Лишь после смерти лорда-протектора Мильтон вновь взялся за перо публициста. В последней группе памфлетов, созданных накануне Реставрации, он обращается к соотечественникам с призывом объединить усилия в борьбе за республику. Автор убежден, что реставрация монархии приведет к возрождению тирании, лишит народ его демократических завоеваний. «Свободная республика без короля и палаты лордов, — пишет он, — есть наилучшая форма правления».
Публицистика Мильтона не может быть осмыслена вне живых связей автора с эпохой, с ее свободолюбивым духом. В сознании писателя с необычайной живостью отразились противоречия идеологии нового класса. С одной стороны, он возглавлял всенародное движение против монархии, против жестокостей феодального миропорядка, с другой — был ограничен религиозными представлениями своего времени и искал в Священном писании теоретическое оправдание борьбе против абсолютизма.
Социально-политическая мысль Англии эпохи буржуазной революции в значительной мере покоилась на истолковании Библии в духе идеалов раннего христианства: в ней видели проповедь равенства людей перед богоде, протест против деспотизма в любой форме. Мильтону как идеологу индепендентства был близок иконоборческий пафос протестантского учения. Однако догматизм и фанатизм наиболее рьяных поборников пуританства остались чужды писателю. Его религиозность была сродни религиозности великих ученых эпохи Возрождения — Эразма Роттердамского и Томаса Мора, воплотивших в своем творчестве идеи так называемого «христианского гуманизма».
Сочетая религиозные убеждения с гуманистическими, Мильтон, подобно Мору и Эразму, никогда не был слепым приверженцем церковной догмы, боролся против схоластики, за новые методы воспитания. Подобно им, он отказывался принимать на веру каждое слово Священного писания, полагая, что человек посредством разума сам должен определить, что в писании истинно и что ложно. Наконец, вслед за гуманистами, Мильтон главным критерием оценки личности выдвигал ее практическую деятельность и не мог примириться с осуждением человека, якобы заранее предначертанным небесами. Отвергая кальвинистский догмат абсолютного предопределения, писатель настаивал на том, что человек, наделенный разумом и свободной волей, сам является хозяином своей судьбы.
В конце 50-х годов Мильтон предпринял попытку изложить в виде цельной, завершенной системы свои религиозные, философские и этические взгляды, свое понимание Библии. Так появился трактат «О христианском учении» — обширное теолого-этическое сочинение на латинском языке, впервые опубликованное лишь в 1825 г. Мировоззрение автора не было последовательным и не складывалось в стройную систему. С одной стороны, как человек религиозный Мильтон верил в то, что бог сотворил мир и жизнь, и провозглашал его существом абсолютным, бесконечным и непознаваемым, с другой стороны, сближаясь с пантеизмом, он объявлял весь мир материальным и готов был признать материю частью божественной субстанции.
Идейные корни миросозерцания писателя тянутся к стихийному материализму эпохи Возрождения. Материалистические тенденции отчетливо обнаруживаются в понимании Мильтоном человеческой природы. Расходясь со средневековыми мыслителями, он утверждает, что человек «не был создан или составлен из двух отдельных или различных элементов природы, таких, как душа и тело». Признавая единство духовной и материальной субстанций и полагая, что все, вышедшее из рук творца, совершенно, Мильтон тем самым приходит к реабилитации плоти и чувственной природы человека. Однако чувства, по его мнению, должны быть безусловно подчинены разуму: господство страстей — источник всяческого зла в мире.
Вторая книга трактата «О христианском учении» посвящена этическим проблемам. Характерно, что в построении своей этики Мильтон опирается не только на авторитет Библии, но и на философию античности, в чем лишний раз проявляется его приверженность идеям гуманизма. Главная задача нравственности для Мильтона состоит в обуздании дурных страстей и в воспитании добродетелей. Долг и счастье христианина он видит не в пассивном смирении, но в деятельном служении общественному благу.