До начала хозяйствования Стебута в имении Кроткое велась исключительно сошная (крестьянским инвентарем) обработка почвы. Стебут постепенно перешел к обработке земли собственным инвентарем, применяя его для взмета и двойки паров, вспашки под зябь, в первую очередь при вспашке с навозом и под картофель и свеклу. При этом он испытал все современные орудия обработки.
Основы принятой им обработки почвы Стебут излагал так: «Стараюсь сократить число обработок; суть обработки не в числе обработок, а в своевременности и надлежащем выполнении каждой из них; стараюсь пахать поглубже на осень и избегаю сколько-нибудь глубокой летней обработки земли в пару (глубокая поздняя пропашка летом просушивает почву и не дает пользы озимому посеву); стараюсь как можно меньше перепахивать весной землю под яровые посевы с оборотом пласта, чтобы не иссушить ее; летом при обработке пара придаю особенное значение укатыванию пара после взмета с запашкой или без запашки навоза, чтобы лучше перепревали жнивье и навоз; сравнительно мелко заделываю озимые и яровые посевы; обрабатываю по возможности многокорпусными орудиями (из экономии)»{74}.
По мнению Стебута, уже одним ранним подъемом пара можно увеличить урожаи до 15 ц/га.
Вспашка производилась в Кротком на глубину 18 см, а огородный клин и поля под картофель и свеклу — на глубину 25 см.
За первые десять лет хозяйствования Стебут увеличил число голов крупного рогатого скота с 40 до 82 и подбором поднял продуктивность коров. В 1897 г. в хозяйстве имелось уже 46 лошадей, 65 коров, 4 вола, 50 голов молодняка, 70 овец, 12 свиней.
Эти мероприятия позволили увеличить число ежегодно удобряемых гектаров до 30—35 (в норме 36 т/га). С 1879 г. в Кротком ежегодно применялся дефекат (за 10 лет его было вывезено на поля около 1400 т), который оказывал заметное последействие. Применялись также голубиный помет и другие удобрения и, время от времени, зеленое удобрение (гречиха) под рожь.
Интересную картину дает сопоставление выноса азота, фосфора и калия и поступления их с удобрениями за десятилетний период (в тоннах):
| N | Р | К | |
| Вынесено с урожаями | 23,5 | 10,4 | 11,9 |
| Поступило с удобрениями | 29,9 | 26,2 | 17,0 |
| За 10 лет поля больше получили, чем отдали | +6,4 | +15,8 | +5,1 |
О достигнутых Стебутом успехах свидетельствовал рост урожайности. Ниже приводятся урожаи ржи и овса в ц/га (средние по пятилетиям за период 1876—1895 гг.). Однако на последнее пятилетие пришлись два очень неурожайных года (1891 и 1892), что и снизило его среднюю урожайность.
| Годы | Озимая рожь | Овес |
| 1876 | 8,8 | 10,9 |
| 1876—1880 | 9,9 | 10,1 |
| 1881—1885 | 12,0 | 11,3 |
| 1886—1890 | 15,9 | 18,5 |
| 1891—1895 | 13,6 | 16,4 |
| 1895 | 19,5 | 19,5 |
Принципы, которыми Стебут руководствовался при ведении хозяйства, хорошо сформулировал его практикант И. Осипович в следующих положениях:
1) всякое улучшение требует упорного труда и часто значительных затрат;
2) деятельностью хозяина должен руководить строгий расчет, основанный на всестороннем обсуждении дела и на теоретическом знакомстве с ним;
3) никакое прочное улучшение не может быть достигнуто сразу, вдруг;
4) каждый прием должен соответствовать Местным условиям;
5) хорошие результаты зависят не столько от количества затрат, сколько от умелого своевременного применения их.
Еще в 1869 г. Стебут предложил Р. И. Шредеру дать статью о полезащитном лесоразведении (Р. И. Шредер, «Живые изгороди и лесные опушки», «Русское сельское хозяйство», 1869). Уже тогда Стебут живо интересовался этим вопросом. Он даже написал введение к этой статье. В 1876 г., взявшись за хозяйство, он сразу же принялся за обсадку полей и укрепление оврагов, имея в виду различные цели: обсадку полей для защиты от ветров, задержания снега и запасення влаги в почве, обсадку прогонов для скота, как меру защиты от потрав, закрепление меж, закрепление оврагов и обсадку усадьбы. Наиболее важным делом Стебут считал облесение лощин и некоторые работы по укреплению оврагов, а затем обсадку прогонов. Общий план посадок включал около 55 га — до 10% всей площади хозяйства.
К 1894 г. в Кротком имелось уже около 14 км живых изгородей и лесных опушек, были укреплены водостоки двух лощин. На пяти участках находилось около 24 га посадок, успешность которых доходила до 90 и даже в некоторых случаях до 100%. Позднее Стебут подробно описал технику лесомелиоративных работ в своем хозяйстве и влияние их на урожайность, стоимость и выгодность посадок, способы обсадки дорог по валам, устройство плотинок и плетней по водотокам для предупреждения образования промоин и закрепления образовавшихся уже промоин и посадку между плетнями серебристого тополя и бузины.
Для создания живых изгородей Стебут рекомендовал иву и желтую акацию и указывал на выгодность ветловых живых изгородей. Опытные посадки вяза и груши, а также татарского клена, боярышника, жимолости, крушины показали преимущество первых двух пород, за которыми следовал татарский клен.
Для сплошных насаждений при обсадке лощин и оврагов из таких пород, как береза, лиственница, дуб, ель, сосна, вяз, ясень, липа, клен Стебут считал особенно надежными первые четыре. После попыток смешанных посадок (рядами) Стебут с 1893 г. окончательно перешел к смешанным посадкам из дуба, вяза, ели, сосны, лиственницы и березы.
За работы по лесонасаждениям И. А. Стебут был премирован министерством земледелия большой золотой медалью и избран почетным членом Петербургского лесного института.
По воспоминаниям Д. Н. Прянишникова, хозяйство Стебута в Кротком, очень скромнее по постройкам, носило печать чрезвычайной продуктивности. Поля были в очень хорошем состоянии, но особенное впечатление производили закрепленные овраги, от которых была отведена вода и в которых «замки» из посадок ивы чередовались с участками, засеянными тимофеевкой.
В. С. Коссович в своих воспоминаниях подчеркивал, что практическое знакомство Стебута с хозяйством сказалось на его лекциях и они получили еще более углубленный характер и живость.
Говоря о хозяйственной практике Стебута, надо упомянуть и о его отношении к людям, работавшим в хозяйстве,— к рабочим и практикантам. От них Стебут всегда требовал трудолюбия, честного отношения к делу, бережного отношения к машинам и считал самым большим недостатком — отсутствие правдивости. Он следил, чтобы младшие не теряли своего достоинства в отношениях со старшими, следуя принципу, что каждый служит делу, а не лицам. От практикантов Стебут требовал наблюдательности, критического отношения к наблюдаемому, личной инициативы. На ежедневных нарядах, проводившихся с участием всех рабочих, каждый мог свободно выражать свое мнение, но после того как принималось решение, все должны были неуклонно ему следовать. Большая часть работ в хозяйстве проводилась сдельно. Во многих отраслях рабочие получали известный процент с добавочной продукции.