В течение всего 1990 г. шла усиленная подготовка. Была создана комиссия по подготовке визита, которую возглавил вице-президент СССР Г.Янаев. Наиболее сложной была проблема выработки позиции по территориальному вопросу. Мнение большинства аналитических групп, в том числе из ЦК КПСС и МИД СССР, сводилось к целесообразности возврата к принципам советско-японской декларации 1956 г. и принятию за отправную точку договоренностей того периода.
Однако М.С.Горбачев, в конечном счете, не последовал этим рекомендациям. К началу 1991 г. его положение было уже непрочным, и он опасался предпринимать какие-либо шаги, способные дать дополнительный повод для критики в его адрес со стороны внутриполитических противников. В результате, в январе 1991 г. он принял самостоятельно решение проявить во время визита в Токио максимальную гибкость во всех вопросах кроме территориального, и не подтверждать обязательства по Совместной декларации 1956 г. о передаче Японии островов Хабомаи и Шикотан после подписания мирного договора.
В преддверии визита Горбачева с японской стороны было проведено зондирование возможности радикального решения территориального спора. Влиятельный функционер ЛДП Одзава Итиро̄ в марте 1991 г. приехал в Москву с предложением о пакетном решении вопроса: в обмен на передачу Японии островов Хабомаи и Шикотан и признание потенциального суверенитета Японии в отношении Кунашира и Итурупа Япония оказала бы СССР экономическую помощь в размере 28 млрд. долл. Это предложение не было принято, что явилось политическим поражением, прежде всего, лично для Одзава. Премьер-министр Кайфу не имел отношения к «тайной миссии» Одзава в Москву, и в лучшем случае был осведомлен о ее основных деталях.
Тем не менее, несмотря на отказ от радикальных шагов, совместное советско-японское заявление от 16 апреля 1991 г. содержало ряд принципиально новых моментов. В нем признавалось существование территориальной проблемы, подчеркивалась необходимость решения территориального спора как условия заключения мирного договора, впервые назывались все спорные острова, вводился режим их безвизового посещения, т. е., фактически, признавался особый статус этих островов для сторон:
«Президент СССР М.С.Горбачев и Премьер-министр Японии Тосики Кайфу провели обстоятельные и углубленные переговоры по всему комплексу вопросов, касающихся разработки и заключения мирного договора между СССР и Японией, включая проблему территориального размежевания, с учетом позиций сторон о принадлежности островов Хабомаи, острова Шикотан, острова Кунашир и острова Итуруп.
Проделанная ранее совместная работа и в особенности переговоры на высшем уровне позволяют констатировать ряд концептуальных положений: мирный договор должен стать документом окончательного послевоенного урегулирования, включая разрешение территориальной проблемы, открыть долгосрочную перспективу советско-японских отношений на дружественной основе, исключить нанесение ущерба безопасности другой стороны.
Советская сторона внесла предложение в ближайшее время осуществить меры по расширению общения между населением Японии и населением названных выше островов, установлению упрощенного, безвизового режима посещения этих островов японскими гражданами, налаживанию совместной взаимовыгодной хозяйственной деятельности в этом районе и сокращению советского военного контингента, размещенного на этих островах. Японская сторона заявила свое намерение в дальнейшем консультироваться по этим вопросам».
Это заявление стало последним крупным актом в 65-летней истории советско-японских отношений. Через полгода Советский Союз перестал существовать. Правопреемницей СССР в международных делах стала независимая Российская Федерация.
Россия унаследовала от СССР все его проблемы и, в частности, проблемы советско-японских отношений: отсутствие мирного договора и международно-признанных границ с Японией, недостаток прочных и доверительных политических контактов, взаимное недоверие и подозрительность, ориентация на цели и приоритеты, выходящие за рамки двусторонних отношений.