Свои взгляды на организацию сельскохозяйственной школы Стебут кратко сформулировал в предисловии ко второму изданию сборника статей «Сельскохозяйственное знание и сельскохозяйственное образование» (1887 г.).
Он указывал, прежде всего, что сельскохозяйственная деятельность человека, получившего специальное сельскохозяйственное образование, есть продукт не только специальной школы, но и природных его способностей, семейного его воспитания, общеобразовательной школы и общественной среды, в которой он рос, воспитывался и действует. Поэтому как успех, так и неуспех его деятельности не могут быть всецело отнесены на счет сельскохозяйственной школы. Стебут неоднократно подчеркивал в своих выступлениях роль «сельскохозяйственного воспитания» и значение тех качеств, которые должны характеризовать сельскохозяйственного деятеля. Так, еще в своем докладе «Меры к подготовлению хороших управляющих имениями» (1879 г.), который по существу посвящен был вопросам сельскохозяйственного образования, он говорил о таких качествах, на которых зиждется авторитет сельскохозяйственного практического деятеля: наблюдательность, критическая способность, административный такт, самообладание, известные привычки жизни, личное знакомство с хозяйственными приемами.
Стебут подчеркивал, что сельскохозяйственная школа может только подготовлять своих воспитанников к практической деятельности, но не выпускать практических деятелей, хотя самая подготовка их может быть более научной или более ремесленной, смотря по задаче, которая поставлена перед школой. В своей последней статье «Какие открывать новые высшие учебные сельскохозяйственные заведения» (1910 г.) он повторял, что задача сельскохозяйственного и всякого другого учебного заведения — не приготовлять, а подготовлять деятелей для различной деятельности в жизни. В докладе «О постановке профессионального образования в связи с постановкой общего образования» (1896 г.) он сетовал, что современное образование не признает того, что школа, какая бы она ни была, только подготовляет человека к той или другой деятельности, но не может выпускать готовых деятелей, что человек, подготовленный школой, должен еще доучиваться в жизни, чтобы сделаться полноправным деятелем. Здесь же он подчеркивал, что человек, в его подготовке к жизни, должен постепенно уклоняться в сторону, наиболее соответствующую его способностям, по мере того как они выясняются ему самому и руководителям его воспитания и образования. Современная же школа, указывал он, слишком рано специализирует развитие ребенка.
Стебут выдвигал следующее положение: всякая сельскохозяйственная школа, если только она не чисто ремесленная, должна прежде всего стремиться к развитию в учащихся агрономического мышления, а затем уже к сообщению ему агрономических знаний и к научению его известным приемам. Последнее должно быть средством к достижению первого, а не целью получаемого в школе образования. Получивший в школе надлежащее агрономическое развитие весьма скоро пополнит вне школы научные сведения и приобретет знание тех приемов, которые окажутся ему необходимыми в данном случае и которых он не вынес из школы: последняя никогда не в состоянии сообщить всех сведений и научить всем приемам, какие могут понадобиться работнику сельского хозяйства в его будущей деятельности.
Поэтому Стебут считал весьма важной надлежащую постановку в школе практических занятий, которые должны служить развитию в учащихся наблюдательности и специального агрономического мышления. Этого вопроса в статьях и докладах Стебут касался неоднократно, а на Всероссийском съезде сельских хозяев (1895 г.) выступил со специальным докладом «О постановке практических занятий в сельскохозяйственных школах в связи с постановкой сельскохозяйственного образования вообще». По его мнению, учащиеся должны приложить руки ко всем работам, но не следует занимать их такими работами долгое время с целью приобретения навыков. В статьях «Главнейшие основания для организации сельскохозяйственных школ» (1867— 1870 гг.) Стебут предлагает, чтобы поступающие в учебные заведения хотя бы в течение года предварительно работали в хозяйстве, а по окончании их — практикантами в образцовых хозяйствах. Практические занятия в средних и высших учебных заведениях должны служить развитию сельскохозяйственного мышления и способствовать лучшему усвоению классного преподавания, в низшей же сельскохозяйственной школе классное преподавание должно вытекать из практических занятий по сельскому хозяйству и уяснять и дополнять их. Стебут считал желательным размещение сельскохозяйственных учебных заведений в сельской местности, при хорошо ведущихся хозяйствах. Он писал о необходимости устройства учебно-практических хозяйств по крайней мере по одному в каждом районе России, отличном по своим хозяйственным условиям, и соединении их с опытными полями и опытными скотными дворами.
Особенно необходимой считал Стебут организацию при сельскохозяйственных учебных заведениях коммерческих хозяйств, которые в интересах учебного дела могут вестись и с некоторыми отклонениями от принципа получения наивысшего дохода. По его мнению, такие хозяйства — одни из главных учебных пособий сельскохозяйственной школы. Они должны служить образцом расчетливого ведения хозяйства и способствовать развитию в учащихся прежде всего критической оценки соответствия хозяйственных приемов с данными условиями при помощи правильного счетоводства, но не заменять учебного поля и учебного скотного двора. Доходно организованное хозяйство позволяет учащимся наблюдать проявление сельскохозяйственных явлений под влиянием местных экономических и физических (почва и климат) условий. Такие хозяйства могли бы служить центрами для учебных экскурсий, «выполнять роль клиник при медицинских факультетах по отношению к сельскохозяйственной школе». Стебут подчеркивал, что профессиональная школа должна находиться в профессиональной обстановке и «стоять к житейской деятельности человека так же близко, как начальная к семье». Если сельскохозяйственные школы вообще должны быть соединены с хозяйствами, то высшие школы должны соединяться, кроме того, с опытными станциями и находиться по возможности в земледельческих местностях, вблизи университетских городов.
По мнению Стебута, сельскохозяйственная школа может быть только чисто сельскохозяйственной, как по своей задаче, так и по способу разрешения этой задачи; она должна находиться в определенном отношении к общеобразовательной школе, составляя ее продолжение для готовящейся к сельскохозяйственной деятельности молодежи. Только тогда ее цель будет выполнена до конца. Основой специального высшего образования (сельскохозяйственного, медицинского, юридического, и т. п.) Стебут считал общее университетское образование с возможным освобождением высших и средних учебных заведений от преподавания общеобразовательных предметов (или по крайней мере с разделением общего курса на два раздела — общеобразовательных и специальных предметов).
В качестве одного из основных положений организации сельскохозяйственной школы Стебут выдвигал и требование иметь в ее составе достаточное число хорошо подготовленных преподавателей и хорошего ученого агронома-педагога в качестве руководителя школы. Успех школы, по его мнению, зависит главным образом от людей, действующих в школе, а не от устава: первые могут исправить и пополнить недостатки последнего, тогда как последний не может сделать того же в отношении первых.
В статье «Планы организации высшей и средней сельскохозяйственной школы» (доклад съезду сельских хозяев в Киеве, 1872 г.) Стебут рассматривал главные основания уставов высшей, средней и низшей сельскохозяйственных школ. В своей последней статье «Какие открывать новые высшие сельскохозяйственные заведения» (1910 г.) Стебут обсуждал вопрос о преподавании сельского хозяйства в университетах и в политехнических институтах. При этом он указывал на необходимость иметь во всех университетах, независимо от наличия в них сельскохозяйственных отделений, курса энциклопедии сельского хозяйства.