Во второй период своего творчества, охватывающий 1640–1650-е годы, Мильтон, почти оставив дорогую его сердцу поэзию, выступает как революционный публицист. После провозглашения Англии республикой его назначают латинским секретарем Государственного совета. На этом посту в течение нескольких лет он ведет дипломатическую переписку с иноземными державами. От напряженного труда слабеет зрение Мильтона, в 1652 г. наступает полная слепота. Но и слепой, писатель продолжает служить республике, диктуя свои сочинения.
Все трактаты и памфлеты Мильтона пронизывает мысль о свободе. Автор различает три основных вида свободы — в религиозной, частной и гражданской жизни. В своих первых публицистических произведениях («О реформации», «О епископате» и др.), написанных в 1641–1642 гг., Мильтон объявляет войну англиканской церкви, ратует за свободу веры и совести, за отделение церкви от государства. Еще Иаков I, подчеркивая неразрывную связь епископата с монархией, лаконично заметил: «Нет епископа — нет и короля». Ниспровержение авторитета епископов, развенчание догмата о божественном происхождении церковной власти в памфлетах Мильтона наносило серьезный удар опиравшемуся на церковь абсолютизму.
Следующую группу памфлетов Мильтон посвящает проблемам свободы в частной жизни, включая в круг рассматриваемых вопросов «условия брачного союза, воспитания детей и свободного обнародования мыслей». В цикле трактатов о разводе (1643–1645), решительно отступая от ханжеской морали пуритан, автор выдвигает неслыханное для своего времени положение о праве супругов на развод, если в браке нет любви и согласия.
В трактате «О воспитании» (1644), выступая против «неизжитого схоластического невежества варварских веков», Мильтон размышляет о путях воспитания добродетельной, всесторонне развитой личности, способной «исполнять надлежащим образом, умело и со всею душой любые обязанности — как личные, так и общественные, как мирные, так и воинские». Педагогическая система Мильтона имеет много общих черт с учением выдающегося чешского педагога Яна Амоса Коменского, посетившего Лондон в 1641 г. Трактат «О воспитании» — важная веха в истории гуманистической педагогики.
Особое место среди памфлетов Мильтона занимает «Ареопагитика» (1644) — блистательная речь в защиту свободы слова и печати. По глубокому убеждению писателя, знание не способно осквернить подлинную добродетель; добродетель же, которую надо оберегать от дурных книг, немногого стоит. Даже опасность выхода в свет католической и атеистической литературы не оправдывает в глазах автора существования института предварительной цензуры. «Убить книгу, — пишет он, — все равно, что убить человека… Тот, кто уничтожает хорошую книгу, убивает самый разум…»
Развитие революционных событий в Англии конца 40-х годов влечет за собой углубление радикальных настроений мыслителя. Все публицистические выступления Мильтона этой поры посвящены проблемам политической власти. В памфлете «Права и обязанности королей и правительств» и в «Иконоборце» он защищает идеи революции, обосновывает теорию «общественного договора» и право народа на тираноубийство. Развенчивая феодальную доктрину о божественном происхождении королевской власти, Мильтон утверждает, что власть искони принадлежит народу, который наделяет ею определенное лицо на определенных условиях. Если общественный договор не соблюдается, если монарх, «пренебрегая законом и общим благом, правит только в своих собственных интересах и в интересах своей клики», он — тиран. Народ имеет право судить, низлагать и казнить тирана.
В годы яростной памфлетной войны, развязанной сторонниками монархии после поражения, рождаются знаменитые трактаты Мильтона «Защита английского народа» (1650) и «Вторая защита английского народа» (1654). Оба трактата написаны на латыни и обращены ко всему образованному миру. В них, отражая нападки врагов на политику республиканского правительства, писатель развивает идеи народовластия и выражает веру в то, что английская республика укажет другим путь к свободе. Возвеличивая народ Англии, Мильтон уподобляет его восставшему от векового сна Самсону, рядом с которым авторы клеветнических сочинений выглядят ничтожными и жалкими пигмеями. В XVIII–XIX вв. боевые памфлеты Мильтона не раз вдохновляли деятелей европейских революций в их борьбе против абсолютизма.
Диктатура Кромвеля основательно поколебала надежды, которые Мильтон возлагал на него, которые связывал с молодой республикой. В сонете «Лорду-генералу Кромвелю» и в обеих «Защитах» автор прославлял вождя индепендентов как талантливого полководца и государственного деятеля, но, предчувствуя назревавшие перемены, предостерегал его от посягательств на завоеванную с таким трудом свободу. Убедившись, что его увещевания пропали даром, писатель замкнулся в молчании и в последующие годы не проронил ни слова о Кромвеле.