Музыкальная деятельность Баха была в полном смысле многосторонней — композитор, органист, клавесинист, скрипач, педагог, знаток инструментов, изобретатель. Хотя современники, вероятно, того и не сознавали, признанное ими искусство Баха-исполнителя было всецело связано с его творческими исканиями. Именно творческие замыслы толкали его на поиски новых приемов исполнения: на редкость богатую регистровку на органе, развитое многоголосие на скрипке, требование плавности, певучести в игре на клавикорде, нововведения в аппликатуре. Общим творческим складом определялся характер импровизаций Баха на органе и клавире, одновременно смелых, вдохновенных, порою патетических — и стройных, совершенных по форме и полифонической технике. Немаловажное значение для Баха-исполнителя имело и то, что он прекрасно знал конструкцию инструментов, в ряде случаев стремился сам. усовершенствовать ее, тщательно изучал новые образцы. При экспертизе новых органов давал практические советы мастерам, порою предлагал новшества в конструкции. Не удовлетворенный сильным, но отрывистым и сухим звуком клавесина, певучим, но слабым звуком клавикорда, знакомый с ранними образцами фортепиано, он сам делал неожиданные опыты в этой области: по его заказу был, например, построен клавесин-лютня со струнами различной звучности (кишечными и металлическими). В доме Баха имелось пять клавесинов. Но для собственных занятий он все же предпочитал клавикорд. Впрочем, его звуковое воображение обгоняло технические возможности своего времени. Занимали Баха и струнные инструменты: он изобрел viola pomposa — пятиструнный инструмент низкого регистра, нужный ему, по-видимому, для рельефного выделения басовой партии в сопровождении арий. Для этого инструмента написана Бахом шестая сюита, присоединенная к пяти сюитам для виолончели соло.
Бах, несомненно, был замечательным педагогом — не школьным кантором, а учителем в самом высоком значении этого слова. В его глазах не только «Органная книжечка», «Клавирная книжечка Вильгельма Фридемана» (1720 — 1723), «Нотные книжечки для Анны Магдалены Бах», не только Маленькие прелюдии и фуги, Инвенции и Французские сюиты, но и оба тома «Хорошо темперированного клавира» и «Искусство фуги» имели педагогическое, образовательное значение. По словам учеников Баха (в том числе его старших сыновей), он ранее всего занимался с ними игрой на клавишных инструментах, сочиняя для этого небольшие пьесы (в исполнении которых добивался ясности удара и четкости пальцевой техники), показывал тут же, как исполняются украшения, и сам много играл, в частности, из первого тома «Хорошо темперированного клавира». Переходя к технике композиции, Бах сначала обучал правилам генерал-баса в четырехголосном сложении, следил не только за гармонической логикой, но и за плавностью голосоведения. И лишь после этого ученикам разрешалось приступать к сочинению двухголосной фуги. Таким образом, Бах начинал с гармонии и лишь затем переходил к полифонии. При этом он требовал, чтобы в полифоническом сочинении ощущалась ясная и естественная логика общего развития при индивидуальности каждого из голосов в их совместной беседе. Для Баха-педагога работа исполнителя над произведением, разбор его и наука о композиции сливались в одно целое. Создавая для учеников свои инвенции, он надеялся приохотить играющих и к композиции. Ни отвлеченных рассуждений, ни схоластики, ни догматизма не было в его занятиях. Объяснения его были просты, логичны и вытекали из огромного собственного опыта, из практики. Судя по дальнейшему творческому развитию сыновей Баха, его метод преподавания не стеснял художнической индивидуальности и позволял затем каждому обретать самостоятельность и двигаться дальше своим путем.
Последние десять-двенадцать лет жизни Баха прошли для него как бы в тиши внутренней сосредоточенности. Его мало затрагивало все, что касалось служебных обязанностей и взаимоотношений с магистратом. Он отошел от руководства студенческим музыкальным обществом. И радости, и порою горести его в значительной мере связаны были со вставшими на путь самостоятельной деятельности старшими сыновьями. Младший из них Иоганн Кристиан был любимцем отца и особенно радовал его своей музыкальной одаренностью. Сочинял Бах уже не так много, как раньше. Вместе с тем он стремился, видимо, подвести некоторые итоги сделанного, составив в 1744 году второй том «Хорошо темперированного клавира», вплоть до последних дней занимаясь редакцией старых сочинений, работая над «Искусством фуги». В 1747 году Бах вступил в «Общество музыкальных наук», основанное в 1738 году его учеником Л. К. Мицлером («Мицлеровское общество») в Лейпциге. Для этого он представил две ученые работы: канонические вариации на хорал и тройной канон на шесть голосов.