Кроме того, Стебут активно участвовал во всех съездах и совещаниях по проблемам образования и опубликовал большое количество статей и докладов по вопросам агрономической школы, и основные из них издал в сборнике «Сельскохозяйственное знание и сельскохозяйственное образование» (издания 1870 и 1889 гг.). Он разработал устав Херсонского земледельческого училища и принимал большое участие в разработке основ организации Московской земледельческой школы и Петровской сельскохозяйственной академии при пересмотре ее устава в 80-х годах XIX в. А в 90-х и в начале 900-х годов Стебут положил много труда на развитие женского сельскохозяйственного образования, работая с 1898 г. председателем ученого комитета министерства земледелия, с 1899 г.— председателем Совета Общества содействия женскому сельскохозяйственному образованию и с 1904 г.—заведующим первыми в России высшими женскими сельскохозяйственными курсами, которым было присвоено имя «Стебутовских». Отметим еще, что для своей вступительной лекции в Горыгорецком институте в 1861 г. Стебут избрал тему «О науке сельского хозяйства и сельскохозяйственном образовании», а вступительная лекция в Петровской академии была посвящена «Сельскому хозяйству как предмету изучения в сельскохозяйственной школе». Последние две печатные работы Стебута (1908 и 1910 гг.) также касались вопросов организации сельскохозяйственного образования.
Свои взгляды на организацию сельскохозяйственной школы Стебут кратко сформулировал в предисловии ко второму изданию сборника статей «Сельскохозяйственное знание и сельскохозяйственное образование» (1887 г.).
Он указывал, прежде всего, что сельскохозяйственная деятельность человека, получившего специальное сельскохозяйственное образование, есть продукт не только специальной школы, но и природных его способностей, семейного его воспитания, общеобразовательной школы и общественной среды, в которой он рос, воспитывался и действует. Поэтому как успех, так и неуспех его деятельности не могут быть всецело отнесены на счет сельскохозяйственной школы. Стебут неоднократно подчеркивал в своих выступлениях роль «сельскохозяйственного воспитания» и значение тех качеств, которые должны характеризовать сельскохозяйственного деятеля. Так, еще в своем докладе «Меры к подготовлению хороших управляющих имениями» (1879 г.), который по существу посвящен был вопросам сельскохозяйственного образования, он говорил о таких качествах, на которых зиждется авторитет сельскохозяйственного практического деятеля: наблюдательность, критическая способность, административный такт, самообладание, известные привычки жизни, личное знакомство с хозяйственными приемами.
Стебут подчеркивал, что сельскохозяйственная школа может только подготовлять своих воспитанников к практической деятельности, но не выпускать практических деятелей, хотя самая подготовка их может быть более научной или более ремесленной, смотря по задаче, которая поставлена перед школой. В своей последней статье «Какие открывать новые высшие учебные сельскохозяйственные заведения» (1910 г.) он повторял, что задача сельскохозяйственного и всякого другого учебного заведения — не приготовлять, а подготовлять деятелей для различной деятельности в жизни. В докладе «О постановке профессионального образования в связи с постановкой общего образования» (1896 г.) он сетовал, что современное образование не признает того, что школа, какая бы она ни была, только подготовляет человека к той или другой деятельности, но не может выпускать готовых деятелей, что человек, подготовленный школой, должен еще доучиваться в жизни, чтобы сделаться полноправным деятелем. Здесь же он подчеркивал, что человек, в его подготовке к жизни, должен постепенно уклоняться в сторону, наиболее соответствующую его способностям, по мере того как они выясняются ему самому и руководителям его воспитания и образования. Современная же школа, указывал он, слишком рано специализирует развитие ребенка.