Кроме «официальных» сил имелись еще и военные отряды аристократических домов (сёка-но хэйси). Их существование не было предусмотрено законодательством, но, видимо, именно они были наиболее боеспособны. В дневниках аристократов того времени встречается много упоминаний о схватках между такими отрядами, происходивших на улицах столицы. Императорский двор время от времени издавал малоэффективные указы, запрещавшие частным лицам пользоваться оружием. Вообще же, в X-XI вв просматриваются тесные связи между «официальными» и «частными» военными отрядами; предположительно, в них даже могли служить одни и те же люди.
Среди столичных жителей — как аристократии, так и ее окружения — было много первоклассных стрелков из лука и людей, искусно владевших мечом. Популярным развлечением тех лет были состязания в стрельбе из лука на скаку — ябусамэ. Аристократы-обладатели высоких рангов сами, как правило, не принимали участия в подобных состязаниях, но охотно обеспечивали своих лучших стрелков «конем и луком».
Провинциальные военные отряды были двух типов: отряды управителей и отряды местных знатных домов. Первые, в, свою очередь, состояли из частей непосредственного подчинения и «воинов провинции», так называемых куни-но цувамонодомо. В непосредственном подчинении находились приближенные к управителю представители провинциальной знати, которых, наверное, можно уже назвать вассалами. Кроме них, в отряды включались чиновники провинциальных управлений (дзайтё̄-но каннин), в обязанности которых входил контроль над изготовлением оружия в данной провинции. Самыми крупными отрядами обладали главы приграничных провинций севера и юга страны, а также побережья Внутреннего Японского моря.
«Воины провинции», видимо, были связаны с провинциальным управлением длительными отношениями: либо службой в пограничной страже, либо организацией охоты, либо участием в храмовых церемониях.
Что касается военных отрядов местных знатных домов, то их «частный» характер (как и в столице) проявлялся только в источнике содержания их воинов. Для государственные и «частных» военные формирований существовало строгое общее правило: они могли выступить только после получения письменного указа-разрешения императорского двора. Если это правило не выполнялось, то нарушитель объявлялся бунтовщиком, и государство направляло своего представителя для наведения порядка.
Отряды кэбииситё̄ и отряды управителей провинций содержались на налоги, собираемые центральной властью. По мере того как сумма поступавших в столицу налогов уменьшалась, воин переходили служить в отряды то̄рё̄ или служили в двух отрядах одновременно, поскольку то̄рё̄ стабильно обеспечивал своих воинов, а государственное ведомство давало им должность и ранг, определявшие их социальный статус.
Военные конфликты периода Хэйан были затяжными и кровопролитными. Оружие, которое использовали японские воины, оставалось практически неизменным: лук, стрелы, меч и копье. Во второй половине XI в. меняется техника ведения боя — все чаще упоминаются факты единоборств, т. е. форма присущая самурайским боям последующих эпох.
Период доминирования Минамото
Вскоре после смерти Фудзивара-но Митинага произошло восстание Тайра-но Тадацунэ. Оно началось в 1028 г. в провинциях Кадзуса и Симоса и по характеру было борьбой между Тадацунэ и Наоката за главенство в кантосской ветви дома Тайра.
Для наведения порядка в Канто̄ двор направил Минамото-но Ёринобу. В 1031 г. Ёринобу вернулся в столицу «с головой Тадацунэ» и его плененными сыновьями. Последним было даровано прощение: вероятно, центральная власть опасалась новых осложнений в Канто̄. Восстание нанесло огромный ущерб району, погибло много мирных жителей, было уничтожено множество полей, и на экономическое восстановление потребовалось долгое время. Одновременно, восстание продемонстрировало политическое и экономическое значение военной силы Тайра и Минамото, хотя пока еще регулируемой центральной властью.
Во второй половине XI в. японское государство потрясли войны на северо-востоке о-ва Хонсю̄.
Война 1051–1062 гг., вошедшая в историю под названием 9-летней, началась в провинции Муцу и так же, как предыдущие конфликты, происходившие в северо-восточной части страны официально интерпретировалась как противостояние «варваров» эмиси и культурного центра.