Предметом сатирического изображения в «Путешествиях» является история. Свифт приобщает к ней читателя на примере современной ему Англии. Первая и третья части изобилуют намеками, и сатира в них носит более конкретный характер, чем в двух других частях. В «Путешествии в Лилипутию» намеки органически вплетены в развитие действия. Историческая аллюзия у Свифта не отличается хронологической последовательностью, она может относиться к отдельному лицу и указывать на мелкие биографические подробности, не исключая при этом сатирического обобщения, может подразумевать точную дату или охватывать целый период, быть однозначной или многозначной. Так, например, во второй части описание прошлых смут в Бробдингнеге подразумевает социальные потрясения XVII в.; в третьей части, распадающейся на отдельные эпизоды, мишенью сатиры служат не только пороки английской политической жизни, но и непомерно честолюбивые (с точки зрения Свифта) претензии экспериментально-математического естествознания («новые» в «Сказке бочки»). В канву фантастического повествования этой части вплетены и намеки на злобу дня, и многоплановая аллегория о летучем острове, парящем над разоренной страной с опустошенными фермерскими угодьями (иносказательное изображение как английского колониального управления Ирландией, так и Других аспектов социальной жизни Англии в эпоху Свифта).
В гротескно-сатирическом описании всех трех стран, которые посещает Гулливер перед своим заключительным путешествием, содержится контрастирующий момент — мотив утопии, идеального общественного устройства. Этот мотив используется и в функции, собственно ему присущей, т. е. является способом выражения положительных взглядов Свифта; как авторская идея в чистом виде, он с трудом поддается вычленению, ибо на него всегда падает отсвет гротеска. Мотив утопии выражен как идеализация предков. Он придает повествованию Гулливера особый ракурс, при котором история предстает перед читателем как смена деградирующих поколений, а время повернуто вспять. Этот ракурс снят в последнем путешествии, где мотив утопии выдвинут на передний план повествования, а развитие общества представлено идущим по восходящей линии. Его крайние точки воплощены в гуигнгнмах и еху. Гуигнгнмы вознесены на вершину интеллектуальной, нравственной и государственной культуры, еху низринуты в пропасть полной деградации. Однако такое положение не представлено неизменным от природы. Общественное устройство гуигнгнмов покоится на принципах разума, и в своей сатире Свифт пользуется описанием этого устройства как противовесом картине европейского общества XVII в. Тем самым расширяется диапазон его сатиры. Однако страна гуигнгнмов — идеал Гулливера, но не Свифта. Жестокостей гуигнгнмов по отношению к еху Гулливер, естественно, не замечает. Но это видит Свифт: гуигнгнмы хотели «стереть еху с лица земли» лишь за то, что «не будь за еху постоянного надзора, они тайком сосали бы молоко у коров, принадлежащих гуигнгнмам, убивали бы и пожирали их кошек, вытаптывали их овес и траву». Ироническое отношение автора к Гулливеру, впавшему в экстатический энтузиазм (т. е. «рвение» Джека из «Сказки бочки») под воздействием интеллекта гуигнгнмов, проявляется не только в комическом подражании Гулливера лошадям, его странном поведении во время обратного путешествия в Англию и тяге к конюшне при возвращении домой — подобного рода комические воздействия среды Гулливер испытывал и после возвращений из предыдущих своих путешествий, — но и в том, что в идеальном для Гулливера мире гуигнгнмов Свифт наметил контуры самого тиранического рабства.
Протест против отсутствия свободы принадлежит к сквозным и ведущим темам «Путешествий». Тем многозначительней то, что очарованный интеллектом гуигнгнмов, Гулливер чувствует лишь отвращение к существам, подобным себе, которых он видит «привязанными за шею к бревну», и преспокойно использует «силки, сделанные из волос еху». Так, Свифт подвергает испытанию смехом рационализм просветителей и там, где они усматривали неограниченную перспективу для развития личности, видит возможности ее вырождения. Просветительский рационализм, против которого направлена насмешка Свифта, исповедовался его близкими друзьями — тори. Их определению человека как «разумного существа» Свифт противопоставил свое собственное, утверждавшее, что человек лишь «способен мыслить». За этим противопоставлением стояло другое: торийские оппоненты Свифта считали совершенство разума привилегией узкосословной культурной элиты и скептически относились к его попыткам «наставлять дублинских граждан», которых они рассматривали как «толпу», «уродливого зверя, движимого страстями, но не обладающего разумом»; Свифт же, настаивая на пропагандистской пользе своих ирландских памфлетов, полагал, что человеческий разум весьма слаб и несовершенен, но им обладают все люди, и каждому дано право выбирать между добром и злом. В споре Свифта со своими торийскими друзьями, охватывающем длительный промежуток времени (1716–1725), включающий всю творческую историю «Путешествий», отразилось своеобразие общественно-политической позиции Свифта как последовательного защитника ирландского народа в его трагической борьбе за свободу.