Мая 20-го дня соединенные русско-казацкие войска были уже у Перекопа, и хотя второй поход их на Крым не был так несчастлив, как первый, но все же результаты его были слишком невелики. Простояв у Перекопа несколько времени в тщетной надежде на предложение мира со стороны татар, русско-казацкие войска повернули от Крыма назад. Июня 1-го дня князь Голицын достиг речки Белозерки, левого притока Днепра, и расположился лагерем в виду Запорожской Сечи, желая дать отдых своим войскам. Простояв у речки Белозерки в течение нескольких дней, Голицын снялся с лагеря и поднялся выше в степь. Июня 12-го дня он дошел до речки Самары и остановился в виду Новобогородицкого городка.
В это время произошло печальное дело осады русскими войсками Самарско-Николаевского запорожского монастыря. Запорожские казаки, наружно примирившиеся с мыслью о построении на реке Самаре русских городков, в душе не переставали, однако, возмущаться против московского правительства за построение их, и в этом усердно поддерживали казаков иноки Самарско-Николаевского монастыря. Возмущение против русских поднято было каким-то монахом из польских шляхтичей и подготовлено еще раньше возвращения Голицына из второго похода на Крым. С возвращением же из Крыма князь Голицын решил искоренить всякую мысль о вражде иноков к русским и велел обложить войсками кругом весь монастырь. Тщетно кошевой атаман Иван Гусак хлопотал у Голицына и у его любимца гетмана Мазепы о помиловании иноков, русские войска, несмотря на все просьбы кошевого Гусака, «облегли крепким облежанием» весь монастырь, прекратили всякий выход из него монахам и вход в него посторонним лицам, захватили в свои руки всю монашенствующую братию и подвергли ее жестоким пыткам и истязаниям. После этого благосостояние Самарско-Николаевского монастыря надолго пало и из стен его немало разбежалось иноков, искавших себе спасения в дальних от Запорожья странах и в безопасных от всяких нападений обителях[122].
В это же время князь Василий Голицын, стоя в Новобогородицкой крепости, отдал приказание построить на реке Самаре в урочище Сорок Байраков, выше Вольного брода, обыскав место, новый город «со всеми городовыми крепостями и с оборонною от неприятелей твердынею, в которой бы крепости могло построиться и жить, кроме воеводского двора и церковного места, и казенных и зелейных амбаров и погребов, 500 человекам ратным людям пешого строя»[123].
Город этот заложен был после осмотра местности полковником Вильямом фон Заленом июня 20-го дня 1689 года и окончен июля 18-го дня того же года. Он построен был рейтарами и солдатами под руководством воеводы Ивана Вольшского и дьяка Макара Полянского «на угожом и оборонном месте, у вод, родников, лесов, сенных покосов, ровных и хлебородных полей». В нем возведены были: воеводский двор, приказная изба, казенный погреб, для полковых и хлебных припасов амбары, 50 для служилых людей изб, а по углам сделаны были особые выводы. Вокруг города сделан был ров и вокруг рва земляной в 600 сажен длины от поля вал или окоп; по тому валу устроены были караульные и проездные с верхним боем башни и поставлены рогатки, а по горе от реки Самары поделаны надолбы; по стенам поставлено было 50 раскатов, а с двух противоположных сторон устроено было двое, по две сажени ширины, ворот. Мерой весь город тот 376 сажен без 12 вершков; вышина городовой стены в пошве (подошве) 8 сажен; высота до щита – 2 сажени; щит по стене высоты с лицевой стороны у сажени, с внутренней стороны 1 сажень; всей вышины городовой стены со щитом полутретьи сажени. «А от города к реке Самаре, по обеим сторонам реки лес большой и учинен заповедник вниз реки по Великий курган, что ниже Вольного брода, а вверх по Великий буерак и по лесок, который вышел из большого леса в тот Великий буерак».