Второй период обнимает 1561–1590 гг. В это время прежде всего замечаем то явление, что по распоряжению герцога все профессора принимают на себя духовный сан. Всем им вменено в обязанность как можно чаще произносить проповеди. Профессорская корпорация увеличивается назначением четвертого профессора с титулом экстраординарного. В первое время этот профессор не имел определенной кафедры. Он замещал собой других профессоров, почему-либо не могущих быть на лекции. На этот период выпадают особенные заботы правительства о лучшем устройстве «герцогского стипендиума». Декретом 1559 г. умножено число стипендиатов. Они должны не только прослушать полный курс богословия, но и достигнуть степени доктора, и во все это время содержались за счет правительства. Через год появляются новые предписания относительно этих стипендиатов. Начальникам (супер-интендантам) стипендиума вменено в обязанность поощрять и поддерживать наиболее способных молодых людей. Подобных лиц запрещено было назначать на обыкновенные пасторские места. Чтобы не лишать права семейной жизни таких стипендиатов, им была открыта возможность поступить на диаконские места в Тюбингене и пасторские поблизости этого города. Этим давалась им возможность продолжать посещения лекций и после поступления на духовную должность. Кто из этих стипендиатов приобретал степень доктора богословия, тот получал высшую духовную должность, а его стипендия замещалась другим способным лицом на тех же условиях. Стипендиум, таким образом, должен был сделаться школой ученых богословов. Все эти предначертания не были приятной мечтой: они осуществлялись на деле. Один из пасторов того времени рассказывает, что сделавшись пастырем одного местечка близ Тюбингена, он имел в то же время предписания: время, свободное от своих пастырских занятий, употреблять на слушание лекций в университете. И он не только исполнял это, но и участвовал в богословских диспутах. Он даже испрашивает себе позволение от университета читать на вакации лекции о какой-либо ветхозаветной или новозаветной книге (т. е. лекции для желающих слушать, и не обязательные для студентов). Другой пастор из стипендиатов говорит о себе, что он составил тезисы по вопросам о лице Христа и Евхаристии, о первородном грехе и защищал их в продолжение целых четырех дней перед факультетом. — Число наук на факультете увеличивается введением в их круг практического богословия, которое состояло, впрочем, главным образом в диспутах о различных спорных вопросах современности. Правительство было не особенно довольно положением науки на факультете. Оно было недовольно тем, что профессора излагали свои науки слишком пространно и останавливались на одних каких-либо ее сторонах ко вреду для целого. Предписано было иметь в виду пользу студентов, а не собственную славу.
Дальнейший период истории школы (1590–1620 гг.) богат столкновениями факультета с правительством по вопросу о назначении профессоров. На открывшуюся вакансию профессора герцог Людвиг назначил своего стипендиата Гейльброннера. Это назначение не нравилось университетскому сенату (совету), потому что Гейльброннер возбуждал какие-то сомнения и недоразумения. Между университетом и правительством возникают препирательства, результатом которых было то, что этот кандидат был устранен. Длинную историю вызвало другое герцогское назначение. В то время когда на богословском факультете был полный комплект профессоров, но никто между ними не носил достоинства канцлера (должность вроде ректора наших Академий), герцог вдруг назначает в эту должность аббата Андрея Озиандера. Вследствие этого четвертый из наличных профессоров оказался за штатом (всех профессоров, включая и канцлера, который тоже был профессором, по штату полагалось четыре). Возникло затруднение. Младший из профессоров выходит в отставку. Но этим дело не ограничилось. Так как по штату было три профессора ординарных и один экстраординарный, то, по выходе в отставку младшего, экстраординарного, один из ординарных профессоров должен был перейти на вакансию экстраординарного; кроме того, должна была произойти перетасовка в самом преподавании наук, ибо с должностью канцлера соединено было преподавание определенных наук, и потому один из профессоров должен был уступить новому канцлеру свои предметы преподавания. Само собой понятно, что профессор, переходящий на должность экстраординарного, должен был терпеть и материальный ущерб: он должен был получать теперь меньше прежнего на 50 гульденов и на два ведра вина в год. Университет по этому случаю вошел к герцогу с самыми решительными объяснениями. Но это только раздражило герцога. Герцог не без насмешки отвечал университету, что вся буря поднялась лишь из-за 50 гульденов и двух ведер вина. Это подлило масла в огонь. Университет отвечал герцогу, что дело вовсе не в гульденах и в вине, а в тяжелом оскорблении, какому подвергнется корпорация. Герцог прислал своих комиссаров, чтобы уладить дело. Но мира все не было. Тогда сам герцог Фридрих с блестящей свитой пожаловал в университетский совет и положил конец препирательствам. Все три прежних профессора богословия удержали свою ординатуру, канцлер Озиандер также вступил в университет.