В 1862 г. Стебута командировали на Всемирную выставку в Лондоне. Здесь он провел шесть месяцев. Все это время Стебут неустанно заботился о пополнении коллекций сельскохозяйственного музея в Петербурге и кабинете земледелия в Горках.
Я. А. Ильенков
В феврале 1863 г. Стебут поехал в Петербург для сдачи магистерского экзамена. «Никогда не забуду,— вспоминал он,— этого пребывания в Петербурге, полного самых лучших впечатлений. Я был радушно принят в товарищеском кружке профессоров физико-математического факультета Петербургского университета, благодаря К. Ф. Кесслеру, с которым я познакомился в Киеве в 1861 г. во время съезда естествоиспытателей, и П. А. Ильенкову {14}, с которым я познакомился во время его посещения Горыгорецкого института. Я посещал собрания этого товарищеского кружка у кого-либо из его членов, читавших рефераты по интересным для них вопросам. К этому времени относится и моя рецензия сочинениям М. А. Пузанова “О земледелии и скотоводстве в России”, которую я писал по поручению ученого комитета и за которую он избрал меня своим членом-корреспондентом. В этот же приезд в Петербург я участвовал в обсуждении в Ученом комитете экзаменационных правил, составленных советом Института (с моим участием) [...]
Наконец, в этот приезд я возобновил знакомство с Н. И. Железновым{15}, директором уже устраивавшейся Петровской академии. Он сказал мне, что, надеется, я не откажусь приехать в Петровское-Разумовское дать нужные указания об устройстве опытного поля Академии. Надобно сказать, что еще министр Муравьев, по мысли которого основалась Петровская академия, имел меня в виду для кафедры земледелия в ней. И мне давали понимать в министерстве, что рано или поздно я непременно буду в Петровской академии. Но Н. И. Железнов, которому было поручено приглашение профессоров в Академию, не желал меня и преимущественно как воспитанника Горыгорецкого института, против которого он был предубежден. Судьба насмеялась над ним — ему пришлось открыть Академию с 4 воспитанниками Горыгорецкого института: я, И. Н. Чернопятов, А. С. Есаков и Н. И. Барановский [...]
Я уже кончил свой экзамен на магистранта и собирался возвратиться в Горки — это было в апреле 1863 г.,— как вдруг в Министерстве было получено известие, что Горки горят, зажженные польскими мятежниками, к которым примкнули и студенты Института и ученики училища — поляки. Я поспешно выехал из Петербурга в большой тревоге за оставленных в Горках отца и сестер. Но семью и всех институтских я нашел невредимыми, пострадал лишь город {16} [...]
Но злой рок готовил мне новое испытание. Во всем западном крае были открыты следственные комиссии по расследованию мятежа. В эти комиссии местные губернаторы получили право приглашать по их усмотрению членов. Таким образом, в Горецкую следственную комиссию попал и я». Стебут просил освободить его от участия в работе комиссии, но губернатор не согласился, мотивируя тем, что следствие должно распространиться на многих работников Института, которых он может лучше знать, чем кто-либо другой.
«Комиссия на целых два месяца поглотила мои силы, которые требовали отдыха, и в особенности досталось нравственным силам,— вспоминал Стебут.— Я должен был с председателем комиссии отправиться в Бобруйск, где содержались арестованные участники мятежа в Горках, и в Могилевскую губернию.
Н. Я. Железнов
В течение двух суток я отобрал показания примерно у 150 человек. Кроме физического труда, понятно, это мне стоило больших нравственных мучений, особенно когда чиновник из Петербурга Половцев, желая покончить с делом поскорее, вздумал составить обвинительный акт против моих бывших сослуживцев, не имея на то никаких данных. Я отказался подписать это обвинительное заключение и остался при особом мнении, другие же члены комиссии все подписали. Я сказал, что лучше не заканчивать следствие никакими обвинительными выводами, для которых нет оснований, тем более, что закон запрещает следственным комиссиям делать какие бы то ни было выводы, это дело суда, а не следствия». В конце концов комиссия была закрыта и вновь открыта уже без участия Стебута. «Таким образом, я вышел из угнетавшего меня нравственно и физически состояния»,— писал Стебут. Военный суд не нашел ничего предосудительного в действиях лиц, которых во что бы то ни стало хотели обвинить. Они были сосланы административным порядком. К этим людям принадлежали и будущие работники Петровской академии — Жебенко, Гинцель и Венцковский. Их участь постоянно тревожила Стебута. Вскоре после открытия Петровской академии по его инициативе профессорский коллектив просил амнистировать осужденных товарищей и восстановить их на службе в Академии. Эта просьба была удовлетворена. С начала и до конца этих событий Стебут вел себя достойно и честно, как это ему было свойственно всю жизнь.
«Лишь по окончании занятий в следственной комиссии,— писал он,— мог я подумать о магистерской диссертации. Я избрал ее темой „Известкование почвы” — вопрос, меня интересовавший, потому что известкование почвы, столь употребительное во многих местах, в других местах, например у нас, вовсе почти не применяется. Действие извести на почву оставляет много открытых вопросов, и целью моей диссертации было выяснить эти открытые вопросы и показать, насколько можно рассчитывать на успешное действие известкования у нас».
В 1863 г. все было готово для устройства кабинета земледелия. Но ему не суждено было долго оставаться на месте: в 1864 г. Горыгорецкий земледельческий институт перевели в Петербург в здание бывшего Лесного института. «Предлогом этого перевода,— вспоминал Стебут,— явилось польское восстание, но, собственно говоря, эта мысль давно уже существовала у некоторых главных деятелей министерства. В начале 1864 г. оставил Институт его директор Р. Э. Траутфеттер {17}, бывший ректор Киевского университета, честнейший и благороднейший человек, редкий директор учебного заведения в отношении профессорской корпорации, которую он действительно уважал и высоко ценил, несмотря на то, что профессора по уставу пользовались весьма малой самостоятельностью. Он настолько уважал решения совета, что, защищая горячо свои мнения в совете, никогда не позволял себе представлять решения совета на рассмотрение министерства с присовокуплением своего мнения, не обсуждавшегося в совете. Он был назначен управляющим Ботаническим садом в Петербурге. Он играл немаловажную роль в той нравственной школе, в которой воспитала меня жизнь».
Осенью 1864 г. Горки оставили преподаватели: И. А. Стебут, Б. А. Целлинский, зоотехник А. М. Бажанов, химик К.Д. Шмидт, зоолог Э. Э. Баллион и статистик Ю. Э. Янсон, переведенные в Петербург. Директором нового института назначили Э. А. Петерсона, которого Стебут характеризует как болтуна, совершенно неспособного ни к какому делу, воображавшего себя большим администратором и педагогом. О его педагогических воззрениях можно судить по следующему эпизоду, о котором сообщает в своих воспоминаниях Стебут. В Ученом совете института зашла речь об обязательности посещения студентами лекций. Один из членов совета заметил, что худого профессора слушать лишь потеря времени. Однако Петерсон утверждал, что слушание лекций такого профессора приучает к самообладанию, воспитывает характер.
Р. Э. Траутфеттер
«В Петербурге,— писал Стебут,— принялись снова устраивать кабинет и снова обсуждать новые правила. Кроме чтения лекций я занимался магистерской диссертацией. Здоровье мое здесь уже крайне расстроилось, усилились головные боли, так что я почти не читал лекций иначе как в теплой шапке. Здесь явились у меня два новых коллеги: А. Н. Энгельгардт {18} и Е. Н. Андреев {19}. Оба не глупые люди, но первый — личность симпатичная, а второй — несимпатичный, зараженный крайним самомнением и раздражительный. Хотел было устроить здесь кружок интересующихся научным сельским хозяйством, в котором читались бы и обсуждались рефераты по новым интересным вопросам. Собрал с этой целью у себя и прочитал реферат о различном состоянии питательных веществ почвы, но на этом дело и закончилось».