Однажды Эмпедокл вместе со своими друзьями пошел в поле, недалеко от вулкана Этна, чтобы совершить жертвоприношение. И когда оно было принесено, они устроили пир, а после пира легли отдыхать. Утром, когда проснулись, друзья увидели, что Эмпедокла нет. И кто-то из друзей сказал, что ночью он видел яркий свет и слышал неземной голос, который позвал Эмпедокла, и учитель исчез. Все поняли, что Эмпедокл был прав, называя себя богом, и стали воздавать ему еще бóльшую честь. Однако же, как указывают другие авторы, через несколько дней после извержения вулкана в лаве была обнаружена одна из сандалий Эмпедокла. Таким образом, все решили, что Эмпедокл сам забрался на вулкан и бросился в жерло, чем объясняется и неземной голос, и сияние, которое было при извержении вулкана. Но может быть, это говорят злые языки, потому что другие источники свидетельствуют, что Эмпедокл просто споткнулся, сломал бедро, заболел и через несколько дней скончался. Он был похоронен в Пелопоннесе, где ему поставлен надгробный камень.
Как философ, Эмпедокл в трактате «О природе» говорит, что чувствам все-таки следует доверять. И что существует и движение, и множественность вещей — это очевидный факт, с которым следует не спорить, но на котором нужно основываться. Однако чувственные способности ограничены, ибо жизнь быстротечна, а разум наш слаб. Поэтому познать полностью все бытие человек не может. Поэтому Ксенофан и Парменид, рассуждавшие обо всем бытии, были неправы.
Так же как Парменид, Эмпедокл считает, что небытие не существует. Однако если небытие не существует, а существует лишь бытие, и движение при этом все-таки есть, то надо каким-то образом устранить те противоречия, которые возникли в философии Парменида. Поэтому Эмпедокл идет по пути, который проложили еще до Парменида философы, находя начало всех вещей в каких-либо стихиях. Он утверждал, что мир состоит из четырех стихий. Не какая-либо одна стихия главенствует, является началом, но все состоит из четырех стихий, которые он называет «корнями». Они «равны и все одинаково древнего рода». Кроме того, мир управляется всемирным законом — двумя силами, Любовью и Враждой. Когда побеждает Любовь, то все стихии соединяются воедино и мир предстает как некий единый Сфайрос, Шар, т. е. то бытие, о котором и мыслил Парменид. Но затем начинает побеждать Вражда. Элементы разъединяются, и возникает множественность вещей. То, что мы считаем возникновением и уничтожением, в действительности лишь соединение и разъединение стихий. Нет ни возникновения, ни уничтожения, потому что если возникает бытие, то оно может возникнуть только из небытия, а уничтожаться вещь может только в несуществующее, что невозможно. Под действием Вражды элементы начинают разделяться до окончательной победы Вражды, когда все элементы существуют раздельно. Потом опять Любовь начинает все соединять воедино и в какой-то момент побеждает Вражду, и мир вновь становится целым, неделимым бытием. Наш мир, в котором мы живем, — это тот мир, который формируется на третьем этапе — этапе победы Любви над Враждой. Эмпедокл, таким образом, соглашается с Парменидом в том, что невозможно возникновение и уничтожение, но добавляет, что существует разделение и соединение. И шарообразное парменидовское бытие тоже существует, но лишь тогда, когда полностью главенствует Любовь.
Эмпедокл впервые предложил и некую эволюционную гипотезу происхождения жизни. Вначале на земле появляются отдельные части тела: руки, ноги, головы и т. д. В результате случайного соединения их возникают различные организмы, многие из которых неспособны выжить, ибо состоят из непропорционального количества членов — сторукие чудовища или быки с головами человека и т. д. Выживают лишь те существа, которые могут питаться, размножаться и т. п., т. е. современные двуполые животные.
Эмпедокл пытался отстоять интересы чувственного познания, но понимал, что без разума чувственное познание тоже недостоверно: «Упрямо не верить неопровержимым доводам — смысл никчемных людей. Как велят тебе убедительные доказательства нашей Музы, так и считай, твердо признав учение в сердце своем» (фр. 27). От Эмпедокла же идет основной принцип познания, которому будут следовать многие века, — «подобное познаётся подобным». Он же впервые высказал предположение о постоянстве скорости света.