Так, из одного лишь труда К. Клюзиуса "Десять книг об экзотических животных и растениях" (1605) европейцы впервые узнали о ленивцах, броненосцах, молуккских крабах, удавах боа, ламантинах, птицах додо, пингвинах, казуарах, колибри и т.д. Если первоначально все же делались попытки вместить накопляемое богатство становившейся известной фауны в рамки аристотелевской классификации, как это делал Э. Уотгон в труде "О различиях животных" (1552), то постепенно эти рамки становились все более тесными. Г. Ронделе в своей "Книге о морских рыбах" формально исходит еще из описаний Аристотеля, но вносит в них столько изменений и добавляет столько своего, что о зависимости его труда от "Истории животных" можно говорить лишь в очень условном смысле. Он исправил важную ошибку Аристотеля относительно отсутствия у рыб дыхания и установил действительную функцию жабр. Уже в издании Скалигера особо подчеркнуто, что Аристотелем описаны не все животные: ведь и сам Стагирит в § 189 книги шестой признал, что есть еще много родов мышей, кроме им описанных. Тем более он не знал лосей, буйволов, газелей, жирафов (Scaliger, р. 788).
В 1551-1587 гг. вышла пятитомная "История животных" швейцарского энциклопедиста Конрада Геснера, отказавшегося от попыток улучшить аристотелевскую классификацию и расположившего животных в, алфавитном порядке. Вместе с тем он внес в материал "Истории животных" много дополнений и сличил его с остальными античными и более поздними трудами по зоологии. В итоге труд Геснера приобрел характер отчасти компилятивный, отчасти отвечающий стадии перехода от преклонения перед авторитетом Аристотеля к признанию за наукой нового времени полностью самостоятельного значения. Популярности книги способствовали иллюстрации А. Дюрера. Геснеровская "История животных" была переиздана в 1603 и 1670 гг.
У Улисса Альдрованди (Италия) энциклопедический подход выражен слабее, чем у Геснера, зато больше фактических дополнений. Общий план своих описаний и даже рисунки Альдрованди взял у Геснера, а в трактовке таксономических групп они оба зависят прежде всего от Аристотеля. У Альдрованди, два главных сочинения которого — "Орнитология" и "О рыбах" — вышли соответственно в 1550 и (посмертно) в 1612 г., находим типичные аристотелевские группы: животных с кровью и "бескровных", мягкотелых, черепокожих, зоофитов и т.д.; он воспринял многие ключевые идеи Аристотеля, например, по поводу общественной жизни насекомых, различия между организмами по характеру издаваемых звуков (речи в противоположность шумам и неартикулированному голосу), по поводу якобы имеющего место (в особенности у "зоофитов") самозарождения.
Вообще немало направлений, определивших облик биологии XVII столетия, восходят к биологическим трактатам Аристотеля с их призывами не упускать из вида "малого и незаметного". Эта установка реализована в лейбницианстве, роль которого в становлении идей преформизма, "лестницы существ", непрерывности изменений в природе столь велика; в опубликованном в Англии в 1634 г. "Театре насекомых, или наименьших животных" Т. Моуфета; в письмах-трактатах А. Левенгука, разбросанных по ряду выпусков трудов Лондонского Королевского общества конца XVII в. Даже Ф. Бэкон, столь враждебный аристотелизму за его (как он считал) методологическую бесплодность в обосновании индуктивного и экспериментального знания, для "Истории животных" делал разительное исключение: "...нужно воздать должное блестящей мудрости и добросовестности Аристотеля, который, создав свою тщательно обоснованную и документированную историю животных, очень скупо примешивает сказочный материал и вымышленные факты" (Бэкон, т. 1, с. 115). Аналогичным образом несколькими десятилетиями после Бэкона П. Гассенди (Гассенди, т. 2, с. 28) противопоставил "наибольшую ясность" "Истории животных" модным среди поздних аристотеликов, но запутанным и, по мнению Гассенди, во многом противоречивым натурфилософским трудам Стагирита. Возникла критика текста "Истории животных": издатели стали сличать расходившиеся места разных изданий (еще не рукописей: это впервые было сделано А. Г. Камюсом в 1783 г.). Появились новые комментированные издания "Истории животных" (помимо скалигеровского): ее первой книги (франкфуртское издание X. Гуариньони, 1601) или "Объяснение философии зоологии Аристотеля" П. Мартелла (1638). Несколькими переизданиями вышла "История животных" в собрании трудов Аристотеля под редакцией Г. Дюваля; переиздана была и более ранняя публикация И. Казобона.