В качестве одного из основных положений организации сельскохозяйственной школы Стебут выдвигал и требование иметь в ее составе достаточное число хорошо подготовленных преподавателей и хорошего ученого агронома-педагога в качестве руководителя школы. Успех школы, по его мнению, зависит главным образом от людей, действующих в школе, а не от устава: первые могут исправить и пополнить недостатки последнего, тогда как последний не может сделать того же в отношении первых.
В статье «Планы организации высшей и средней сельскохозяйственной школы» (доклад съезду сельских хозяев в Киеве, 1872 г.) Стебут рассматривал главные основания уставов высшей, средней и низшей сельскохозяйственных школ. В своей последней статье «Какие открывать новые высшие сельскохозяйственные заведения» (1910 г.) Стебут обсуждал вопрос о преподавании сельского хозяйства в университетах и в политехнических институтах. При этом он указывал на необходимость иметь во всех университетах, независимо от наличия в них сельскохозяйственных отделений, курса энциклопедии сельского хозяйства.
Влияние Стебута на постановку сельскохозяйственного образования в нашей стране было исключительно велико и длительно. Его мысли и положения развивались в дальнейшем его учениками — А. Ф. Фортунатовым, Д. Н. Прянишниковым и др. Больше того, некоторые идеи Стебута, например, предложение о предварительной, до поступления в сельскохозяйственную школу, работе молодежи в сельскохозяйственном производстве, получили осуществление в наши дни.
Однако этим не исчерпывается роль Стебута в развитии сельскохозяйственного образования в нашей стране.
И. А. Стебут явился основоположником, первым поборником женского сельскохозяйственного образования в России и немало трудов положил на его пропаганду и организацию. В настоящее время трудно представить себе, что в прошлом веке женщины не имели доступа в сельскохозяйственные учебные заведения, если не считать нескольких практических школ сельского хозяйства и домоводства, которые существовали начиная с 80-х годов в Тверской, Киевской, Черниговской и некоторых других губерниях, и периодически действующих женских сельскохозяйственных курсов в начале 900-х годов. Положение о сельскохозяйственном образовании, в котором предусматривалось, что сельскохозяйственные учебные заведения могут быть как мужские, так и женские, было утверждено только в 1904 г. Женщины не принимались и в высшие агрономические учебные заведения. Лишь с 1905 г. Совет Московского Сельскохозяйственного института самостоятельно начал допускать женщин к слушанию лекций (по соглашению с профессорами и директором), а женщины, окончившие высшие женские курсы, стали допускаться к экзаменам на звание агронома в качестве экстернов.
Вопросу о необходимости женского сельскохозяйственного образования Стебут посвятил доклад на первом съезде русских деятелей по техническому и профессиональному образованию в России (1890). В следующем году он выпустил брошюру «Нуждается ли русская интеллигентная женщина в специальном сельскохозяйственном образовании», в которой образно описал состояние крестьянского и помещичьего хозяйства, обрисовал роль женщины в нем и рассмотрел вопрос о ремесленном, среднем и высшем образовании женщин. В том же 1891 г. он поместил в газете «Русские Ведомости» статью «Женское сельскохозяйственное образование, его значение и способы осуществления», а в 1900 г. выступил со статьей «О женском сельскохозяйственном образовании», в которой поставил вопрос об устройстве сельскохозяйственной школы для женщин по типу мужских учебных заведений.
По предложению Стебута второй съезд деятелей по техническому и профессиональному образованию (1896) высказался за необходимость учреждения Общества поощрения сельскохозяйственного образования женщин. И в 1899 г. в Петербурге начало функционировать Общество содействия женскому сельскохозяйственному образованию, почетным членом и председателем которого был избран Стебут, с исключительной настойчивостью проводивший всю подготовительную работу по организации Общества. В дальнейшем он также принимал в его работе самое деятельное участие: публиковал в общей печати свои ежегодные вступительные речи на годичных собраниях Общества и участвовал в составлении ежегодных отчетов о работе Общества за 1899—1904 гг. В значительной мере в результате энергичной деятельности Общества в 1904 г. в России имелось уже 14 женских сельскохозяйственных учебных заведений и 4 школы совместного обучения. Одновременно Общество содействовало и устройству периодических женских курсов. Первые такие курсы были организованы при Московском сельскохозяйственном институте в 1900 г. 6 их работе принял участие Стебут.