Стебут выдвигал следующее положение: всякая сельскохозяйственная школа, если только она не чисто ремесленная, должна прежде всего стремиться к развитию в учащихся агрономического мышления, а затем уже к сообщению ему агрономических знаний и к научению его известным приемам. Последнее должно быть средством к достижению первого, а не целью получаемого в школе образования. Получивший в школе надлежащее агрономическое развитие весьма скоро пополнит вне школы научные сведения и приобретет знание тех приемов, которые окажутся ему необходимыми в данном случае и которых он не вынес из школы: последняя никогда не в состоянии сообщить всех сведений и научить всем приемам, какие могут понадобиться работнику сельского хозяйства в его будущей деятельности.
Поэтому Стебут считал весьма важной надлежащую постановку в школе практических занятий, которые должны служить развитию в учащихся наблюдательности и специального агрономического мышления. Этого вопроса в статьях и докладах Стебут касался неоднократно, а на Всероссийском съезде сельских хозяев (1895 г.) выступил со специальным докладом «О постановке практических занятий в сельскохозяйственных школах в связи с постановкой сельскохозяйственного образования вообще». По его мнению, учащиеся должны приложить руки ко всем работам, но не следует занимать их такими работами долгое время с целью приобретения навыков. В статьях «Главнейшие основания для организации сельскохозяйственных школ» (1867— 1870 гг.) Стебут предлагает, чтобы поступающие в учебные заведения хотя бы в течение года предварительно работали в хозяйстве, а по окончании их — практикантами в образцовых хозяйствах. Практические занятия в средних и высших учебных заведениях должны служить развитию сельскохозяйственного мышления и способствовать лучшему усвоению классного преподавания, в низшей же сельскохозяйственной школе классное преподавание должно вытекать из практических занятий по сельскому хозяйству и уяснять и дополнять их. Стебут считал желательным размещение сельскохозяйственных учебных заведений в сельской местности, при хорошо ведущихся хозяйствах. Он писал о необходимости устройства учебно-практических хозяйств по крайней мере по одному в каждом районе России, отличном по своим хозяйственным условиям, и соединении их с опытными полями и опытными скотными дворами.
Особенно необходимой считал Стебут организацию при сельскохозяйственных учебных заведениях коммерческих хозяйств, которые в интересах учебного дела могут вестись и с некоторыми отклонениями от принципа получения наивысшего дохода. По его мнению, такие хозяйства — одни из главных учебных пособий сельскохозяйственной школы. Они должны служить образцом расчетливого ведения хозяйства и способствовать развитию в учащихся прежде всего критической оценки соответствия хозяйственных приемов с данными условиями при помощи правильного счетоводства, но не заменять учебного поля и учебного скотного двора. Доходно организованное хозяйство позволяет учащимся наблюдать проявление сельскохозяйственных явлений под влиянием местных экономических и физических (почва и климат) условий. Такие хозяйства могли бы служить центрами для учебных экскурсий, «выполнять роль клиник при медицинских факультетах по отношению к сельскохозяйственной школе». Стебут подчеркивал, что профессиональная школа должна находиться в профессиональной обстановке и «стоять к житейской деятельности человека так же близко, как начальная к семье». Если сельскохозяйственные школы вообще должны быть соединены с хозяйствами, то высшие школы должны соединяться, кроме того, с опытными станциями и находиться по возможности в земледельческих местностях, вблизи университетских городов.
По мнению Стебута, сельскохозяйственная школа может быть только чисто сельскохозяйственной, как по своей задаче, так и по способу разрешения этой задачи; она должна находиться в определенном отношении к общеобразовательной школе, составляя ее продолжение для готовящейся к сельскохозяйственной деятельности молодежи. Только тогда ее цель будет выполнена до конца. Основой специального высшего образования (сельскохозяйственного, медицинского, юридического, и т. п.) Стебут считал общее университетское образование с возможным освобождением высших и средних учебных заведений от преподавания общеобразовательных предметов (или по крайней мере с разделением общего курса на два раздела — общеобразовательных и специальных предметов).