При работе над «Иудейскими древностями» автор использовал большое количество источников, многие из которых до нас не дошли. Он приводит множество текстов государственных указов, цитирует договоры между государствами. Опирается Иосиф и на труды своих предшественников – историков Страбона, Полибия, Тита Ливия, Азиния Поллиона, Николая Дамасского и других. Для первых же книг «Иудейских древностей» главным источником, конечно, была Библия.
Трудно переоценить значение трудов Иосифа Флавия для научной библеистики. Как в «Иудейской войне», так и в «Иудейских древностях» он предпринял попытку представить в наивыгодном свете историю и культуру древнееврейского народа. Понимая всю ответственность поставленной перед собой задачи, Иосиф выработал своеобразный подход к материалу библейских книг. В основном следуя тексту Септуагинты, он опускает или подает иначе все то, что представляет его народ в невыгодном ракурсе. Так он игнорирует в своем пересказе Ветхого Завета эпизод с продажей Исава Иакову своего первородства, сведения о кровосмесительстве Иуды и Фамари, Лота и его дочерей, об убийстве Моисеем египтянина и о других нелицеприятных событиях.
Своеобразно его отношение к чудесам, о которых рассказывает Библия. В большинстве случаев он стремится при первой возможности дать им рациональное объяснение. В остальных же местах ограничивается простым пересказом библейского текста. К некоторым ветхозаветным чудесам Иосиф относится явно скептически. Это видно из приведенных им аналогий. К примеру, проход израильтян по дну Красного (Чермного) моря он сравнивает с описанием перехода Александра Македонского через Памфилийское море; при этом он оговаривается: пусть каждый думает о таких сведениях как ему угодно.
Иосиф старается показать, что уже древнейшие представители его народа обладали культурой и образованностью весьма высокого уровня. В этом, по его словам, они не уступали представителям современной ему античной цивилизации. Иосиф щедро наделяет библейских персонажей достоинствами, присущими древнегреческим героям и легендарным царям. Так уже Каин, по Иосифу Флавию, ввел систему мер и весов, учредил межи на полях, а Сиф и его дети освоили астрономию. Иосиф сообщает, что первый человек Адам предсказал конец мира от потопа или вселенского огня. Притянутыми выглядят его вставки о преследовании Авраама месопотамскими земляками за единобожие и о том, что именно Авраам научил египтян математике и астрономии.
Заметно приукрасил Иосиф Флавий и достоинства древнееврейской литературы. В его передаче Пятикнижия последняя песнь Моисея написана гекзаметром, а псалмы Давида – пентаметром. Царю Соломону приписываются три тысячи книг и парабол. По мнению Иосифа, древнееврейской литературе присущи ритм и музыкальность, свойственные древнегреческой изящной словесности.
Во всем этом проявилось стремление Иосифа Флавия создать как можно лучшее мнение о древних евреях у иноземных читателей, прежде всего у его высочайших покровителей из императорской династии Флавиев и их придворного окружения. Вероятно, в этой части своего труда Иосиф использовал и иудейские народные предания.
Вместе с тем следует отметить, что библейские законы Иосиф пересказывает кратко, с большими пропусками. Возможно, это объясняется тем, что он имел намерение посвятить этой теме отдельное сочинение.
Критика трудов Иосифа Флавия обильна и разнообразна. Раньше всех, начиная с XVII века, недоверие к нему выразили богословы разных вероисповеданий. Их возмущало его открытое и необъясненное пренебрежение к тексту Священного писания. Таких примеров, действительно, можно привести много. Иосифа часто обвиняли в самовосхвалении и неумеренном честолюбии. Даже авторские экскурсы высокого литературного достоинства признавались великим кощунством. У соплеменников же недовольство вызывала эллинизация Ветхого Завета.
В то же время светская критика его произведений была не всегда объективной и аргументированной. Последнее во многих случаях относится к подозрениям о слабом знании Иосифом как родного языка, так и древнегреческого. Однако, как показали последующие исследования, замеченные у него огрехи в равной мере присутствуют и в трудах других авторитетов древности, в основном как описки переписчиков.
Несомненно, Иосиф Флавий владел древнееврейским, арамейским, греческим, латинским, а возможно, даже набатейским и арабским языками. В своей книге «Против Аппиона» он говорит: «Свое сочинение о древностях я составил... на основании наших священных книг, так как сам принадлежу к священническому роду и основательно изучил философию, заключающуюся в тех книгах».
В «Иудейских древностях» содержится много ценного, порой уникального, исторического материала. Это относится, например, к истории эллинистических государств, Парфии, Армении, Набатейского царства. Римской державы, к истории покорения Римом государств Передней Азии. Не случайно в средневековье и в новое время эта книга Иосифа Флавия считалась одним из важнейших источников по древнеримской истории, наряду с сочинениями Тита Ливия, Тацита, Светония, а один из наиболее эрудированных христианских авторов IV-V веков Иероним назвал Иосифа Флавия «Титом Ливием греков».
Однако для христиан, пожалуй, наиболее важным в труде Иосифа Флавия было первое нехристианское свидетельство об Иисусе Христе, помещенное в 18-й книге «Иудейских древностей». Вот оно: «Около этого времени жил Иисус, человек мудрый, если Его вообще можно назвать человеком. Он совершил изумительные деяния и стал наставником тех людей, которые охотно воспринимали истину. Он привлек к себе многих иудеев и эллинов. То был Христос. По настоянию наших влиятельных лиц Пилат приговорил Его к кресту. Но те, кто раньше любили Его, не прекращали этого и теперь. На третий день Он вновь явился им живой, как возвестили о Нем и о многих других Его чудесах боговдохновенные пророки. Поныне еще существуют так называемые христиане, именующие себя таким образом по Его имени».