Поводом к началу военных действий был отказ Абэ-но Ёритоки, главы знатного местного рода, от уплаты налогов центральной власти. Род Абэ управлял несколькими областями в провинции Муцу по меньшей мере на протяжении 100 лет. В его владения входили бассейн р. Китакими и крепость Идзава — территории, покоренные Саканоуэ-но Тамурамаро в IX в. Представители рода Абэ занимали наследственные должности в провинциальном управлении, собирали налоги, поддерживали мир и порядок от имени центральной власти.
Губернатор провинции Муцу поднял отряды против бунтовщика, однако был разбит. Военные действия продолжались с 1051 по 1062 г. с переменным успехом. Окончательную победу правительственным войскам удалось одержать под руководством Минамото-но Ёриёси, сына Ёринобу, подавившего в 1031 г. восстание Тайра-но Тадацунэ. Ему были предоставлены широкие полномочия непосредственно привлекать провинциальные власти и различные военные отряды провинций без предварительного обращения к императорскому двору. Численность сил Ёриёси была небольшой (1–3 тыс. чел.), но, в отличие от военных действий IX в., столичные воины по мастерству владения луком и стрелами сравнялись с эмиси провинций Муцу и Дэва. На этой войне прославился Ёсииэ, старший сын Ёриёси, которого «варвары» прозвали «сыном Хатиман», бога войны.
Назначение Минамото-но Ёриёси управителем провинции Муцу и военным командующим, показывает, что правительство по-прежнему использовало военные отряды аристократических домов для выполнения государственных задач. Новым, однако, было то, что, в отличие от прежних командующих, ни Ёриёси, ни кто-либо из его ближайшего окружения никогда не служили в дворцовой страже, так что Ёриёси получил высокое назначение в значительной степени благодаря тому, что был известным воином. Новым было и то, что когда Ёриёси за свой успех был награжден должностью управителя провинции Иё (о-в Сикоку), он отказался отправиться к месту нового назначения до тех пор, пока не будут награждены 10 его ближайших сподвижников. Такое поведение было не чем иным, как проявлением нового типа социальных отношений, сложившегося к тому времени в доме Минамото — Ёриёси уже имел определенные обязанности как сюзерен. Это сыграло огромную роль в последующем возвышении рода Минамото.
В 1083–1087 гг. Ёсииэ, сын Ёриёси стал главным действующим лицом следующей, т. н. 3-летней войны, завершившей спор за главенство на северо-востоке. Его противником был тогда род Киёхара. В отличие от всех предыдущих конфликтов Киёхара не нарушили никаких законов центральной власти, продолжали исправно собирать и выплачивать налоги и выражать почтение двору. Поэтому, когда Минамото-но Ёсииэ доложил о победе, двор не только не наградил его, но определил этот конфликт как «личную месть Ёсииэ», лишил его губернаторства в Муцу и заставил выплачивать долги по налогам провинции за все годы войны. Ёсииэ выплатил весь долг только к 1096 г. Борьба между Киёхара и Минамото-но Ёсииэ, как часто бывает в истории, закончилась поражением обеих сторон. В результате спорную местность получила в управление одна из ветвей дома Фудзивара.
Впрочем, несмотря на непризнание двора, Ёсииэ стал знаменитым, уважаемым воином в районе Канто̄. Воины, сражавшиеся под его началом в 3-летней войне, продолжили служить ему и его потомкам. Выросло число его вассалов, увеличились земельные владения, поскольку многие мелкие землевладельцы коммендировали ему свои участки.
Отрекшийся император Сиракава, опасаясь дальнейшего усиления влияния Ёсииэ, в 1091 г. издал специальный указ, запрещавший землевладельцам коммендировать ему земли. Однако в конце концов Ёсииэ получил прощение и даже дозволение входить в личные покои императора. В целом же, история 3-летней войны и последовавших событий показывает, что сила центральной власти в конце XI в. была еще очень значительной.
Возвышение дома Тайра
Положение дома Тайра в XI в. при дворе было не таким прочным, как положение дома Минамото. Однако политическому возвышению Тайра способствовали как политические ошибки Минамото (старший сын Ёсииэ за грубость, допущенную по отношению к императорскому двору, был сослан в провинцию Сануки, откуда через некоторое время бежал в Идзумо, где поднял восстание, подавленное в 1108 г. Тайра-но Масамори), так и услуги, которые Тайра оказывали отрекшимся императорам Сиракава и Тоба. Тайра-но Корэхира еще в X в. получил земли в провинции Исэ, и с тех пор Тайра сделались самым сильным домом в Западной Японии.