Совет Академии, приняв отставку Стебута, избрал его своим почетным членом. Поводом к отставке Стебут выдвигал «совершенно расстроенное здоровье». Но это была не единственная причина принятого им решения. Вторичный переход опытного поля на новый участок состоялся против желания Стебута, вопрос об этом решали в его отсутствие. Во время его командировки в Вену была изгнана из своего помещения и лаборатория земледелия. «Единственный профессор земледелия Стебут преподавал в аудитории и в поле все части этой науки. В курсы свои, сверх того, он вынужден был включать не только почвоведение, но до избрания К. А. Тимирязева и разнообразные отделы ботаники, физиологии и даже анатомии растений», — вспоминал много позднее И. В. Якушкин{32}.
И. А. Стебут. 60-е годы
Итак, в мае 1875 г.—-вспоминал Стебут,— я простился с Академией, сохраняя доброе отношение ко мне моих коллег, в особенности незабвенного П. А. Ильенкова, которому я обязан существенной и нравственной поддержкой. Мы с ним часто расходились во взглядах, но оставались в дружеских отношениях. Впрочем, и он скоро за мной последовал в отставку [...]. С выходом в отставку я должен был оставить в стороне многие, интересовавшие меня вопросы, например, о русских почвах». Стебут отправляется в Либаву, а по возвращении оттуда поселяется с семьей в Москве.
Осенью 1876 г. директором Академии стал известный лесовод Ф. К- Арнольд. Стебут получил приглашение читать в Академии частное земледелие (полеводство и луговодство). Этот курс он и читал по ежегодному избранию Совета и утверждению министерства до 1894 г. На представлении директора Академии об утверждении Стебута преподавателем министр написал: «Давно пора». С 1887 г. отдельные приват-доцентские курсы при кафедре читали и ученики Стебута: И. Н. Клинген, В. Р. Вильямс, П. Р. Слезкин. В 1887 г. для подготовки к профессорскому званию из его учеников были избраны В. Р. Вильямс, Д. Н. Прянишников, а в следующем году и П. С. Коссович.
И. А. Стебут. 70-е годы
Здесь уместно привести некоторые отрывки из воспоминаний племянника Стебута, В. С. Коссовича, характеризующие лекционную деятельность Стебута. Он подчеркивал, что Стебут уделял много времени подготовке к лекциям. «Хорошо помню, как накануне лекционного дня дядя после обеда уединялся в свой кабинет и был уже ни для кого недоступен. Располагая хорошей библиотекой, он подготовлял необходимые материалы, просматривал новейшие журналы и дорабатывался до ночи, а иногда и до часто посещавшей его мигрени [...] Стебут был хороший лектор, но слушать его надо было с напряженным вниманием: он употреблял сложные периоды, ставил высказываемое положение в зависимость от многообразных условий времени, места, климата. Его лекции высоко ценились, были одни из самых посещаемых». В. С. Коссович вспоминает первую лекцию 1886 г. для студентов четвертого курса. Стебут начал ее с цитаты римского писателя Цинцината о том, что нет ничего лучше и приятнее, как занятие сельским хозяйством, но предостерегал от увлечения этим взглядом и указывал на сложные требования, которые предъявляются к агроному: он должен быть хорошим экономистом и администратором и получить не только агрономическое образование, но и агрономическое воспитание, на чем Стебут особенно настаивал.
Я. С. Коссович
По его мнению, агроному предстоит тяжелый труд: он должен рано вставать, иногда не досыпать, развить у себя наблюдательность к явлениям природы, быть упорным в борьбе со стихийными явлениями природы и пр. Поэтому тем, кто не чувствует себя склонным к этим условиям, он советовал своевременно избрать другую деятельность. Стебут предостерегал от взгляда на сельское хозяйство как на идиллию.
Из событий последующих лет Стебут в своей автобиографии упоминает об управлении имением своего тестя Кроткое в Тульской губернии (см. главу «Хозяйство в Кротком») и о своих литературных трудах. В 1879 г. вышел в свет второй выпуск «Основ полевой культуры» — полевой и луговой клины. А в 1882 г. Стебут выпустил книгу «Статьи о русском сельском хозяйстве, его недостатках и мерах к его усовершенствованию (1857—1882 гг.)».
Д. Н. Прянишников
В этот сборник, кроме четырех прежних статей, он включил статьи об обеспечении кормовыми средствами скота в средней черноземной полосе России и статью о значении величины хозяйственной единицы. В 80-х годах Стебут выпустил также вторым изданием «Основы полевой культуры» и «Учебник частного растениеводства, вып. 1. Введение и паровой клин в пару». В процессе работы над учебником он в 1885 г. посетил Казанское, Мариинское (в Саратовской губернии), Горыгорецкое и Харьковское земледельческие училища и, конечно, Московскую земледельческую школу. Эти училища благодаря своей успешной деятельности особенно выделялись среди восьми учебных ферм, открытых в период с 1841 по 1848 г.