Инструментальные сочинения Баха в огромном большинстве своем — произведения чисто светские, не зависящие от духовной тематики и не предназначенные для исполнения в церкви. Лишь органная музыка у него так или иначе связана с духовными текстами (хоральные прелюдии, вариации и другие обработки) и рассчитана на церковный орган (хотя бы и вне богослужения). Вместе с тем не только музыкальный тематизм, но и характер музыкальных образов в целом сближает, например, духовные кантаты с клавирными и органными пьесами, а интонационный строй отдельных прелюдий и фуг из «Хорошо темперированного клавира» иной раз соприкасается с характерными интонациями из мира «страстей». Поэтому Бах и мог так свободно заимствовать части своих инструментальных сочинений для инструментальных же (порою и вокальных) номеров в духовных кантатах. Самый тип импровизационно-патетического изложения, отмечающий патетику Баха в кантатах, «страстях» и мессе h-moll, широко выражен, например, в прелюдии-фантазии для органа g-moll (№ 542), в Adagio из сонаты для скрипки соло g-moll (№ 1001), в Grave из такой же сонаты a-moll (№ 1003), в прелюдии a-moll из II тома «Х.Т.К.», в Adagio из первого Бранденбургского концерта, в Хроматической фантазии. Скорбно-горестные интонации, сопряженные с воплощением большой группы определенных образов в вокальных произведениях, служат аналогичным целям и в инструментальной музыке. То же можно отметить и в отношении образов пасторальных или идиллических, победно-героических, величественных или оживленно-динамических. Однако инструментальные произведения, даже наиболее крупных масштабов, во время Баха и у него самого еще не могли воплотить такие глубокие и сложные концепции, какие были под силу «страстям» и мессе h-moll.
В рамках самой инструментальной музыки Баха протекает процесс постоянного взаимодействия и взаимообогащения различных ее областей, жанров и типов изложения. Баховское творчество в принципе синтетично в этом смысле, что не означает, впрочем, утраты его жанровой специфики. Во взаимодействии всех выразительных сил и средств своего искусства Бах достиг высшего предела, какого можно достичь, не стирая основных граней между областями и жанрами музыкального творчества. Путь Баха проходил в десятилетия, когда инструментальная музыка западноевропейских стран находилась уже на переломе от стиля XVII зека к новым творческим течениям, победившим в последней трети XVIII. При этом разные сферы и жанры ее развивались неодинаково и на разных уровнях по отношению и к старым традициям, и к новым процессам. Органная музыка, особенно в Германии, продвигалась вперед на основе старых традиций и развития полифонических форм. Клавирная испытывала все сложности переломного времени, еще не вполне порывая со старым в многообразных поисках нового — по меньшей мере в двух влиятельных направлениях (итальянская и французская школы). Активнее всего устремлялись вперед представители скрипичных творческих школ, особенно итальянской, работавшие также в области ансамбля и оркестра. В произведениях для органа, естественно, более сказывалась атмосфера музицирования в храме. Клавирные сочинения, существуя в камерной обстановке домашнего, салонного или придворного концерта, не были изолированы и от влияний театра, в частности оперного. Музыка для струнных инструментов всего более следовала за развитием мелодического мышления в вокальных жанрах и обретала силу непосредственного эмоционального высказывания, уже предвосхищавшего сентиментализм. Музыкальные формы как таковые тоже отражали на себе это существование на перекрестке двух эпох. Еще продолжалось развитие фуги и импровизационных полифонических форм, но уже шла кристаллизация сюиты, набирали силу циклическая соната и увертюра (sinfonia), в пору цветущей молодости вступал инструментальный концерт. Полифонические методы изложения и развития почти в любом случае соседствовали с иными, гомофонно-гармоническими, которые, однако, еще не достигли классической зрелости.
В этих условиях Бах не только стремился расширить свой личный творческий опыт, обогащая, например, клавирную музыку опытом органных импровизаций или сообщая порой органным сочинениям тонкость клавирной манеры. Он охватывал, изучал, постигал и перерабатывал новое повсюду, где оно проявлялось. Он не обошел французских клавесинистов, работая над сюитами, хотя и не подражал им. Он широко опирался на опыт итальянцев в сонатах и концертах, но и тут сделал собственные выводы. Что же касается фуги, прелюдии, полифонических импровизационных форм, Бах с юности овладел творческим наследием немецких композиторов и двигался далее свободно, уже ведя других за собой. Превосходно, практически владея спецификой различных инструментов, он не стеснялся в известной мере сближать склад их изложения в своем музыкальном письме, поручая, например, скрипке многоголосие, а клавиру — скрипичную фактуру.