Между тем обстановка, в которой Бах двадцать семь лет жил и действовал в Лейпциге, казалось бы, совсем не соответствовала этому творческому расцвету. Она была во многом неблагоприятна для достойного исполнения его произведений, отягощала неполадками и неурядицами в организации музыкального дела в Thomasschule (школе св. Фомы) и церквах, которые обслуживались учениками-певчими, мелочными придирками начальства, борьбой мелких самолюбий в кругу консистории и магистрата и т. п. Баху отнюдь не приходилось выдерживать громкую общественную борьбу за свое искусство, как героически выдерживал ее Гендель в Лондоне, но он повседневно. и неизменно тяготился убожеством хоровых и оркестровых сил и мелочными служебными ограничениями. Хотя Лейпциг того времени принадлежал к числу передовых культурных центров страны, Бах тем не менее испытывал на себе непосредственно всю духоту и беспросветность немецкой провинции. И от того, что в Лейпциге действовали передовые немецкие философы Лейбниц, Кристиан Вольф и другие ранние просветители, общая провинциальность в управлении музыкальной жизнью не могла быть преодолена: городские власти (магистрат) и церковные (консистория) оставались далекими от какой бы то ни было широты воззрений и были не способны понять истинное величие Баха.
Вступая в свою новую должность, Бах обязывался обучать мальчиков в школе не только пению, но и игре на различных инструментах, сопровождать певчих на больших похоронных процессиях, преподавать латынь в школе, дежурить в интернате. В остальном заработок его зависел от свадебных месс и похорон, а также отдельных заказов на произведения к случаю. Thomasschule находилась в те годы в запущенном состоянии, ученики страдали от тесноты, грязи и болезней в интернате, были недисциплинированны, они постоянно простужались и портили голоса, когда пели на улице во время похоронных процессий. Из 55 учеников-певчих надлежало всякий раз набирать исполнителей для хоров в четырех лейпцигских церквах, причем солисты выделялись по мере надобности из этого же состава. Кроме того, Бах мог располагать еще 8 городскими трубачами и 18 — 20 исполнителями на других инструментах (2 — 3 первые скрипки, 2 — 3 вторые, 2 альта, 2 виолончели, 1 контрабас, 2 — 3 гобоя, 1 — 2 флейты, 1 — 2 трубы). И это было все, на что мог рассчитывать композитор при исполнении самых сложных, самых крупных своих произведений! Этими силами еженедельно исполнялась новая духовная кантата Баха. Они же были привлечены к исполнению «Страстей по Матфею» в 1729 году. Как раз тот год оказался особенно трудным для музыкальных занятий в школе: вопреки мнению Баха были приняты мальчики, не обладавшие музыкальностью. Если он до сих пор не ладил с университетским начальством и даже жаловался на него королю (что отнюдь не улучшало внутренних отношений), то теперь Бах вступил в конфликт и с магистратом, пеняя ему на плохое состояние хора. В ответ его же самого обвинили за отсутствие выдержки в руководстве и неумение укрепить дисциплину среди певчих. Осенью 1730 года Бах вновь настаивал в своей докладной записке магистрату на том, что из учеников школы только 17 «пригодны для музыки», 20 — еще не пригодны и 17 совсем не годны. Немецким музыкантам, — заключал он, — вообще приходится самим заботиться о пропитании, а потому они не могут и думать о самосовершенствовании. Все это написано смело, с достоинством и без общепринятых тогда уверений в почтении, преданности и т. п. Магистрат не только не внял Баху, но решился еще более стеснить его, ограничив его обычные доходы. Лишь благодаря руководству студенческим музыкальным обществом (Collegia musica) Бах с 1729 года смог привлекать студентов к участию в хоре и оркестре. Но магистрат и тут отказался восстановить стипендии, которые ранее выплачивались за это участие.
Прямой, решительный, неуступчивый характер Баха, его чувство профессионального достоинства (при большой внутренней скромности), его гневная вспыльчивость, нетерпение в борьбе с мелочными затруднениями, конечно, только усложняли его положение. В глазах окружающих это была всего лишь досадная строптивость кантора, то есть учителя, зависимого от школьного ректора, от магистрата, от консистории. Никому и в голову не приходило измерять его характер и его поведение иными мерками, единственно достойными гениальной личности .