Поступление на профессорскую должность в то же время строже регулируется. Кандидат на эту должность должен сначала подвергнуться публичному диспуту, и прочесть oratio pro loco («молитва о месте» (лат.). — Ред.). Кроме того, никто не мог быть сделан профессором, если он не составил себе имени в литературе. Мало того, теперь требуется, чтобы и будучи на кафедре, профессор заявлял себя научными литературными трудами. Это рассматривалось как существенная часть обязанностей профессора. Если сочинение, каким занимался профессор, требовало быстрого окончания и способно было возбудить общий интерес, в таком случае он освобождался от лекций. Сам герцог иногда поручал богословам-профессорам такие или другие работы. — В круг предметов преподавания вводится новый предмет — обличительное богословие (Lectio controversiarum theologicarum), которое впоследствии занимает очень видное место в ряду других наук. Замечательны меры правительства к привлечению иностранцев поступать на факультет.
О пятом периоде (1650–1690 гг.) приходится сказать очень немного. Продолжительная война отразилась неблагоприятными следствиями в положении университета и богословского факультета в нем. В людях с достоинствами чувствовался большой недостаток. Повсюду появилась бедность, житейская нужда угнетала ученых. И вот историк встречает таких профессоров, которые только и делают, что рыщут по питейным домам, бражничают и развлекаются игрой в кости. — В положении богословских наук происходит то изменение, что недавно перед тем введенное обличительное богословие, ко вреду для истинных научных целей, получает главное место в преподавании. Ветхозаветный и новозаветный экзегезис получают прикладное значение. Он должен был служить целям полемики. Профессора Св. Писания Ветхого и Нового Завета были в это время не прямыми исследователями своего предмета, а должны были читать о так называемых loca difficiliora, т. е. указывали в Писании места, в силу которых удобнее всего было поражать врагов, объясняли эти места и опровергали аргументы противников. В чтениях профессоров замечалась удивительная медлительность, которая вредила успеху дела. Так, профессор Прегитцер, читавший Иеремию, в продолжение двух лет успел прочесть и истолковать только десять глав. Тот же профессор о книге Даниила читал пять лет, а о книге пророка Исаии 26 лет! Профессор Св. Писания Нового Завета в срок, в какой он должен был прочитать о всех книгах Нового Завета, успел истолковать только одно Послание к Филиппийцам. А профессор обличительного богословия из каждого вопроса умудрялся делать целый трактат. Герцог, ввиду этого, издал строжайший декрет избегать впредь подобных беспорядков. — В рассматриваемое время обращено было особенное внимание на приучение студентов богословия к проповеданию. В этом они упражнялись под руководством четвертого, экстраординарного, профессора. Им вменено также в обязанность произносить проповеди в соседних с Тюбингеном селениях.
С наступлением следующего, шестого периода (1690–1720 гг.) становится заметным оживление в жизни и деятельности богословского факультета в Тюбингене. Господство обличительного богословия, которому служили в предыдущий период все прочие науки, приходит к концу. Экзегезис ветхозаветных и новозаветных книг занимает первое место в ряду наук. Библейская наука получает новую жизнь. Толкование производится по лучшим герменевтическим правилам; видно стремление изучать текст непредвзято, с научными приемами. Правда, еще по-прежнему в программе остается обличительное богословие, но ему дается лучшая постановка: оно направляется исключительно против современных заблуждений. Программа расширяется через введение в курс наук церковной истории. Ее на первый раз читает сверхштатный экстраординарный профессор. Корпорация профессоров обновляется благодаря поступлению в нее людей с новым направлением. Замечательно, что факультет неприязненно встречал подобных людей и противодействовал их назначению, но правительство, которое не стеснялось мнением факультета, решительно назначало в профессора таких лиц, которые могли оказать услуги науке в качестве представителей новых идей. Так случилось при назначении профессора Ферча. В то же время происходит выделение обязанностей профессора от обязанностей духовного лица, так как доныне профессор нес на себе и эти последние обязанности. Некоторые профессора, например, отказываются от проповеди, и им делаются уступки в этом отношении.