Захватив Храм, Помпей вместе со своей свитой совершил еще и святотатство, войдя в особую комнату, Святая святых, где пребывал Дух Божий и куда мог войти только первосвященник, да и то лишь один раз в году – в Судный день. Римские язычники были поражены, найдя помещение совершенно пустым и не обнаружив там никаких статуй и изображений. Правда, Помпей ничего не взял из храмовой казны и не тронул драгоценные вещи и утварь. Более того, он разрешил очистить Храм и возобновить богослужение уже на следующий день после штурма.
Помпей опасался оставлять Иудею территориально большой и могущественной, какой она была при Яннае и Саломее Александре. Желая существенно ослабить страну, он отнял у Иудеи все средиземноморское побережье вместе с портовыми городами, большую часть Заиорданья, а также некоторые области Самарии и Идумеи. Кроме того, он восстановил эллинистические города на всей территории Палестины, подчинив их непосредственно Риму, наложил на Иудею дань и приказал разрушить стены Иерусалима. Помпей казнил также многих сторонников Аристобула II, а самого иудейского царя вместе с его семьей отправил в Рим. Вместе с тем римляне боялись появления новых Маккавеев, поэтому оставили Иудее не только полную религиозную свободу, но и внутреннюю самостоятельность, в то время как, например, селевкидская Сирия была превращена в обычную римскую провинцию. Первосвященником и этнархом (правителем) Иудеи был назначен Гиркан, однако без права использовать титул царя.
Флавий возлагает главную вину за захват римлянами Иудеи на Гиркана и Аристобула, на распри внутри хасмонейской династии. Он пишет следующее: «Виновниками этого бедствия, постигшего Иерусалим, являлись Гиркан и Аристобул, ссорившиеся между собою. Теперь мы утратили свою свободу и стали подвластны римлянам, теперь нам пришлось поневоле отдать сирийцам области, которые мы вернули себе силою нашего оружия; кроме того, римляне в короткое время получили с нас более десяти тысяч талантов, а царская власть, которая прежде предоставлялась в виде почета родовитым первосвященникам, теперь стала уделом мужей из простонародья» (Иуд. древн., XIV, 4, 5).
Подчинение Иудеи Риму не положило конец антиримскому сопротивлению и борьбе за власть внутри хасмонейской династии. Как и расчитывал Помпей, Гиркан (вошел в историю как Гиркан II) оказался слабым и зависимым от Рима правителем. Однако, не имея достаточной поддержки внутри страны, он не мог ее эффективно контролировать и, чтобы удержаться у власти, постоянно прибегал к военной помощи римлян. На беду Гиркану, его племяннику, старшему сыну Аристобула II Александру удалось бежать из плена, когда семью царя везли в Рим. Вернувшись тайком в Иудею, он собрал приверженцев своего отца и возглавил в стране антиримское восстание. В 57 г. до н. э. Александру удалось овладеть почти всей Иудеей. Для помощи Гиркану II римляне послали большую армию во главе с Марком Антонием, будущим соратником Юлия Цезаря и триумвиратором. Только после тяжелых сражений с превосходящими силами римлян Александр был вынужден прекратить сопротивление, но, как показала жизнь, всего лишь на время.
Восстание Александра продемонстрировало, с одной стороны, потенциальную военную мощь Иудеи, а с другой – явную неспособность Гиркана II управлять такой страной. Чтобы ослабить Иудею еще больше, римляне решили децентрализовать ее, разделив на пять округов, а власть в каждом из них отдать иудейской аристократии. Гиркану был оставлен только пост первосвященника. Но и после этого сопротивление римлянам не прекратилось. В 56 г. до н. э. Аристобулу II и его младшему сыну Антигону удалось бежать из римского плена. Вернувшись в Иудею, они сразу стали собирать военные силы, чтобы изгнать римлян и сторонников Гиркана из страны. Но римляне опередили Аристобула, напав на него еще до того, как он успел набрать армию. Тяжело раненный в сражении Аристобул вместе со своим младшим сыном Антигоном снова попал в плен и был отослан в Рим, где содержался в темнице.
Однако дело отца продолжил его старший сын Александр. Уже в следующем 55 г. до н. э., воспользовавшись тем, что главные силы римской армии находились в Египте и Месопотамии, он снова поднял восстание, разгромил римский гарнизон в Иудее и овладел всей страной, правда, ненадолго. Римские легионы, спешно возвращенные из военных походов, нанесли поражение армии Александра у горы Табор в Галилее, но самого Александра им пленить не удалось.