К началу 1865 г. Стебут окончил диссертацию. Совет университета одобрил ее и она была напечатана. «В ней, думается мне, я в первый раз познакомил русского читателя с полезной составной частью почвы»,— писал Стебут. Университет выпустил его диссертацию отдельным изданием под заглавием «Известкование почвы».
В мае 1865 г. Стебут приехал в Смелу — владение известного основателя свеклосахарного дела А. А. Бобринского. Смелянская экономия представляла собой большое хозяйство, где сахарная свекла занимала 10% посевной площади. Здесь же проводились селекционные и опытные работы, а также практиковалось разведение леса. При экономии работал огромный по тому времени опытный свеклосахарный завод. Главным управляющим имения был Б. А. Михельсон. Вскоре Стебут женился на дочери Михельсона Екатерине Борисовне. По характеристике С. С. Коссовича, «это была нервная, болтливая, взбалмошная женщина, эгоистичная, но добрая, не обидчивая, она хотела, чтобы ее муж и дети (сын Александр, известный селекционер и почвовед и дочь Наталья, бывшая замужем за агрономом М. Ф. Арнольдом) были первыми во всех отношениях». В. С. Коссович в своих воспоминаниях пишет: «Она была живой, веселый человек, далеко не похожий на своего благоразумного, сердечного, сдержанного супруга. Выше всех она ставила своего мужа».
После свадьбы Стебут уехал в Петербург, чтобы защитить диссертацию, после чего он хотел поехать за границу.
Екатерина Борисовна Стебут
Но по приезде в Петербург ему сообщили непременное желание министра, чтобы он занял кафедру земледелия в Петровской академии. В начале октября 1865 г. Стебут был назначен исполняющим обязанности профессора Петровской земледельческой и лесной академии по кафедре земледелия.
«Около этого же времени,— вспоминал Стебут,— защищал я диссертацию. Официальными оппонентами были А. В. Советов {20} и Д. И. Менделеев. Возражения были несущественные. Тепло-отнесся к моей диссертации А. Н. Энгельгардт. Верность предполагавшегося мною значения для России известкования почвы подтвердилась опытами, производившимися Вольным экономическим обществом под руководством Д. И. Менделеева, который, представляя Обществу отчет о результатах этих опытов, весьма лестно вспомнил о моей диссертации». Стебут имеет в виду опыты, которые проводились в 1867 и 1869 гг. в Симбирской, Московской, Смоленской и Петербургской губерниях по инициативе А. П. Людоговского и по программе и под руководством Д. И. Менделеева. В своем отчете Вольному экономическому обществу в 1872 г. Менделеев говорил: «Всем известно русское сочинение И. А. Стебута „Об известковании почвы”, где рассматривается этот вопрос с надлежащею полнотою, на которую мне нельзя и решиться в этом кратком отчете... Относительно извести мне почти нечего здесь прибавлять к тому, что писал Стебут»{21}.
Одновременно с назначением профессором Петровской академии Стебута избрали депутатом от Академии на столетний юбилей Вольного экономического общества {22} вместе с В. К- Делла-Восом. Он принимал участие в первом Всероссийском съезде сельских хозяев, устроенном в связи с юбилеем Общества. «При условиях, в которых я находился,— вспоминал Стебут,— я не мог принять в нем более деятельного участия. Помню, однако, что при обсуждении доклада А. В. Советова „О системах земледелия” — части или основы его будущей докторской диссертации — мне пришлось первый раз высказать свой взгляд на различие между системой сельского хозяйства, системой полевого хозяйства и системой культуры, что было смешано в докладе, как впоследствии и в диссертации под весьма неопределенным названием системы земледелия».
Петровская академия
«21 ноября (старого стиля) 1865 г.—писал Стебут,- была, наконец, открыта Академия. В помещении, в котором должен был помещаться кабинет земледелия, был накрыт обеденный стол за отсутствием в нем чего-либо. Академия открылась без всяких учебных пособий по специальным предметам». Действительно, стены помещения, где стояли столы для приглашенных гостей, «были покрыты трофеями, составленными из снопов, кос, серпов, лопат и других сельскохозяйственных ручных орудий, чем маскировалось отсутствие важных коллекций».