Последнее распоряжение свидетельствовало о трудностях, возникших с выявлением еретиков. Более того, примерно тогда же произошел эпизод, поощрявший уклонение от данных приказов. Жуану Мигесу, он же Иосиф Наси, позже герцогу Наксосскому, удалось добиться освобождения своей тетки, Грасии Мендес, арестованной в Венеции по подозрению в ереси. Такому шагу способствовали внутренняя и внешняя политика, а также экономические соображения. В середине XVI века крупнейшим центром иммиграции марранов стал город Феррара, который тогда находился под благосклонным правлением дома Эсте. Именно там возникли первые крупные общины марранов в Европе и началось книгопечатание испанской и португальской литературы на местных языках. Однако в 1580 году последовала реакция. Община была расколота; многих марранов посадили в тюрьму, а упорствующих отправили в Рим, где их ждала мученическая смерть. С тех пор место Феррары как крупнейшего приюта для беженцев-марранов заняла Венеция. Все больше марранов перебирались в Венецию, где возвращались к вере своих отцов. Власти, которые с годами научились терпимости, смотрели на расселение марранов сквозь пальцы при одном условии: что они откажутся от напускного христианства, переселятся в гетто и будут носить отличительную метку, как и прочие евреи. Пример подобного либерального отношения к марранам подавали многие папы римские эпохи Возрождения – до того, как католическая реакция повлияла на их взгляды. Впрочем, скорее всего, венецианские власти руководствовались не духовными, а экономическими соображениями. Если бы марранам не позволили остаться в Венеции, они двинулись бы дальше на Восток. Республика предпочла немного уступить, но не позволять этим потенциально ценным поселенцам увозить свои богатства и способности в Османскую империю и содействовать ее обогащению и процветанию.
В Венеции существовал трибунал инквизиции, который должен был следить за чистотой веры. Однако в подобных вопросах власти Светлейшей не склонны были слишком подчиняться папскому престолу. Инквизиции позволялось действовать в довольно ограниченных рамках. Так, ей позволялось лишь возвращать неверных к Богу или сажать еретиков в тюрьму. В начале XVII века, когда имела место знаменитая ссора между папским престолом и Венецианской республикой (в которой фра Паоло Сарпи, рискуя жизнью, энергично защищал превосходство светской власти), власть святой инквизиции в Венеции еще больше ограничили. Сам Сарпи, однако, считал крещение самых первых христиан-марранов недействительным, так как оно происходило под угрозой или насильно; поэтому он сомневался в какой-либо власти инквизиции во всех подобных вопросах. Инквизиция становилась все менее могущественной и могла влиять лишь на тех, кто сохранял ложный покров христианства и таким образом представлял подлинную угрозу для истинной веры. Во второй половине XVI века местный трибунал взял реванш, подвергнув пыткам около 20 марранов, подозреваемых в том, что они тайно исповедуют иудаизм. В течение следующих 120 лет до трибунала доходила лишь половина подобных дел; в половине случаев обвинения не вели ни к каким преследованиям.