Однако многие открытия XVII и в еще большей мере XVIII в. уже не вписывались в концептуальную канву "Истории животных": кровообращение, инфекционная природа болезней, существование ископаемых форм (т.е. прямое доказательство наличия в отдаленном прошлом видов и родов, отличных от современных), связь нервов с сокращением мышц — Все это обновление биологии и изменившийся по сравнению с XVII в. просветительский (обычно антителеологический) рационализм подорвали влияние аристотелизма в биологии подобно тому, как ранее оно было подорвано в физике. "История животных" с ее умеренным по сравнению с более теоретизированными трактатами "О частях животных" и "О возникновении животных" рационализмом и с ее богатейшим эмпирическим материалом в течение всего XVIII в. сохраняла свое влияние на естествоиспытателей ранга К. Линнея и П. С. Палласа.
Только в конце XVIII в. "Историю животных" сменили в качестве общезоологического руководства соответствующие тома "Естественной истории" Ж. Л. Л. Бюффона, Л. Ж. М. Добантона и В. Ласепеда. Вряд ли можно считать простым совпадением, что как раз в этот период А. Г. Камюс приступил к подготовке первого критического издания, основанного на сверке ранних печатных изданий, четырех рукописей и старых переводов (М. Скота с арабского, В. Мербеке с греческого), а также на выявлении вариантов. Непосредственным продолжением этого издания была публикация И. Г. Шнайдера (Schneider, 1811), посвященная Жоржу Кювье, который в своих трудах пытался создать для современности некий синтез, аналогичный тому, который Аристотель создал для античности. Имея для исследования значительно больше рукописей, чем Камюс, Шнайдер воспроизвел и сопоставил также перевод "Истории животных" Скалигера и упоминавшиеся выше тексты Альберта Великого. Палеографическая критика и стремление установить подлинный текст "Истории животных" на базе сравнения как можно большего числа источников были прямым продолжением начатой в XV-XVI ее. текстологической критики, а развернулись они именно тогда, когда позитивное содержание "Истории животных" устарело и удивление стали вызывать уже не имевшиеся в ней отклонения от реальности, а наоборот, те фрагменты, где Аристотель поразительно точно воспроизводит факты, которые могли стать известными лишь в результате многочисленных и иногда даже многовековых наблюдений.
В области теоретического обоснования зоологии споры в конце XVIII в. и в первой половине XIX в. шли уже не о достоверности "Истории животных" и авторитете Аристотеля, а о вопросах, решавшихся путем обращения к самой живой природе: о наследственности и изменчивости, возможности эволюции и ее механизмах. В биологических сочинениях Аристотеля стали нередко усматривать сплошную цепь ошибок. Ж. Бюффон отрицает в "Истории животных" какую бы то ни было систематизацию; другой не менее знаменитый биолог XVIII в., А. Галлер, указывает, не делая никакой скидки на раннюю эпоху, что "учение Аристотеля о сосудах слабо... Ответвления легочной вены идут у него параллельно с артериями... К тому же полостей сердца он насчитывает три, от средней отходит аорта. Самую большую из полостей, — кажется, имеется в виду правое предсердие — он считает расширением большой вены, в которую впадают легочные вены... Артерий в печени и селезенке, по его мнению, нет... а мочевой пузырь имеется лишь у живородящих и черепах" (Haller, vol. 1, p. 33). В конце XVIII и особенно в XIX в. такие перечни ошибок "Истории животных" часто стали заменять объективный анализ.
Парадоксально, что одновременно с этим у "Истории животных" оставались восторженные поклонники даже среди крупнейших ученых: например, Ж. Кювье или основатель теории социального прогресса Ж. А. Кондорсэ; и что для обновившейся в XIX в. биологии некоторые стороны концепции и подхода "Истории животных" более, чем унаследованные от "просвещенного" XVIII в. идеи дихотомичной систематики, неизменных и четко разграниченных видов, оторванности человеческого разума от "объекта" — природы, оказались в русле новых тенденций биологической мысли. Здесь опять-таки можно провести некоторую параллель с физикой, хотя в ней актуальность определенных аристотелевских воззрений была подмечена позже, чем в биологии: только в XX в. В физике такими воззрениями были, например, всеобщность кругового движения (о ней напомнило вращение бесчисленного множества электронов по неограниченно долго устойчивым орбитам), невозможность обнаружить движение наблюдателя относительно эфира, анизотропность пространства, зависимость его свойств и самого его существования от наполняющей его материи (см. Сергеев, Слинин, 1987). В биологии тоже есть ряд воззрений, которые появились у Аристотеля, затем оказались "хорошо забытыми" и наконец были воскрешены новой наукой: идея общности человека с животным миром, допущение изменчивости видов (хотя ее пределы оставались для Аристотеля неясными: то слишком узкими, то почти безграничными), относительность категорий вида и рода; но быть может, самое главное, что роднит Аристотеля с Дарвином и всеми, кто отказался от чисто "объективистского" подхода к живой природе и включил человека в "великую цепь бытия", это искреннее восхищение богатством природы, гармонией в ней и в организме, красотой, которая раскрывается в организмах по мере того, как он углубляется в их познание. Для Аристотеля и Дарвина общим является признание принципа pulchram index veri (прекрасное указывает на истину). Эта общность удачно подмечена Э. Жильсоном в его монографии о роли аристотелевских идей в современной "биофилософии" (Cilson, р. 40). Вспомним, что Ч. Дарвин в 1882 г., незадолго до смерти писал: "Моими богами, хотя очень по-разному, были Линней и Кювье, но оба они просто школьники по сравнению со стариком Аристотелем" (Дарвин, с. 289). В сущности (отвлекаясь от других моментов), Дарвин вернул науке аристотелевский живой и непосредственный, интегральный и лишенный предвзятости подход к живой природе. Это было оценено (возможно, бессознательно) читателями, и в итоге "История животных" после "Происхождения видов" и "Жизни животных" А. Брема, ставившей целью обновить "Историю животных" для современности, — после этих мощных конкурентов не только не потеряла своего значения, но вступила в новую фазу — фазу переводов на национальные языки. В "додарвиновский" период единственными такого рода переводами "Истории животных" были камюсовский французский (1783) и затем английский, перевод Т. Тейлора (1809), если не считать опубликованного еще в 1621 г. перевода (сделанного не с греческого, а с латыни Д. Фунес-и-Мендосой) на испанский язык тех разделов "Истории животных", которые касаются млекопитающих и птиц. После Тейлора, переводов трактата на новые европейские языки в течение первой половины XIX в. почти не появлялось, кроме малоудачных немецких переводов Ф. Штрака (1816) и П. Г. Кюльба (1840-е).