Уже в 1871 г. все святилища были объявлены местами исполнения государственного ритуала. Была восстановлена строгая их иерархия, определенная в свое время кодексом «Тайхо̄рё̄» (начало VIII в.). Все храмы делились на 7 категорий. Первые три находились под непосредственным контролем дзингикан, другие состояли в ведении его местных отделений. Священнослужители назначались по решению дзингикан (особенно это касалось крупных святилищ), хотя ранее эти должности были наследственными.
В 1872 г. дзингикан был преобразован в ведомство религиозного образования, в ведении которого теперь находились не только синтоистские, но и буддийские храмы, а также деятельность других религиозных групп. Созданное при дзингикан святилище в честь покровителей императорской фамилии было перенесено на территорию дворца и передано в ведение специально учрежденного управления по делам церемоний. Ведомство религиозного образования разработало «Правила обучения», состоявшие из трех пунктов, которые определяли тематику проповедей; постепенно помимо религиозных вопросов она стала затрагивать широкие темы государственного устройства. Так шло внедрение религиозно-политической идеологии нового правительства в сознание масс. В 1877 г. ведомство религиозного образования было упразднено, а его функции переданы министерству внутренних дел.
Правительство стремилось к тому, чтобы синто̄ играл основную роль в государственных ритуалах и этике. Святилищам высшей категории было запрещено заниматься отправлением повседневных служб. Вменение им в обязанность исполнения государственного ритуала превращало синто̄ в государственную структуру, т. е. происходило его слияние с государственным аппаратом. Священнослужители фактически становились чиновниками. Управление по делам церемоний при императорском дворе стало заниматься вопросами отправления обрядов не только во дворце, но и но всей стране. Так создавался государственный синто̄, который, формально не являясь религией, занял главенствующее положение по отношению ко всем иным конфессиям. Даже исключительно влиятельный на протяжении веков буддизм был оттеснен на второй план.
Конституция 1889 г. провозгласила свободу вероисповедания, ни сделала это в весьма своеобразной форме. Ст. 28 гласила:
«Японские подданные могут пользоваться свободой вероисповедания в рамках, не нарушающих мир и порядок и не угрожающих исполнению их обязанностей как граждан страны».
Лаконичность этой статьи, безусловно, требовала комментариев, которые и были сделаны Ито̄ Хиробуми, председателем комиссии по выработке конституции:
«Хотя свобода вероисповедания… не подлежит каким-либо ограничениям, это положение остается в силе лишь до тех пор, пока проявления этой свободы ограничиваются рамками ума верующего. Однако в том, что касается внешних аспектов, таких как формы вероисповедания и способы проповеди, должны быть предусмотрены некоторые законные ограничения и правила, а также соблюдаться общие обязанности подданных».
На практике ограничения были весьма существенными, поскольку конституция законодательно закрепила «божественность» происхождение императора. В учебных заведениях запрещалось преподавание любых религиозных дисциплин, кроме догматов государственного синто̄. Таким образом культ императора утверждался в молодежной среде.
Большую роль в практике государственного синто̄ играли обряды, которым придавалось важное политическое значение. Они обеспечивали единство всей нации на основе понятия кокутай, центром которого был император. Именно ему принадлежала ведущая роль при исполнении главных синтоистских обрядов при дворе. Это были «большие обряды», а «малые» осуществлял главный священнослужитель дворового святилища.
Большая часть дворцовых обрядов была разработана заново. Древним был, пожалуй, лишь праздник вкушения первых зерен риса нового урожая. Важную политическую роль играли обряды, посвященные душам прошлых императоров, а также великих деятелей японской истории. В память о них строились новые святилища и учреждались новые праздники. Например, были возведены святилища в честь великих объединителей страны Ода Нобунага и Тоётоми Хидэёси (XVI в.).