Сначала он овладел Медавою – районом Заиорданья, прилегавшего к восточному берегу Мертвого моря. Со времен судей (XII–XI вв. до н. э.) эта область принадлежала южному древнееврейскому племени Реувен (Рувим), а затем стала частью Израильского царства. Вторым объектом наступления Йоханана Гиркана стала Самария, известная прежде как удел главного израильского племени Эфраим (Ефрем). И, наконец, третьим направлением его походов стала Идумея, страна эдомитян, ближайших родственников иудеев. Этот народ, представлявший во времена патриархов Авраама и Исаака одно целое с древними евреями, жил раньше в юго-восточном Заиорданье, в Эдоме, но, будучи вытеснен оттуда кочевниками-набатейцами, занял в VI–V веках до н. э. территорию Южной Иудеи. С тех пор за эдомитянами закрепилось новое имя – идумеи. Переселение идумеев стало возможным из-за опустошения Иудеи вавилонянами в 587 г. до н. э. и увода в плен части иудеев. Так южная Иудея стала Идумеей. Если в этническом отношении идумеи являлись фактически тем же народом, что и иудеи, то в религиозном плане они были язычниками. Завоевав Идумею, то есть южную Иудею, Йоханан Гиркан поставил ее народ перед выбором: либо принять еврейский монотеизм, либо уйти из южной Иудеи. Идумеи выбрали первое и с тех пор стали полноценными иудеями. Совершенно иначе Йоханан Гиркан отнесся к самаритянам – потомкам израильтян из племен Эфраим и Менаше (Манассия), которые частично смешались с переселенцами из Сирии и Месопотамии. Здесь он удовлетворился лишь разрушением их храма на горе Гаризим, который служил им альтернативой Иерусалимскому Храму. Несмотря на разницу в традициях, обрядах и священных книгах, самаритяне придерживались того же еврейского монотеизма, что и иудеи.
В конце правления Йоханана Гиркана его сыновья Аристобул и Антигон сумели отвоевать у Селевкидов южную часть Галилеи и эллинистический город Скитополь (израильский Бет-Шеан). Завоевание эллинистических городов проходило всегда сложнее. Солдаты и чиновники, которых поселили там сначала Птолемеи, а потом Селевкиды, оказывали ожесточенное сопротивление иудейской армии и пользовались военной и политической поддержкой эллинистических царств. Например, в Идумее труднее всего оказалось завоевать эллинистические Марешу и Адорайим, эти два бывших иудейских города были превращены греками в форпосты эллинистического язычества в южной Палестине.
Йоханан Гиркан проводил активную внешнюю политику. Подобно своему отцу Симону, он старался поддерживать дружбу и союз с Римской республикой – врагом селевкидской Сирии. Вместе с тем он использовал противоречия между селевкидской Сирией и птолемеевским Египтом, а также распри внутри правивших там династий. Все это позволило ему присоединить к Иудее территории, где преобладало еврейское население, и в то же время избежать серьезных столкновений с этими эллинистическими царствами. Однако многие исконные еврейские области, принадлежавшие раньше Израильскому царству – Галилея, северное и центральное Заиорданье, часть средиземноморского побережья, – оставались еще под властью селевкидской Сирии и птолемеевского Египта. Их освобождение уже выпало на долю сыновей Йоханана Гиркана.
В целом правление Йоханана Гиркана было весьма успешным. Вот как оценивает его еврейский историк I века н. э. Иосиф Флавий: «Являясь в течение тридцати одного года образцом примерного правителя, он умер, оставив после себя пять сыновей и удостоившись от Господа Бога трех величайших благ: властвования над своим народом, первосвященнического достоинства и дара прорицания» (Флавий, Иуд. древн., XIII, 10, 7).
Йоханан Гиркан, будучи человеком мудрым и дальновидным, завещал правление страной своей жене, а пост первосвященника – старшему сыну Аристобулу. Тем самым он разделил светскую и религиозную власть между членами своей семьи, полагая, что это поможет сгладить конфликт с влиятельными в народе фарисеями, но оставить контроль над Иудеей в руках Хасмонейской династии. Однако жизнь распорядилась иначе. Властолюбивый Аристобул не удовлетворился саном первосвященника, он захватил и правление страной, а свою мать отправил в тюрьму, где в дальнейшем уморил ее голодом. Совершить государственный переворот Аристобулу помогло то обстоятельство, что в конце жизни отца он командовал иудейской армией и к тому же пользовался полной поддержкой саддукеев – партии храмовых священников. Три брата Аристобула, как и их мать, тоже оказались в темнице, повезло только Антигону, который с детства был любимым братом нового правителя. Впрочем, и Антигон ненамного пережил свою мать, вскоре он стал жертвой подозрительности Аристобула и интриг его придворных.