Представители княжеств разъехались на места, чтобы организовать переброску дополнительных войск в Киото. В ноябре в столицу во главе 3-тысячной армии вошел сацумский князь Симадзу Хисамицу. Вслед за тем начали прибывать войска и из других княжеств. Была сформирована антисёгунская армия под командованием Сайго̄ Такамори. Поскольку ее ядром были отряды князя Симадзу, оказывавшего тогда наибольшее влияние на императора, более умеренные представители других княжеств, такие как Гото̄ Сё̄дзиро̄, были вынуждены следовать в фарватере проводившейся им политики, даже не всегда полностью разделяя его позицию.
Несмотря на предварительную договоренность, бывшему сёгуну не предложили какого-либо важного поста в новом правительстве. Вместо этого его лишили всякой власти и потребовали передать императору земли дома Токугава и казну бакуфу.
Возмущенный таким поворотом дела Токугава Ёсинобу, несмотря на ранее сделанные миролюбивые заверения, решился на вооруженную борьбу. Он покинул Киото и отправился в О̄сака, который являлся важнейшим стратегическим пунктом, поскольку через него осуществлялась связь императорского двора с юго-западными княжествами. Именно через О̄сака войска антисёгунской коалиции могли получать оттуда подкрепления. Бывший сёгун направил императору письмо, в котором объяснял свои действия желанием избежать кровопролития. Но это был, скорее, маневр, также как и новые компромиссные предложения представителей юго-западной коалиции (отказ Токугава Ёсинобу от части фамильных земельных владений, возвращение в Киото с небольшой свитой, получение должности советника в новом правительстве). Обе стороны уже склонились решить дело силой оружия.
Отвергнув все предложения, Ёсинобу в конце января 1868 г. направил свои войска в Киото для «освобождения юного императора из рук его недостойного окружения», однако после 3-дневных боев в предместьях Киото был разбит. Он поспешил вернуться морем в Эдо и укрылся в своем, казалось, неприступном замке.
Поражение войск бывшего сёгуна ускорило окончательный распад системы бакуфу: все больше княжеств покидало ряды сторонников Токугава. Войска юго-западной коалиции, получили статус правительственных, а войска Ёсинобу были признаны мятежными, а он сам лишен званий и титулов.
В апреле 1868 г. был принят адресованный даймё̄ императорский указ под названием «О возвышении национального престижа государства». Он был призван обосновать право императора вершить государственные дела, придать законный характер военным действиям правительственных войск, а также поднять национальный престиж в глазах иностранных держав:
«Национальное достоинство и счастье народа зависят от выполнения Нами Нашего высшего долга, и Мы постоянно и неустанно направляем Наши помыслы по этому пути… Мы желаем продолжить деяния Наших мудрых предшественников и проводить политику, завещанную Нам покойным императором, обеспечивая мир в княжествах и в домах людей, содействуя тому, чтобы слава нашей страны воссияла за морями. В результате незаконных действий Токугава Ёсинобу страна распалась на отдельные части, и началась гражданская война, приносящая серьезные беды нашему народу. Поэтому мы вынуждены решиться на военные действия против него».
Правительственные войска, выступив из Киото, практически без сопротивления вошли в г. Сидзуока — родовое владение семьи Токугава, а затем достигли Эдо. Убедившись в безнадежности сопротивления и вняв советам наиболее дальновидных своих приближенных, Токугава Ёсинобу принял решение сдать город без боя. 3 мая 1868 г. правительственные войска вошли в замок Эдо. Бывший сёгун был отправлен под домашний арест в Сидзуока. Ему были оставлены земли в некоторых его прежних владениях, которые давали ему неплохой доход — 700 тыс. коку риса (1 коку=150 кг). Его вассалам была предоставлена возможность перейти на службу в правительственные войска. Тем самым решались две задачи: с одной стороны, Токугава окончательно лишался военной опоры, а с другой — предотвращался взрыв недовольства его бывших сторонников.
Правда, все еще оставались отдельные очаги сопротивления новой власти. В частности, главы ряда княжеств в центральное северо-восточной частях о-ва Хонсю̄ продолжали борьбу с правительственными войсками. Они использовали для этого не только свои военные отряды, но и местное население. Крестьяне должны были строить укрепления, поддерживать в хорошем состоянии дороги и, конечно, поставлять провиант. Многомесячные сражения шли в провинции Этиго на побережье Японского моря к северо-западу от Эдо. Часть отрядов сторонников Токугава из княжества Айдзу вернулись в родные места и, объединившись с рядом других северо-восточных княжеств (Сэндай, Намбу, Ёнэдзава), продолжали борьбу. Однако в конце октября 1868 г. пал их последний оплот — замок Вакамацу. При его защите особенно отличился отряд молодых самураев, называвших себя «белыми тиграми». Их подвиг был настолько широко известен как образец мужества и верности долгу, что в ходе боев с англичанами на бирманском фронте во время второй мировой войны одному из японских полков было присвоено название «белые тигры».