К ноябрю были потоплены уже 17 итальянских подводных лодок, и напряженная служба привела к значительному износу оставшихся лодок и усталости экипажей. Потребовалось как можно скорее сформировать новые экипажи. Поэтому школа подводного плавания в Поле получила новое оборудование, Ей были выделены несколько подводных лодок и вспомогательных судов для проведения тренировок в море.
После британской атаки авиаторпедами дамбы водохранилища электростанции Тирсо флоту пришлось выделить и установить противоторпедные сети на дамбах Тирсо и Когинас на Сардинии и Аполлино и Арво в Калабрии.
При организации ПВО портов проводились эксперименты с искусственным туманом. Эту защиту сочли эффективной против существующих методов воздушных атак, но с появлением американских «Летающих крепостей» она потеряла свое значение. Чтобы отражать воздушные атаки, тысячи дымогенераторов были расставлены по берегу во всех портах. От атак с малой высоты порты прикрывались аэростатами. Количество зенитных орудий на судах снабжения и эсминцах резко возросло, их оборудовали дымогенераторами новой конструкции для постановки дымзавес в случае воздушной атаки.
Флот продолжал делать все возможное, чтобы ускорить создание торпедоносца, а пока что дал взаймы значительное количество торпед ВВС. Было сформировано подразделение специалистов для обслуживания торпед на аэродромах. Германия также начала использовать самолеты-торпедоносцы и потребовала от итальянского флота поставок авиаторпед, взамен предложив необходимые ему материалы и оборудование.
Несмотря на неблагоприятную погоду, всю зиму продолжалась постановка мин вдоль итальянского побережья и вокруг Мальты. Несколько новых линий заграждений были поставлены в Сицилийском проливе, где сильные зимние шторма сорвали с якорей множество ранее поставленных мин. Новые заградительные операции в этом районе, проводимые большей частью эсминцами (трижды и минных поста попках участвовали крейсера), были особенно рискованными. Каждый раз, начиная постановку, требовалось определить, где она была завершена в прошлый раз, чтобы не налететь на собственные мины. Работать приходилось при сильном волнении, не имея пеленгов на сушу или каких-то других ориентиров.
Из-за оккупации все новых районов росли и расширялись перевозки по морю, поэтому так же быстро росли объемы тральных операций. Зимой флот выработал программу улучшения минно-тральной службы и постройки новых тральщиков. Более того, из-за большой опасности на пути в Ливию, которую представляли сорванные с якорей плавающие мины, стало необходимым организовать группу кораблей по уничтожению этих мин. Регулярное выполнение этой задачи возложили на вспомогательные суда на маршруте Трапани – Триполи.
Так как во время войны с Грецией существовала возможность в любой день услышать требование высадить десант, Специальные Морские Силы не были расформированы. Напротив, их перевели в Полу, где они проводили интенсивные тренировки и опробовали новое десантное снаряжение.
Эпопея «Сан Джорджио» и эвакуация Киренаики
9 декабря англичане начали свое первое наступление в Африке, и после тяжелых, упорных боев, длившихся два месяца, итальянские войска были вынуждены отступить на край пустыни Сирт. Хотя эта кампания потребовала резкого увеличения перевозок в Ливию, флот полностью выполнил требования армии. Несмотря на увеличивающиеся трудности, с октября 1940 года по январь 1941 года в Африку было доставлено 197742 тонны грузов. Потери были минимальными: никаких в октябре и ноябре и около 7% в декабре и январе.
Быстрое окружение Бардяи и Тобрука поставило вопрос о снабжении войск, находившихся там. Это могли сделать подводные лодки. Они прибывали в сумерках, разгружались и на рассвете выходили обратно в море. В этой работе им помогали маленькие бронированные суда из Бенгази, которые, благодаря своей незамегносги, имели некоторые шансы проскочить мимо англичан.
Используя орудия, снятые с итальянских эсминцев, потопленных в гавани Тобрука, флот создал несколько береговых батарей, укрепивших оборону Бардин. В Тобруке находился «Сан Джордхио», Этот старый броненосный крейсер стоял на якоре в порту и использовался исключительно как плавучая батарея. Хотя корабль впервые участвовал в бою еще в итало-турецкой войне в 1911 году, он оказался весьма эффективным в новой роли. Его палуба была закрыта мешками с песком, вокруг были поставлены противоторпедные сети. Экипаж корабля находился на боевых постах практически круглосуточно, «Сан Джорджио» отбил за семь месяцев огромное количество атак Королевских ВВС, использовавших буквально все имеющиеся типы самолетов. Живучесть старого крейсера была просто поразительной, и вскоре он стал легендой даже для врагов.
Когда Тобрук должен был пасть, экипаж решил вывести корабль из гавани, предпочитая погибнуть, сражаясь в море, а не уничтожать корабль на якорной стоянке. Супермарина ответила согласием, но итальянское Верховное Командование решило, что вклад «Сан Джорджио» в оборону Тобрука настолько велик, что нельзя начинать подготовку к выходу, так как это ослабит оборону крепости. Все понимали, что уход корабля подорвет дух солдат на берегу. Поэтому «Сан Джорджио» приказали оставаться в Тобруке и оказывать поддержку войскам как можно дольше. Затем экипажу следовало затопить корабль.
Тем временем, береговые батареи тоже готовились отражать наступление с суши. Вместе с орудиями «Сан Джорджио» они оказались самым эффективным средством противодействия англичанам. Однако, днем 21 января морская база была окружена, и был потерян контакт с итальянскими сухопутными силами. На закате вражеская артиллерия, подойдя вплотную, начала обстрел «Сан Джорджио». «Чудо» подошло к концу. Ночью экипаж в полном порядке высадился на берег, на борту остались только командир и несколько специалистов, чтобы подготовить уничтожение корабля. Этой же ночью все сооружения и оборудование Тобрука были полностью уничтожены. Несколько маленьких суденышек попытались проскочить сквозь линию блокады британских судов. Большинству это удалось.
22 января в 5.00 «Сан Джорджио» встретил свой конец – он был взорван собственным экипажем. Чтобы удостовериться, что подрывные заряды сработают, офицер и торпедист пожертвовали своими жизнями. Командир корабля, капитан 2 ранга Пульезе тоже остался на борту, по был спасен, хотя и получил тяжелые ранения. В 8.30 было сломлено последнее сопротивление моряков в Тобруке, и морскую базу заняли англичане.