Испытания проходили с 19 января по 5 февраля 1963 года, но в качестве эталона самолет так и не приняли. Сказалась неустойчивая работа РСБН-2, а отсутствие радиовысотомера снижало безопасность полета.
В 1960-е годы испытывались Як-27Р с колес – но-лыжным шасси для эксплуатации с грунтовых ВПП и ночной разведчик Як-27РН.
В начале 1961 года планировалась модернизация Як-27РН для ведения разведки ночью с малых высот. Однако в связи с выработкой ресурса и проектированием более перспективного Як-28Р, все работы в этом направлении прекратили.
В апреле 1960 года в НИИ ВВС проходил контрольные испытания корректировщик артиллерийского огня Як-27Р № 0204, оборудованный доработанным прицелом-визиром ПВ-2Р. ПЬ их результатам приняли решение об установке ПВ-2Р на серийные разведчики. 31 мая этот самолет, пилотировавшийся летчиком Крыловым (47-й огран), при перелете в Одессу потерпел аварию, сев с заторможенными в воздухе колесами. На пробеге колеса «разулись» и от трения о бетонные плиты ВПП загорелись ступицы, изготовленные из магниевого сплава «Электрон». От огня возникшего в отсеке уборки главной опоры шасси вспыхнули фотопленка, в то время изготавливавшаяся из целлюлозы, и топливные баки. Самолет сгорел, но экипаж успел его покинуть.
Як-27Р на контрольных испытаниях, 1959 г.
Для увеличения дальности полета в 1962 году самолет № 0710 доработали устройством подвески под крылом двух дополнительных топливных баков весом по 81,5 кг.
В том же году летчик М.Х. Халиев и штурман ГА Митрофанов под руководством ведущего инженера В.П.Синцова провели специальные испытания доработанного Як-27Р. Испытания показали, что при сбросе подвесных топливных баков на приборной скорости 850 км/ч деформировалась обшивка правой консоли крыла между баком и гондолой двигателя, и оборвалась тяга заслонки противобледенительной системы. Дополнительные исследования показали, что безопасный сброс баков возможен в прямолинейном полете на приборных скоростях от 450 до 750 км/ч.
Подвесные топливные баки объемом по 1050 л начали устанавливать на разведчиках, начиная с 14 серии Як-27Р.
Для этого у переднего лонжерона между 21-й и 22-й нервюрами установили бомбовые замки БДЗ-56Е. При этом средние узлы навески элеронов перенесли с 26-й на 25 нервюры и установили передний и задний штыри бака. При полетах без подвесных баков замки закрывались обтекателями.
В 1963 году прошел контрольные испытания самолет №0317, выпущенный в 1962 г.
Самолет предъявили для оценки объединенной фотоустановки для плановой съемки. По сравнению с ранее испытывавшимся №0710 на нем колеса КТ-69 заменили на КТ-69/4 с шинами размером 880x230 мм. Вместо командной радиостанции РСИУ-4 поставили РСИУ-5 (Р-802), обеспечивавшую дальность радиосвязи с землей на удалении 360 км с высоты 10000 м.
Испытания показали, что, по сравнению техническими условиями ВВС 1962 года на поставку Як-27Р, машина потяжелела, но ее веса находились в пределах допусков. Правда, снизились максимальная скорость – на 15 км/ч, а практический потолок – на 450 м Хуже обстояло дело с дальностью полета. Без подвесных баков она сократилась на 380 км, что было связано как с ухудшением аэродинамики машины, за счет установки обтекателей, закрывавших узлы подвески дополнительных баков, так и с увеличением удельного расхода топлива двигателями. Дальность же полета с подвесными баками, сбрасывавшимися после выработки из них топлива, сократилась на 610 км.
В 1969 году на самолете Як-27Р № 0704 испытали командную радиостанцию дециметрового диапазона «Эвкалипт-СМб» и рекомендовали ее взамен РСИУ-4В.
В испытаниях семейства самолетов Як-27 принимали участие также летчики ОКБ-115 В.П. Смирнов, А.Л. Колосов, Ю.В. Петров, Г.М. Куркай.
Передающая антенна Як-27Р № 0407 оборудованного опытной разведывательно-корректировочной аппаратурой «Буревестник».
Серийное производство Як-27Р осуществлялось с 1958 года по 1962 г. За это время построено 16 серий в количестве 1б5 самолетов.
Самолеты последней 1б-й серии Як-27Р имели следующие основные конструктивные отличия от машин предыдущих выпусков.
Топографический аэрофотоаппарат АФА-37, имеющий высотность 10 000 м, которая ниже потолка самолета, с 12-й серии заменен аэрофотоаппаратом АФА-41/10, имеющим высотность 20 000 м. Турбохолодильная установка ТХА-300И из-за недостаточной производительности по холодной линии и ненадежности в эксплуатации ввиду частого выхода из строя подшипников турбины с самолета № 0607 заменена на ТХУ-1271 Б.
На самолетах с № 0201 по № 0402 установлена связная радиостанция 1РСБ-70М, а с самолета №0402 по 11-ю серию включительно – радиостанция 1РСБ-70Ж (Р-807), которая заменена радиостанцией «Аргон-С» (Р-835) с 12-й серии ввиду того, что ее высотность ниже потолка самолета: 1РСБ-70Ж имеет высотность 13 000 м, «Аргон-С» – 18000 м.
Приемник УС-9ДМ с 12-й серии заменен приемником УС-8, имеющим более удобный пульт управления, облегчающий настройку в воздухе на радиостанции других диапазонов.
Командная радиостанция РСИУ-4В (Р-801) на самолетах с № 0914 заменена командной радиостанцией РСИУ-5В (Р-802), так как радиостанция РСИУ-5В имеет 20 предварительно настраиваемых каналов, меньший вес и высотность 25000 м, а радиостанция РСИУ-4В – шесть предварительно настраиваемых каналов и высотность 20000 м.
Внутрисамолетное переговорное устройство СПУ-2, обеспечивающее только внутри- самолетную связь, с 8-й серии заменено на СПУ-7, с помощью которого, кроме внутри- самолетной связи, можно было управлять станциями РСИУ-5В, «Аргон-С», радиокомпасом АРК-5 и прослушивать специальные сигналы.
Як-27Р № 0407 оборудованный опытной разведывательно- корректировочной аппаратурой «Буревестник», 1961 г.
Серийные Як-27Р завод в Саратове начал выпускать с марта 1959 года и 11 мая первые три машины, пилотируемые летчиками-испытателями авиационной промышленности вместе со штурманами 47-го отдельного гвардейского разведывательного авиаполка (ограп) перегнали на аэродром Шаталово в Смоленской области. Спустя три дня туда перелетели еще четыре машины.
На изучение новой техники личным составом полка ушло менее месяца, и 5 июня начались полеты. Столь быстрому освоению материальной части способствовал опыт эксплуатации самолетов Ил-28Р, Як-25М и Як-25Р. В тот день после полета летчика-испытателя НИИ ВВС Глазунова, продемонстрировавшего ряд фигур сложного пилотажа, с разрешения заместителя командующего ВВС Московского военного округа первым вылетел командир полка полковник Е.Кравцов. В том же месяце начались массовые полеты на Як-27Р и к концу года самолет освоили 30 экипажей.