Победа христианства также негативным образом сказалась на положении иудеев в Палестине. Если для языческих императоров Палестина ничем не отличалась от других провинций империи, то для христиан она стала Святой землей. Ведь христианская церковь была провозглашена Новым Израилем, следовательно, наследником и земли, которую Бог «даровал своему народу». Началось вытеснение иудеев из Палестины. Повсеместно в Палестине возникали церкви и монастыри, всемерно поощрялся переход иудеев в христианство, браки между христианами и иудеями были запрещены под страхом смертной казни. Патриарх Гил ель II, видимо, опасаясь за само существование иудейского патриархата, распорядился в 359 г. опубликовать календарную систему расчета наступления каждого месяца и расчета времени по иудейскому лунно-солнечному календарю. Знание этого календаря избавило иудейские общины от необходимости ожидать гонцов из Галилеи, чтобы определить время праздников.
Некоторое улучшение наступило при кратком (361-363 гг.) царствовании императора Юлиана, попытавшегося восстановить в качестве официальной прежнюю языческую религию и прозванного за это Отступником. Он даже вознамерился вернуть иудеям Иерусалим и приказал начать работы по восстановлению Иерусалимского Храма. Однако после его гибели в походе против персов, а особенно после окончательного разделения в 395 г. Римской империи на Западную и Восточную (Византию), давление на патриархат снова усиливается. В формулировках распоряжений властей, направленных против иудеев, все более заметны чисто теологические мотивы. Иудеям запрещается занимать общественные и государственные должности, служить в войсках, держать христианскую прислугу, даже строить новые синагоги. Последний палестинский патриарх Гамлиэль VI был сначала утвержден императором Феодосием II в должности префекта (главы) иудеев. Однако потом Гамлиэль был обвинен в нарушении имперских законов, в частности запрещении строительства новых синагог, в разбирательстве судебных дел между иудеями и христианами, а также в обращении в иудаизм рабов-христиан, что означало их включение в члены иудейской общины. В 415 г. последовал указ об его отстранении от должности, а в 429 г. патриархат иудеев был упразднен, а сам титул патриарха был присвоен христианскому епископу Иерусалима.
Упразднение иудейского палестинского патриархата совпало с прекращением деятельности палестинских амораев. Однако к тому времени они уже закончили составление сборника комментариев на Мишну — Палестинскую Гемару. Вместе Мишна и Палестинская Гемара составили так называемый Палестинский Талмуд, называемый иногда Иерусалимским Талмудом, хотя составлялся он, конечно, не в Иерусалиме. В Палестинской Гемаре гораздо меньше материала законодательного (галахического) характера, но она весьма ценна наличием в содержании агады (преданий, притч, сказаний, аллегорий) с большим количеством различных сведений о жизни и верованиях палестинских иудеев того времени.
Следует указать, что и после прекращения работы палестинских амораев литературное религиозное творчество не остановилось. Теперь оно существует в форме сборников (мидрашей) агады, рассчитанных на назидательное чтение дома и на собраниях. Такие сборники были двух видов. Одни содержали комментарии к тексту Танаха и рассуждения о нем, другие — проповеди на разные темы Священного Писания, которые читаются в субботы и в праздники. К мидрашам первого типа относится Мидраш Раба (большой мидраш), охватывающий все Пятикнижие и Книги: Песнь песней, Руфь, Плач Иеремии, Екклезиаст и Есфирь. Примером мидрашей второго типа является Мидраш Танхума, авторство которого приписывается палестинскому законоучителю IV в. Тан- хуму бар Аба, а также мидраши Песикта, самый древний из которых составлен в VI в.
Создание наиболее авторитетной и полной Вавилонской Гемары стало возможно только двумя столетиями позже в Месопотамии. Именно там был завершен Вавилонский Талмуд, ставший своего рода народной конституцией иудеев и сформировавший духовный облик религиозного иудейства последующего времени. Этому способствовали гораздо более благоприятные, чем в Византии, условия жизни иудейских общин.
К началу II в. религиозно-социальными центрами иудаизма в стране стали города Нагардея, Пумбедита и Сура, расположенные к западу от Евфрата примерно на широте современного Багдада. Во главе всех иудеев царства стоял верховный начальник — «глава изгнания» (по-еврейски реш-галут, по-гречески эксиларх). Он представлял иудеев перед царской администрацией, которая сама контролировала только выплату податей. Он также осуществлял высшую судебную и административную власть над иудеями Парфии и считался весьма важным сановником государства. Соответственно он вел княжеский образ жизни, и его окружала многочисленная челядь и прислуга. Эксиларх избирался самой общиной и только утверждался царем. Как правило, эта должность передавалась по наследству в семье, которая возводила свое происхождение к царю Давиду.
По мере угасания палестинского центра многие ученые переезжают в Вавилонию, появляются школы вавилонских амораев. Первыми вавилонскими амораями, создавшими свои авторитетные школы, считаются Абба Ариха (второе его имя Рав — Великий) и Самуил Ярхинаи. Оба были самыми способными учениками Иегуды Ганаси, сам Рабби возвел их в звание законоучителей. Рав, вернувшись на родину, основал свою школу, традиционно называемую академией (евр. —ешивой), в Суре, которая вскоре стала весьма популярной — число учеников ее доходило до 1200 человек. Согласно сложившейся традиции, учебные сессии — ярхей калла — проходили в свободные от сельскохозяйственных работ два месяца, и тогда в Суре собирались ученики и мудрецы со всей страны. Приезжих было так много, что окрестности Суры покрывались палатками. В промежутках между сессиями каждый ученик работал самостоятельно, готовясь к обсуждению следующих вопросов. В своих исследованиях Рав искусно сочетал умение истолковывать текст в соответствии с его прямым смыслом и мистические изыскания и агадические предания. В результате упорной работы и многочисленных обсуждений Мишны Раву и его ученикам удалось сформулировать основные принципы Вавилонской Гемары. В ней бережно сохранены доводы всех сторон, обсуждавших проблему, и никакое мнение, даже неприемлемое, не замалчивается. Гуманистическое мышление Рава проявилось, в частности, при обсуждении следующей проблемы: допустимо ли доброе дело, продиктованное не совсем чистыми побуждениями (например, из тщеславия, возможной корысти и др.). По его мнению, «хорошо, если народ занимается изучением Закона и благотворительностью, хотя бы и не бескорыстно, потому что это создает привычку, которая рано или поздно приведет к совершению добра ради добра». Раву принадлежит авторство ряда важных гимнов и молитв, включенных в иудейскую литургию. Величие дел Рава подтверждает и то, что основанная им академия в Суре просуществовала после него восемь столетий.
Соученик Рава Самуил возглавил академию в Пумбедите. Самуил много внимания уделял проблемам повседневной практической жизни и наук. Он преуспел в медицине, математике и особенно в изучении астрономии. Он отличался от Рава и большим интересом к практической деятельности. Благодаря близости к эксиларху он оказал большое влияние на формирование талмудического законодательства во всех областях: от земельных споров до возмещения убытков. Им заложены основы практического галахического законодательства. Именно Самуилом был сформулирован определяющий принцип Талмуда относительно соотношения государственной власти и иудейской религиозной. Согласно ему, общие гражданские законы каждого государства обязательны для иудеев, проживающих в этой стране, и, следовательно, иудейское гражданское право должно с ними считаться.
В академиях Рава и Самуила были четко сформулированы принципы расположения молитв для будних дней, праздников и разных обстоятельств. Тогда же весь текст Пятикнижия был распределен на 54 главы, которые полагалось читать по субботам в течение всего года. Под влиянием арамейского окружения в богослужения вошли молитвы на местном арамейском языке. Среди них особенно надо отметить молитву кадиш, провозглашающую святость Бога: «Да будет Его имя великое благословляемо во веки веков». Со временем стали считать, что кадиш способствует искуплению грехов умершего, и сыновьям положено было читать ее в течение года после смерти родителя, а затем и в годовщину его кончины.