Когда Иуда предает своего учителя и стражники уводят Иисуса, драматизм резко обостряется в дуэте сопрано и альта с хором (№33, Andante — Vivace, e-moll, с флейтами, гобоями и струнными). Солирующие голоса в напряженно-лирическом дуэте ведут скорбное повествование («...Луна и солнце затмились от скорби»), хор вторгается с громкими вскриками протеста... И наконец разражается буря в грозном Vivace с его простой и резкой темой, тяжелыми пассажами басов и стремительной перекличкой первого и второго хоров. Все в этой музыке — и живая острота сострадания и пафос грозы отмщения — проникнуто такой страстной, такой земной силой, что подобная драматическая концепция далека от благостного умиротворения, царящего в евангельском тексте. В отличие от такого открытого драматизма следующий, заключительный хор первой части (№35, E-dur, оба хоровых состава вместе, с флейтами, гобоями d'amore и струнными) носит трагический характер и соответственно подчиняется принципу единовременного контраста. Образное единство и обобщенность достигаются здесь богатым художественным сплавом многих выразительных сил и средств. Первичной основой этого хора стал хорал «О Mensch, bewein' dein' . Sünde gross» («О человек, оплачь свои грехи») с его темой покаяния и искупления. Одна за другой строки хорала звучат в партии сопрано. Три остальных хоровых голоса сопровождают их то в имитационном движении, то приближаясь к хоральному складу. Эти выразительные средства несут в себе более строгое, объективное начало. Главная же сила экспрессии сосредоточена в партии оркестра, единым током движения объединяющей всю композицию. Развитие здесь исходит из характерных интонаций вздохов-рыданий, потоки которых низвергаются в параллельном движении голосов оркестра, а волны вздымаются затем снизу вверх. С начала до конца не умолкает это биение прорывающихся чувств, не ослабевает пафос страдания и покаянной скорби. И одновременно все сдерживается темпом, звучанием хора, строгой линией хорала. По отношению к другим развернутым хоровым (или с участием хора) номерам (не хоровым репликам в драме!) этот хор образует кульминацию в развитии лирико-драматической линии «Страстей». В пределах первой части он как бы отвечает вступительному хору (e-moll — E-dur).
Во второй части «Страстей» сосредоточены важнейшие события и самые острые коллизии и потому речитативы и краткие хоры действия зачастую выходят на первый план. В развитии лирической линии заметно возрастает патетическая импровизационность, связанная с выражением скорбной страстности в ариях и ариозо. Когда заходит речь об отречении Петра (Иисус осужден на смерть, а апостол Петр по малодушию трижды отрекся от него), звучит лучшая ария «Страстей» — «Erbarme dich» («Сжалься», №47, h-moll, альт с концертирующей скрипкой), которая является высшей лирической точкой произведения. Главные трагические события впереди, но эта линия покаянной, терзающей скорби выше не поднимается. Основной тематизм арии показан в восьмитактовом инструментальном вступлении, а далее развертывается в контрапункте голоса с концертирующей скрипкой. Ария написана в движении сицилианы, с которой обычно связывались светло-идиллические образы. Но в контраст к жанру мелодия от характерных восклицаний lamento и опеваний-стонов переходит к патетическому выражению страстного до неистовства отчаяния (нарастающие волны синкопированных пассажей, «пронзительная» интонация увеличенной секунды). Этот, казалось бы, безудержный порыв чувств уравновешивается факторами иного порядка: сковывающей мерностью остинатного баса, словно крепкой рукой медленного темпа, средним регистром вокального звучания, «взвешенностью» и соразмерностью частей в структуре целого.
После первого хора «Распни его», ариозо и арии для сопрано вновь растет напряжение в подъеме лирико-драматической линии «Страстей». Три драматические точки выделяются на этом пути: эпизод бичевания Иисуса, шествие на Голгофу, Голгофа и распятие на кресте. Нервный пунктирный ритм «бичевания» пронизывает ариозо альта № 60, свободно отражается в арии альта №61, сочетается с импровизационным изложением в арии баса №66 и отголосками проходит в арии альта №70. Мотив «ударов бича» более чем изобразителен; он становится выражением роковой, подстегивающей движение силы, неотвратимой злой угрозы. При этом едва ли не вся вокальная партия в арии №61 сосредоточена на секундовых опеваниях. Трагический пафос выражен в арии баса «Komm, süsses Kreuz» (№66, d-moll, с солирующей виолой da gamba), но характер его совсем иной, чем в арии «Erbarme dich»: здесь нет места покаянной скорби, ибо шествие на Голгофу — путь мужественного страдания, символический образ несения креста-подвига.