Вместе с тем развитие внешней торговли способствовало обогащению купеческой верхушки. Именно она, используя контакты с западными странами и их технический опыт, создала основу для развития первых капиталистических предприятий в судостроении, металлургии, прядильном и ткацком производстве. Одновременно шло перерождение части самураев низших рангов в буржуа. Например, в княжествах Сацума, Тё̄сю̄, Мито̄ именно самураи нередко становились во главе вновь создаваемых промышленных предприятий. Под внешним обликом самурая все чаще скрывался капиталист.
Следует отметить, что в последнее десятилетие существования сёгуната центральное правительство пыталось осуществить ряд реформ, которые затем были продолжены правительством Мэйдзи. После открытия портов несколько десятков молодых японцев были посланы для обучения за границу. Были отменены ограничения на строительство океанских судов. Началось строительство судоверфей и металлургических заводов на основе западных технологий, причем для финансирования этих работ правительство даже прибегло к займам во Франции и США. Всего за период 1854–1868 гг. в стране было создано около 50 предприятий тяжелой промышленности (судо- и машиностроительных, металлургических, оружейных и т. д.) и более 100 предприятий легкой промышленности.
Однако в целом «открытие» страны явилось тяжелым испытанием для японской экономики. Именно сложная экономическая ситуация, связанная с трудностями приспособления страны к мировому рынку после открытия портов, и привела к окончательному развалу сёгуната Токугава.
С 1854 г. духовная и политическая оппозиция режиму сёгуната стала быстро расширяться. В ней участвовали кугэ (придворная аристократия), тодзама-даймё̄ юго-западных княжеств, самураи как высших, так и низших рангов, верхушка нарождавшейся буржуазии.
Вместе с тем, оппозиция была далеко не едина. Участвовавшие в ней разнородные силы преследовали каждая свои собственные цели: кугэ — повышение престижа императорской власти; тодзама-даймё̄ — уравнение в правах с фудай-даймё̄; предприниматели — получение статуса, сообразного их реальному общественному весу. Важнейшую роль в начинавшейся борьбе против бакуфу играли региональные сепаратистские настроения и, одновременно, прямое соперничество между различными княжествами (например, между Тё̄сю̄ и Сацума).
Поэтому, несмотря на то, что борьба против правительства разворачивалась под лозунгом «то̄баку» («свержение бакуфу»), конечные цели борьбы против сёгуна различные ветви оппозиции понимали по-разному. Одна ее часть выступала за фактическое сохранение системы бакуфу, при том что политическую роль сёгуна стал бы играть император, другая — за полную ликвидацию всех институтов бакуфу в процессе реставрации императорской власти.
Объединяло оппозиционеров то, что все они ратовали за «изгнание варваров». Постепенно требование «почитания императора» (сонно — т. е. реставрации императорской власти) прочно соединилось с призывом к «изгнанию варваров» (дзё̄и), образовав сочетание сонно-дзё̄и, ставшее главным девизом оппозиции.
Призывы к «изгнанию варваров» нередко приводили к открытой конфронтации с Западом, сопровождавшейся убийствами иностранцев и ответными мерами (бомбардировки Кагосима в Сацума и Симоносэки в Тё̄сю̄ в 1863 и 1864 гг.).
Сёгун подвергался атакам со всех сторон. На него оказывали давление как приверженцы сонно-дзё̄и, так и западные державы, требовавшие еще шире открыть ворота страны. Кроме того ему приходилось иметь дело с императорским двором и периодически направлять войска против мятежных юго-западных княжеств, отношения с которыми особенно обострились в 1865–1866 гг. Положение сёгуната осложнялось восстаниями крестьян и городской бедноты, в том числе в крупнейших городах Эдо и О̄сака. Всего в 1864–1867 гг. произошло 80 крестьянских и 16 городских выступлений.