С именем Стебута связан большой период жизни Петровской академии. Сначала профессором, а затем, по выслуге лет, преподавателем принимал он деятельное участие в ее работе вплоть до 1894 г., когда Академия была закрыта (и затем восстановлена под названием Московского сельскохозяйственного института). Нельзя не сказать и о первых соратниках Стебута — преподавателях Академии. Директором ее являлся Н. И. Железнов, читавший курс физиологии растений. Выдающимся работником Академии был и профессор химии П. А. Ильенков, друг Стебута; он принимал деятельное участие в устройстве Академии и преподавал в ней до 1875 г. В. К. Делла-Вос, также близкий к Стебуту, преподавал механику, впоследствии был первым директором Высшего технического училища. Профессором ботаники являлся Н. Н. Кауфман, известный автор «Московской флоры». Зоотехнию преподавал И. Н. Чернопятов, в дальнейшем соавтор «Настольной книги для русских сельских хозяев», которую выпустили Стебут и Людоговский. Наряду с другими профессорами эти лица составляли коллектив передовых ученых, обеспечивших высокий уровень преподавания в первые годы жизни Академии.
Чтение лекций в Академии началось в январе 1866 г. Вступительная лекция Стебута была в том же году напечатана в журнале «Сельское хозяйство и лесоводство».
К событиям первых лет жизни Петровской академии относится известное политическое дело Нечаева — убийство в парке Академии студента Иванова. По воспоминаниям В. С. Коссовича, это дело сильно взволновало Стебута, который должен был принять участие в суде как свидетель. «Много лет спустя я встретил женщину-агронома, которая рассказала, что ее отец был привлечен как один из участников убийства и только благодаря свидетельским показаниям Стебута избег смертного приговора».
«В Академии начались снова занятия в комиссиях по выработке разных правил применительно к новому уставу,— писал Стебут,— а так как в первое время существования Академии нас было всего двое специалистов— сельских хозяев, я и И. Н. Чернопятов, на мою долю выпадало участие почти в каждой комиссии, к тому же большей частью в роли ее докладчика „председателя”. Кроме того, необходимо было усиленно заняться устройством учебных пособий, что стоило многих трудов и неприятностей».
Стебуту пришлось несколько раз менять площадь, подготовленную под опытное поле, перенесенное, наконец, на постоянное место лишь в 1875 г. Первый план поля он составил в 1866 г. На нем велись занятия со студентами, а на отдельном участке ставились опыты с разными удобрениями и другие, в частности опыты по сравнению действия суперфосфата и костяной муки, по изучению влияния различных приемов культуры льна на его масличность. В 1869 г. программа работ расширилась, стали проводиться как полевые опыты, так и «культурные опыты» в горшках, а также лабораторные исследования. В программу были включены такие темы, как влияние перемешивания почвы на ее физические свойства, изучение удобрений, способствующих переводу почвенных запасов в усвояемую форму, изучения кущения злаков, влияние хранения семян на их всхожесть. В дальнейшем в программу работ опытного поля вошли и вопросы изучения различных паров и времени обработки под яровое, изучение севооборотов и культуры корнеплодов. Было положено начало коллекционного питомника культурных и сорных растений, коллекции многолетних злаков. На полях также испытывались сельскохозяйственные машины и орудия.
Одновременно Стебут занялся устройством кабинета учебных пособий. «Постепенно,— писал он,— благодаря довольно хорошим штатным средствам, экстренным ассигновкам (например, по случаю Всемирной Парижской выставки 1867 г.) и экскурсиям, при которых приходилось собирать кое-что для кабинета, учебные пособия получали некоторую полноту, и ко дню моего выхода в отставку в 1875 г. мною был приготовлен систематический каталог коллекций для напечатания. Каталог, однако, не был напечатан за выходом моим в отставку, да и пожар уничтожил коллекции, мои труды и замел, таким образом, мой этот след в Академии» (Стебут имеет в виду пожар 1880 г., когда сгорело здание сельскохозяйственного музея).
«Устроив рабочую комнату, я сделал своей задачей привлечь учащихся к самостоятельным работам, содействуя им при выборе работ и при их исполнении». К числу таких работ относились работы Шишкина{23} о влиянии удобрения на развитие льняного растения, Перепелкина — о фосфорнокислых удобрениях, Пухова — о влиянии уплотнения и разрыхления почвы на испарение из нее воды, Сабанеева — о физических свойствах искусственно приготовленных почв и др. Многие из них были напечатаны в русских и иностранных журналах.