909 гг. он пытался остановить процесс превращения государственных земель в частные владения. Но он не смог добиться прочных результатов, поскольку даже его родственники всякими способами расширяли собственные владения и добивались иммунитетов.
После смерти Токихира в 909 г. на авансцену японской политики выдвинулся его брат Фудзивара-но Тадахира. В 930 г. он получил должность сэссё̄ при императоре Судзаку. Тем временем государственная система рицурё̄ продолжала разрушаться, в провинциях вспыхивали восстания. Так, в 30-40-х годах X в. произошло несколько выступлений «покоренных эмиси» в провинции Дэва, которые нанесли большой ущерб поселениям Ямато в этом районе. Однако самым крупным было восстание Тайра-но Масакадо, владевшего обширными землями на северо-востоке страны в провинциях Симоса и Хитати.