К замечательнейшим явлениям в жизни богословского факультета этого времени нужно отнести еще следующее: число проповедей, какое должны были произносить профессора, было еще увеличено. В тот день, когда известный профессор произносил проповедь, он освобождался от лекций. В положении наук произошло то изменение, что экстраординарному профессору назначен определенный предмет для лекций — догматика (compendium locorum theologicorum). В статутах факультета этого времени заслуживает внимание узаконение относительно вакаций. На факультете прежде всего были вакации, общие с другими факультетами; они состояли: из 18 дней рождественских, от праздника Фомы до Богоявления, из 7 дней среди поста от estomihi («пусть будет мне». Здесь и ниже это, по всей видимости, начальные слова из различных католических богослужений во время поста. — Ред.) до invocaverit («призвал (бы)» [или: «призовет»]), из 23 дней пасхальных, от Вербной субботы до misericordiae («милосердия»), из 8 дней праздника Пятидесятницы, из 36 дней собственно каникул, которые начинались 6 июля, наконец из 20 дней осенью со дня Михаила до дня Луки, следовательно, всего каникулярных дней было 112 или 16 недель. Кроме того богословы, а равно и медики, в разное время года имели еще 15 праздничных дней.
Делая общую характеристику состояния науки в рассматриваемый период, Вейцзеккер замечает, что богословские диспуты, к которым обязывались профессора и студенты, составляли собой упражнения в полемике, которая тогда господствовала в богословской литературе. Диспуты перешли в чисто формальное искусство спорить. В лекциях первое место занимал по-прежнему экзегезис, но, несмотря на всю ученость профессоров, понимание библейских книг оставалось без существенного прогресса.
Четвертый период (1620–1650 гг.) характеризуется упадком факультета ввиду продолжительной войны, которая отягощала Вюртембергское герцогство. Факультет пустеет, так что к концу этого периода он нуждался в полном восстановлении. Из обстоятельств Тюбингенской школы этого времени нужно в особенности отметить старания ее теологов предохранять себя от вторжения ересей. Один из профессоров факультета, Николаи, начал увлекаться по христологическим вопросам мнениями Менцера, господствовавшими в Гессенском университете и близкими к древнему несторианству. Тюбинген в это время славился ортодоксией, и такое явление, как Николаи, глубоко оскорбляло религиозное чувство тюбингенцев, тем более что он начал встречать себе сочувствие в других лицах. Начались споры между Николаи и прочими профессорами. Николаи вынужден был наконец объявить, что он отвергает сочинения Менцера. Но впоследствии оказалось, что раскаяние Николаи было неискренне. Начались еще большие смуты между богословами. Ортодоксалы выступили с открытыми опровержениями нового заблуждения. Вмешивается в дело сам герцог Иоанн Фридрих и входит в личные объяснения с Николаи. Последний вынужден был решительно отказаться от заблуждения и выступить в качестве борца против Менцера, но все-таки положение его в университете было крайне неприятно, и он оставляет профессуру. С подобной же ревностью университет борется и против католицизма. Когда один из бывших членов Иезуитского ордена, Рейгинг, обратился в протестантство и был назначен по воле герцога экстраординарным профессором на факультете, то ему вменено было в обязанность строго следовать протестантскому учению. И свои лекции, и свои сочинения он должен был наперед отдавать на цензуру богословскому факультету и консистории. На него также был возложен труд литературно опровергать свою прежнюю Церковь, а именно, он должен был подвергнуть критике свое собственное сочинение, написанное, в интересах католицизма, против одного дрезденского протестантского богослова, а чтобы он мог сделать это скорее, он был освобожден от лекций. В это время видим также ревностную заботливость об охранении православия студентов. Когда было замечено, что между студентами появляются кальвинические идеи, то предписано было, чтобы книгопродавцы не осмеливались продавать студентам книг еретических и в особенности кальвинических. Списки книг, назначенных для учащихся, книгопродавцы должны были наперед представлять на рассмотрение факультета. Самые книги не прежде поступали во владение студентов, как после цензуры со стороны богословов.