После этого решения в мае 1993 года Президенту России направляются письма от представителя Президента РФ в Тюменской области Г. А. Щербакова, представителя Президента РФ в Ханты-Мансийском автономном округе Е. Д. Айпина и директора НГДУ «Югранефть» с просьбой вмешаться в процесс и поддержать акционирование НГДУ в качестве самостоятельного субъекта.
Письма передаются в Правительство РФ, начинается долгий процесс их рассмотрения, при этом в июне — июле Госкомимущество получает несколько поручений от разных заместителей Председателя Правительства РФ рассмотреть обращение и подготовить ответ. Госкомимущество России не торопится выполнять полученные поручения, а в это время выходит постановление Правительства РФ об учреждение нефтяной компании «ЮКОС».
ПО «Юганскнефтегаз» входит в ее состав, и в июле 1993 года становиться акционерным обществом. В августе уже генеральный директор акционерного общества Муравленко подписывает приказ о ликвидации НГДУ «Югранефть» (с 16.11.93) с передачей имущества управления и работников в другой НГДУ на правах цеха.
В адрес Президента России представитель Президента в Тюменской области направляет в августе второе письмо, с изложением сути проблемы, и что его первое письмо не рассмотрено и ответа он не получил. На этот раз письмо докладывается Б. Н. Ельцину, и он дает 4 сентября 1993 года поручение А. Б. Чубайсу (а он уже заместитель Председателя Совета Министров — Правительства РФ): «Прошу лично разобраться, довести дело до конца и проинформировать о результатах рассмотрения обращения. Срок — 20 дней».
И ровно через 20 дней заместитель Председателя Госкомимущества России П. П. Мостовой направляет в пять адресов (А. Б. Чубайсу, Ю. К. Шафранику, Г. А. Щербакову, Е. Д. Айпину, А. Р. Фазлутдинову) письмо на 7 листах, где излагает историю вопроса, пишет, что все делается по закону, решение трехсторонней комиссии по рассмотрению споров о выделении НГДУ «Югранефть» из состава ПО «Юганскнефтегаз» является окончательным и все последующие после принятого решения предложения о преобразовании НГДУ «Югранефть» в акционерное общество не могут рассматриваться.
Сторонники идей А. Р. Фазлутдинова после получения ответа из Москвы начали готовить новые письма Президенту России, при этом подключилась к процессу еще одна неожиданная «сила» — Тюменское линейное казачье войско. Письмо за подписью атамана — полковника Г. И. Хмелева — было написано 16 октября 1993 года. Вот только его окончание: «Уважаемый Борис Николаевич! Учитывая особо важное экономическое значение реорганизации предприятий нефтегазового комплекса, тюменские казаки просят Вас поддержать реформаторский дух одного из наиболее перспективных трудовых коллективов нашего нефтяного региона. Да поможет нам Бог в возрождении могучей, великой РОССИИ!»
В декабре 1993 года направили свои очередные письма Президенту России и его представители в Тюменской области и Ханты-Мансийском автономном округе. В письмах, идентичных по содержанию, было указано, что вынуждены обратиться в третий раз по судьбе НГДУ «Югранефть». При этом к письмам был приложен проект указа Президента России об акционировании НГДУ, закрепление за ним право на лицензию по разработке Приобского месторождения в целом и создание траста-холдинговой компании на базе АО «Югранефть» и Башкирского полиэфирного комплекса «Батэкс».
Все указанные письма были доставлены в Администрацию Президента России. Служба помощников Президента РФ на этот раз передавать их в Правительство РФ не стала, а 9 февраля 1994 года направила все три письма в Контрольное управление А. Н. Ильюшенко. С резолюцией руководства: «Прошу подготовить экспертное заключение с Вашими предложениями в установленные сроки». Все три письма оказались у меня на исполнение.
Для Контрольного управления эта проблема была новой, у нас не имелось никаких других документов, кроме указанных писем. Было принято решение проанализировать по этой проблеме ведомственные акты Минтопэнерго и Госкомимущества России на предмет их соответствия Указам Президента РФ в части НГДУ «Югранефть». Были подготовлены и направлены соответствующие запросы.
Уже в начале марта пришел развернутый ответ из Минтопэнерго России с приложением всех копий документов, включая приказы ПО «Югранефтегаз». Из полученных материалов следовало, что все действия с ликвидацией НГДУ «Югра-нефть» соответствуют указам Президента РФ. В справке был и такой фрагмент: «На сегодня устав и план приватизации (проспект эмиссии акций) АО «Югранефнегаз» зарегистрированы в установленном порядке. В составе его уставного капитала учтено государственное имущество структурного подразделения — НГДУ «Югранефть». Отчуждение имущества, находящегося в собственности АО «Югранефтегаз», возможно исключительно в судебном порядке».