Сиракава умер в 1129 г., и императорский дом на 27 лет возглавил Тоба. Так же, как при его деде Сиракава, на троне за это время сменилось 3 императора: Сутоку, Коноэ и Госиракава. Сложные личные отношения, соперничество Тоба и Сутоку, обострившееся после отречения последнего, привели к событиям Хо̄гэн-но ран (смуты годов Хо̄гэн), в которых императорский дом утратил политическую власть, перехваченную новым сословием — буси (воинами).
Смута годов Хо̄гэн
События Хо̄гэн-но ран произошли в 1156 году, сразу после смерти отрекшегося императора Тоба. Причиной их стала, во-первых, вражда между Тоба и Сутоку и, во-вторых, противостояние, возникшее внутри правящей ветви дома Фудзивара (сэкканкэ).
Отрекшийся император Тоба, в целом, продолжал политику твоего деда по укреплению позиций императорского дома, особенно его экономического положения. В ин-но тё̄ он назначал людей из тех же домов, но гораздо больше внимания уделял императорского дома. Если после правления Сиракава осталось очень мало документов, свидетельствующих об образовании императорских сё̄эн, то Тоба, напротив, уделял увеличению земелькой собственности императорского дома большое внимание. Так, Хатидзё̄ин — одно из самых крупных императорских владений, созданных в то время, — состояло из 20 отдельных сё̄эн.
Пока императорский дом укреплялся, правящая ветвь рода Фудзивара пребывала в определенном кризисе. Судя по всему, ее глава Фудзивара-но Тададзанэ не принял факта политического усиления императорского дома при Сиракава, но его попытки восстановить былые позиции своего рода потерпели неудачу, и он покинул столицу и более чем на 10 лет удалился во владение Удзи.
В дальнейшем Тоба помирился с Тададзанэ, и вернул его в Хэйанкё̄. Пока Тададзанэ был не у дел, дом Фудзивара возглавлял его сын Тадамити, но после своего возвращения Тададзанэ стал готовить себе в преемники не Тадамити, а младшего сына Ёринага. Это посеяло семена вражды между братьями.
Одновременно обострился и вопрос о престолонаследии внутри императорского дома. Тоба мечтал передать власть по линии своего младшего сына Коноэ, но тот умер, не оставив наследника. По старшинству наследным принцем должен был стать сын отрекшегося императора Сутоку, внук Тоба, но Тоба и Бифуку Монъин (любимая жена Тоба и мать Коноэ) стремились передать трон приемному сыну принцу Морихито. Однако у Морихито был жив отец, Масахито, и по правилам именно он имел преимущественные права на престол.
В 1155 г. Масахито вступил на трон под именем императора Госиракава, а Морихито был провозглашен наследным принцем. По решению нового императора должность кампаку занял Фудзивара-но Тадамити. Предполагалось, что его младший брат Ёринага станет наставником наследного принца, но он отказался от этого. Таким образом, отрекшийся император Сутоку оказался вторично отставленным от власти своим отцом Тоба, а Тададзанэ и Ёринага также не получили желаемых постов. Их объединило недовольство политикой Тоба, и они задумали «добиться справедливости» силой.
Через несколько дней после смерти отрекшегося императора Тоба в 1156 г. императору Госиракава стало известно, что Тададзанэ и Ёринага собирают войска в своих владениях в Удзи. Тогда император отдал приказ Минамото-но Ёситомо захватить усадьбу Ёринага в столице. На улицах Хэйанкё̄ произошло сражение. В императорском войске отличился Тайра-но Киёмори, получивший за это 4-й придворный ранг и провинцию Харима в управление. Во время сражения Ёринага был ранен и вскоре умер, а Тададзанэ бежал в Нара, уступив таким образом все свои полномочия Тадамити. После победы правительство конфисковало все владения Ёринага. Отрекшийся император Сутоку был сослан в провинцию Сануки, где и умер в 1167 г.
Этими событиями завершился период непосредственного правления императорского дома, после чего началась борьба за власть между Минамото и Тайра.
Долгое время считалось, что японское государство периода Хэйан не имело сколько-нибудь определенной военной организации. Однако исследования последних лет показывают, что формирование новой социальной группы — военного служилого дворянства, или самураев — началось задолго до второй половины XI века, когда они выдвинулись на общественную авансцену.