В 1898 г. Стебут принял на себя обязанности председателя Ученого комитета министерства земледелия и государственных имуществ. Находясь на этом посту, он особенно широкую деятельность развил в двух направлениях— в области сельскохозяйственного образования и организации опытного дела. В 'кратком очерке развития опытных учреждений в России уже отмечалось, что наиболее активно опытное дело начало развиваться с 90-х годов XIX в., в значительной мере благодаря заботам П. А. Костычева и в дальнейшем И. А. Стебута и его учеников — Д. Н. Прянишникова, П. С. Коссовича, В. В. Винера, и др. В 1896 г. при Ученом Комитете образовалась постоянная комиссия по опытному делу и в 1901 г. было утверждено Положение о сельскохозяйственных опытных учреждениях. Особое значение имели всероссийские съезды по опытному делу 1901 и 1902 гг. Речь Стебута на первом съезде носила в значительной мере программный характер. Поэтому она представляет большой интерес не только для характеристики взглядов Стебута, но и понимания истории развития опытного дела в нашей стране.
Стебут указал, что к 1901 г. в России имелось 34 опытных поля, 20 опытных станций и 5 лабораторий, не считая опытных учреждений при учебных заведениях, специальных станций и местных опытных сетей. Из них 53 опытных учреждения было открыто за короткий период— с 1894 г. Естественно, что такая крупная сеть требовала не только организационного, но и программнометодического руководства. Именно этим вопросам и посвятил главным образом свою речь Стебут. Он особенно подчеркивал два основных требования к опытному делу: оно должно считаться с интересами практического сельского хозяйства и быть вооружено научным методам. Говоря о программе работ опытных станций, Стебут прежде всего остановился на неоднократно-выдвигавшихся им вопросах о необходимости сокращения площади посевов зерновых хлебов с заменой части их другими культурами и об увеличении -производительности земель, с тем чтобы сохранить хлебные сборы на прежнем уровне. Он предложил рациональнее использовать полевые отходы (солому и мякину) на корм, разработать приемы агротехники озимой пшеницы с целью продвижения этой культуры к северу взамен ржи, изыскать лучшие сорта хлебных растений. Вопросом первостепенной важности Стебут считал накопление и сохранение влаги в почве с помощью орошения, облесения и мерами обработки. Большое значение он придавал изучению приемов подготовки и применения -навоза и других удобрений и приемов обработки почвы. В частности, он указывал на необходимость выяснения вопроса о том, сколь часто и под какие культуры следует производить в севообороте -глубокую обработку почвы.
Высказываясь относительно дальнейшего развития опытных учреждений, Стебут говорил о значении «сознательного отношения к их работе сельских хозяев, о необходимости значительного расширения -сети опытных учреждений, о привлечении к участию в их работе хозяйств, об устройстве зоотехнических опытных учреждений, о сосредоточении внимания опытных полей на небольшом числе задач, и, наконец, о важности экономической оценки изучаемых приемов, определения выгодности их применения.
На первом съезде обсуждались и такие вопросы, как клевероутомление, урожайность гречихи, методика -сельскохозяйственного анализа, контроль удобрений и семян, основные положения методики полевого опыта, исследование русских пшениц и сортов пивоваренного ячменя, культура дикорастущих трав, агро-метеорологические наблюдения, задачи и организация зоотехнических опытных исследований, подготовка деятелей опытного дела. Можно сказать, что съезд дал -направление опытно-агрономическим исследованиям на ряд последующих лет. Больше того, на нем впервые были поставлены вопросы методики полевого опыта: однородность опытного участка, размер делянок («на больших участках опыты не могут быть очень точными»), значение защитных полос для устранения влияния краевых рядков, необходимость повторности в опытах и др. Стебут, всегда стоявший на позициях строго -научного метода, придавал методической стороне дела большое значение. В своей речи при открытии съезда 1902 г. он специально говорил о тех трудностях, «которые представляют часто верная постановка опыта и надлежащее его проведение для получения надлежащих результатов».
В этом выступлении Стебут остановился на важном вопросе общей оценки результатов деятельности опытных учреждений. По его мнению, они могут работать над выработкой научных основ сельскохозяйственной техники или над выбором растений и их сортов, животных и их пород. Система же приемов сельскохозяйственной техники в соответствии с местными почвенно-климатическими и экономическими условиями вырабатывается в каждом хозяйстве. Поэтому практическое хозяйство, по мысли Стебута, не должно требовать от опытных учреждений более того, что они могут дать. В свою очередь, опытные учреждения не должны стремиться давать рецептурные решения для каждого хозяйства.