Аналогичные петиции поступили от большинства княжеств. Каждое стремилось не упустить свой шанс вписаться в новую систему власти. Наряду с политической предусмотрительностью это решение даймё̄ было продиктовано веками воспитанной преданностью императорской династии. Император обладал своего рода «наследственной харизмой» в силу самого своего статуса.
Правительство, со своей стороны, делало все, чтобы избежать осложнений. Оно назначило бывших даймё̄ на посты наследственных губернаторов, выплачивало им пенсии в размере 10 % валового дохода с их прежних владений, а также взяло на себя обязательство погасить часть их долгов ростовщикам.
Все же с «возвращением страны и народа императору» резко усилилось вмешательство центрального правительства в управление княжествами. 8 июля 1869 г. положением об административной иерархии (сёкуинрэй) были установлены общие для созданных в бывших владениях бакуфу префектур и для княжеств служебные обязанности губернаторов и определен круг подчиненных им должностных лиц.
29 августа 1871 г. была совершена весьма важная реорганизация системы административно-территориального деления, которая в то время соответствовала формуле фу-хан-кэн, т. е. префектуры фу (столичные) и кэн сосуществовали с дореформенными княжествами (хан). Первоначально система префектур была учреждена лишь в бывших сёгунских владениях, но теперь императорским указом она была распространена на всю страну, а княжества полностью упразднялись.
Издание императорского указа об окончательном упразднении хан (хайхан тикэн) было вызвано тем, что в сохранившихся княжествах даймё̄ продолжали чувствовать себя полновластными хозяевами. При этом содержание этого документа ясно свидетельствовало о том, что центральная власть уже не особенно нуждалась в поддержке местных феодалов и, в целом, не опасались значительного противодействия с их стороны. В нем, в частности, говорилось:
«В настоящее время Мы окончательно и бесповоротно упраздняем княжества и превращаем их в имперские владения (префектуры) для того, чтобы сократить расходы, упорядочить государственный аппарат, избавиться от всего, что отжило, и ликвидировать основы сепаратизма, подтачивающие государственность».
В соответствии с указом в стране было создано более 300 префектур (кэн), в том числе 3 столичные (фу) — Токио, Киото и О̄сака, — в которых была введена особая система управления (особый статус Токио и О̄сака сохранился и по сей день). Вскоре, к ноябрю того же года, число префектур было сокращено до 75, а и 1888 г. — до 46.
С ликвидацией в 1871 г. феодальных княжеств была проведена очередная реформа правительства, перестроенного по формуле санъинсэй, т. е. по 3-палатной схеме. Новый государственный совет (дадзё̄кан) делился на 3 палаты — центральную (сэйин), занимавшуюся по указанию императора вопросами религии, дипломатии, войны и мира, заключения договоров; правую (уин), куда входили главы ведомств, и которая осуществляла административное руководство; и левую (саин), членов которой назначал император; ее функция состояла в подготовке рекомендаций по законопроектам центральной палаты.
Для практического управления страной были учреждены 8 министерств (сё̄) — по делам религии, иностранных дел, финансов, военное, образования, поощрения промышленности, юстиции, по делам двора. Кроме того при дадзё̄кан были введены должности советников (санги), которые заняли выходцы из юго-западных княжеств, том числе Кидо Такаёси, Сайго̄ Такамори, Итагаки Тайсукэ, О̄кума Сигэнобу.
Среди новых политических лидеров не было единства мнений относительно характера и структуры правительства. Источником беспокойства внутри правительства стало министерство финансов, компетенция которого была настолько широкой, что оно стало вторгаться и в более общие вопросы управления страной. На этой почве у него возникали конфликты с центральной палатой и другими министерствами. В 1873 г., когда представительная правительственная делегация (Ивакура, Кидо, О̄кубо, Ито̄ и др.) находилась в Америке и Европе, стараясь добиться пересмотра неравноправных договоров, оставшиеся на родине члены правительства, среди которых наибольшим влиянием пользовался Сайго̄ Такамори, вышли за рамки полномочий, оговоренных при отъезде делегации, и провели ряд реформ, направленных на ограничение полномочий министерства финансов и усиление роли центральной палаты.