Авторитет Баха как мастера, артиста, педагога к концу его жизни стоял у немецких современников высоко; его чтили, он пользовался уважением. Но глубина его творческих прозрений оставалась еще не постигнутой, сочинения за ничтожным исключением не изданными. Почти все, что при жизни Баха появлялось о нем в печати, свидетельствовало о полном непонимании его художественных заслуг, самих масштабов этого творческого явления. Умный и передовой по своим эстетическим воззрениям И. Маттезон, хотя и высказывался о Бахе в общей форме весьма положительно, оставался все же равнодушен к нему и лишь критиковал его гениальную кантату «Ich hatte viel Bekümmernis» за частности декламации. Критик И. А. Шейбе писал о Бахе (в 1737 году, то есть после возникновения величайших созданий композитора) как о превосходнейшем исполнителе на клавире и органе и — как об авторе напыщенных и запутанных произведений, сложных, лишенных естественности, трудно исполнимых. По «тяжеловесной работе» (!) Шейбе сопоставлял Баха с К. Лоэнштейном, известным представителем барокко в немецкой литературе XVII века. Заблуждение критика хотя и непростительно, но до известной степени все-таки исторически объяснимо. Еще при жизни Баха в музыкальной культуре Западной Европы начали подниматься новые творческие направления, обозначились новые вкусы, связанные с тягой к более легкому, доступному, мелодически ясному искусству гомофонно-гармонического склада. К этим вкусам и направлениям в Германии ближе стоял тогда, например, Телеман (тем не менее глубоко ценивший Баха). Другие сторонники новых течений, быть может, и неспособны были со своих позиций воздать должное Баху: именно к ним принадлежал и Шейбе. Правда, И. М. Геснер, до 1734 года ректор школы св. Фомы, весьма лестно отозвался о Бахе в одном из своих примечаний к Квинтилиану; изредка Баху посвящались также стихи. Однако все это промелькнуло малозаметно и осталось в пределах узкой среды. В «Музыкальном словаре» И. Г. Вальтера (1732) заметка о Бахе (которого автор знал лично) очень невелика: в ней содержатся немногие биографические сведения и упомянуты единичные изданные сочинения.
В последние годы жизни ранее крепкое здоровье Баха стало слабеть. Резко ухудшилось его зрение. В начале 1750 года он перенес две операции на глазах, после чего совершенно ослеп. Однако ум его и чувства оставались ясными. Он пытался продолжать работу над редактированием своей музыки с помощью ученика и зятя (мужа старшей дочери) И. К. Альтниколя, продиктовал ему свою последнюю хоральную обработку на слова «Пред твой трон предстану я», словно она символизировала его собственный конец. 28 июля 1750 года Бах скончался от кровоизлияния в мозг.
«Мицлеровское общество» опубликовало в своей «Музыкальной библиотеке» (1754, IV, 1) некролог Баха, составленный его сыном Филиппом Эмануэлем и учеником И. Ф. Агриколой. Телеман посвятил памяти Баха сонет. Филипп Эмануэль издал «Искусство фуги» с предисловием Ф. В. Марпурга (1751), а Маттезон высоко оценил это «великолепное практическое произведение». Все же остальные сочинения Баха (кроме нескольких, изданных при жизни) находились в рукописях, оказались разделены между двумя старшими сыновьями, остались в Лейпциге или попали сначала в частные собрания. Вильгельм Фридеман Бах, ведший беспорядочную жизнь, небрежно отнесся к своей части рукописного наследия и распродал некоторые рукописи отца. В результате мало кто мог в XVIII веке знакомиться с музыкой Баха, она почти не исполнялась, а на фоне Новых течений и новых форм концертной жизни могла представляться даже старомодной. В наше время исследователям удается, однако, показать, что Бах не был забыт в XVIII веке: его ценили наиболее вдумчивые и проницательные музыканты (впрочем, всего лишь по отдельным произведениям). Музыку Баха как откровение воспринял Моцарт; с его сочинениями знакомил юного Бетховена К. Г. Нефе. Но постижение Баха в крупном масштабе началось лишь в XIX веке — со времени исполнения «Страстей по Матфею» молодым Мендельсоном в 1829 году, то есть через сто лет после их появления. Творчество Баха, временно заслоненное искусством следующего поколения, оказалось близко Бетховену и романтикам. Не сразу, однако, были собраны и изданы сочинения Баха. Эту задачу взяло на себя «Баховское общество», основанное в 1850 году в Лейпциге при участии Р. Шумана, М. Хауптмана (кантор церкви св. Фомы), О.Яна (археолог и музыковед, биограф Моцарта), К.Ф. Беккера (органист, профессор консерватории). По существу же распространение, исполнение и изучение музыки Баха с тех пор становится важной частью развития всей мировой музыкальной культуры и вовлекает в себя большие артистические и научные силы. Постижение Баха продолжается и ныне: композиторы, исполнители и исследователи XX века открывают в нем все новые ценности, новые импульсы для творчества и движения научной мысли, на его произведениях учатся музыканты всего мира. Передовое искусство нашего времени по праву и в полной мере наследует творческие традиции Баха.