В период дзёмон совершенствуются и орудия рыболовства: появляется рыбная ловля с использованием сетей. В целом в прибрежной части Японии создаются условия для более благоприятного хозяйствования. Сложившийся хозяйственный комплекс, сумевший обеспечить, по крайней мере, частичную оседлость, не претерпевает принципиальных изменений вплоть до распространения поливного (заливного) рисосеяния. Получается, что культура дзёмон явилась ответом на изменения, произошедшие в климате. При этом большая плотность населения наблюдается в восточной Японии, более богатой рыбными и растительными пищевыми ресурсами. От периода дзёмон остались весьма крупные сооружения (жилые помещения диаметром до 30 м, циклопические кладки, масштабные кладбища), постройка которых требует кооперации значительного количества людей. Это говорит о высокой степени самоорганизации общества, не достижимой без достаточной плотности населения (численность населения архипелага в конце дзёмон оценивается в 1 миллион человек) и интенсивных информационных процессов в его среде. О том, что такие процессы действительно имели место, свидетельствуют как «миграции» орнаментов на керамике, в том числе из восточной Японии на Кюсю, так и наличие центров по производству каменных орудий, которые использовались на весьма значительном удалении от места производства. Обнаруженные крупные поселения свидетельствуют, во-первых, об оседлости (хотя бы и частичной) доземледельческого общества и, во-вторых, о высокой степени преемственности в выборе места поселения, что способствует обеспечению передачи различного рода информации.
Указанное выше единство трех хозяйственных комплексов начинает складываться в так называемый период яёй (III в. до н. э. — III в. н. э.), когда на территории архипелага получает стремительное развитие производящее хозяйство. В период яёй мощный поток переселенцев по преимуществу с Корейского полуострова приносит с собой культуру поливного риса, для выращивания которого природные условия архипелага — обилие водных ресурсов, влажный и сравнительно теплый климат — оказались весьма подходящими. С другой стороны, неравномерность природных условий, сложный рельеф местности и ограниченность равнинных участков, делали сельскохозяйственное освоение всей территории архипелага делом весьма трудоемким. Вместе с культурой поливного земледелия на архипелаге получают распространение также бронза и железо, появление которых в Японии практически не разделено во времени. Поток переселенцев был достаточно мощным и не встретил поначалу на своем пути существенных природно-естественных и культурных преград, обусловив стремительность и географию распространения поливного земледелия. Потребовалось всего лишь около полувека почти на весь архипелаг.
Культура яёй, однако, в отличие от дзёмона, распространяется уже не по всей территории Японии: Хоккайдо и Окинава, север Хонсю и юг Кюсю не входят в ее ареал. Там не прививается поливное рисосеяние и связанный с ним культурный комплекс, а продолжаются традиции дзёмона, что и предопределило их историческое отставание. Объяснение лежит на поверхности: климат севера Японии не благоприятен для рисоводства, а рыбные ресурсы настолько богаты, что не стимулируют поиск более интенсивных способов хозяйствования. Что касается Окинавы, то вопрос этот остается в японской исторической науке открытым. Мы же рискнем высказать предположение, что быстрый переход к производящему хозяйству, наблюдавшийся на основной территории Японии, был возможен только в условиях притока значительного количества переселенцев. Их же вынудили к передвижению неблагоприятные климатические и социальные факторы. Обретя землю на Кюсю, Хонсю и Сикоку, они тут же лишились всякого стимула к дальнейшему движению. Без иноэтнического и инокультурного вливания Япония, по всей вероятности, еще в течение длительного времени была бы страной рыболовов, охотников и собирателей. Распространение культуры яёй на Хонсю также не было равномерным. И если на юго-западе Японии рисосеяние укореняется очень быстро, то на востоке этот процесс протекает намного медленнее. По всей вероятности, здесь сыграли роль по меньшей мере несколько факторов: 1. Рисосеяние на северо-востоке в силу климатических условий менее эффективно, чем на юго-западе. 2. Поскольку условия для собирательства и морского промысла были более благоприятными на северо-востоке, то и заселенность этой части архипелага была традиционно выше, поэтому весь культурный комплекс яёй и его носители неизбежно должны были столкнуться с более мощной культурной инерцией, чем это наблюдалось на юго-западе. 3. Цикл рыболовства в более богатом рыбой северо-востоке Японии имеет своим пиком летний сезон, в то время как на юге сезонные миграции рыбы не так заметны. Это предопределило возможность и необходимость более специализированного морского промысла на севере архипелага и сравнительно плавный переход к производящему хозяйству на юго-западе, где хозяйственные последствия сезонного характера миграций рыбы смягчались широко распространенным собирательством моллюсков и водорослей. 4. Отказ (хотя бы и частичный) от рыболовства на севере принципиально сложнее, чем на юге, из-за большей потребности в белковой пище в условиях более сурового климата.