Существовала еще одна область мысли, стремившаяся преодолеть эллинистический раскол между рационалистическими философиями и мистериальными религиями. В течение нескольких столетий после смерти Платона (середина IV в. до Р.Х.) многие философы постоянно обращались к его учению, сосредоточившись на его метафизических и религиозных аспектах и внося свои дополнения. В ходе этого процесса высочайшее трансцендентное качало стали называть "Единым"; по-новому акцентировали внимание на "бегстве от тела": подчеркивалась его необходимость для философского восхождения к божественной действительности; местопребыванием Форм стал считаться сам божественный Разум; заметно возрос интерес к проблеме зла и его отношения к материи. В III в. н. э. весь этот поток вылился в сочинениях Плотина, который, привнеся в платоновскую схему известную долю мистики и одновременно включив в нее некоторые стороны аристотелевской' мысли, сформулировал "неоплатоническую" философию, обладавшую значительной интеллектуальной силой и универсальным охватом. В Плотине греческая философия достигла своей завершающей точки, обратясь затем к новому, уже полностью религиозному сверхрациональному мистицизму. Очевидным становится и дух новой эпохи, психологические и религиозные ощущения которого в корне отличаются от духа и воззрений эллинской классики.
Ибо для Плотина рациональность мира и рационализм философского поиска являют собой лишь первую ступень восхождения к трансцендентному существованию, находящемуся по ту сторону разума. Неоплатонический Космос есть результат божественной эманации верховного Единого — бесконечного в своем бытии и недосягаемого для любых описаний, и категорий. Единое, именуемое также Добром, в полноте чистого совершенства производит "другое" — сотворенный Космос во всем его многообразии, — которое в порядке иерархических градаций, удаляется от этого онтологического средоточия до самых крайних пределов, какие только возможны. Первым актом творения стало отторжение от Единого божественного Разума (Nous) — пронизывающей Вселенную мудрости, которая содержит внутри себя архетипические Формы, или Идеи, обуславливающие и упорядочивающие мир. От Nous'a исходит Мировая Душа, каковая содержит в себе одушевляемый ею мир, является источником душ всех живых тварей и представляет собой промежуточную действительность — между духовным Разумом и миром материи. Эманация божественности, исходящая от Единого, — онтологический процесс, который Плотин сравнивал с излучаемым свечой светом, постепенно расходящимся и под конец исчезающим во мраке. Однако такие градации — не раздельные во временном и пространственном смысле миры: это различные уровни бытия, во вневременном порядке присутствующего во всех вещах. Три "ипостаси" — Единое, Разум и Душа, — не сущности, понимаемые буквально, а скорее некие духовные свойства, подобно тому, как Идеи — не различные "предметы", но разные состояния бытия божественного Ума.
Материальный мир, существующий во времени и пространстве и доступный чувственному восприятию, — это уровень реальности, наиболее удаленный от Божественной целостности. Будучи конечным пределом творения, он описывается в негативных терминах как царство множественности, ограниченности и тьмы, находящееся в последнем ряду онтологии, занимая нижайшую ступень действительного бытия, и олицетворяющее собой первоначало зла. Однако, несмотря на свое глубокое несовершенство, материальный мир определяется также и в положительных терминах: как прекрасное творение, как органичное целое, созданное и поддерживаемое во вселенской гармонии Мировой Душой. На пространственно-временном уровне он несовершенным образом отражает то достославное единство-в-многообразии, которое на более высоком уровне существует в мире Форм духовного Разума: ощущаемое сохраняет благородный образ умопостигаемого. Хотя зло и существует внутри этой гармонии, эта отрицательная действительность играет необходимую роль в великом замысле, ни в коем случае не затрагивая ни совершенства Единого, ни блага высочайшего философского "я".