Рассматривая принцип актуализма в применении к тафономии, И. А. Ефремов считал, что актуопалеонтология при очень широком охвате вопросов биологии современных организмов не дает сравнительного анализа процессов захоронения в прошлом и настоящем. Поэтому тафономия имеет существенное преимущество в отношении прошлых захоронений, о которых уже накоплен и систематизирован значительный материал. Вместе с тем актуалистический метод безусловно важен в изучении геологических явлений прошлого, так как процессы формирования геологической летописи и процессы деструкции подчиняются во времени общим закономерностям. Для выявления вопросов образования местонахождений, динамики, гибели организмов, условий обитания и т. д. актуалистический сравнительный метод изучения является основным. Поэтому для тафономии также важно изучение современных ландшафтов как физико-географических обстановок осадконакопления обитания наземных форм.
Помимо рассмотренных выше общих положений основной раздел «Тафономии» включает обзор главнейших местонахождений наземных позвоночных и типов нахождения флор в геологической летописи. В нижнем палеозое местонахождения рыб и флоры, тяготеющие к пресноводным материковым обстановкам, встречаются только среди морских отложений. В верхнем палеозое местонахождения наземных позвоночных залегают в прибрежно-морских, прибрежных, лагунно-континентальных фациях и предгорных прогибах, представлявших низовья дельт или затопляемые равнины. Вместе с тем появляются новые типы местонахождений в осадках внутриматериковых впадин. Образование местонахождений здесь протекало в крупных низменных и болотистых равнинах и сопровождалось длительным осадконакоплением. Местонахождения верхнего палеозоя всегда связаны со скоплениями или комплексами остатков животных, образовались в сходных фациальных условиях и приурочены к мощным сериям осадков, отмечающих единые крупные циклы осадконакопления. Расположенные обычно по краю платформы, эти циклы, или эврилитемы, содержат огромное количество местонахождений и остатков наземных позвоночных.
Основные местонахождения мезозоя также залегают в осадках дельт и внутриматериковых впадин, но отличаются большим разнообразием типов.
Кайнозой отмечает появление массы новых типов местонахождений за счет увеличения разнообразия континентальных фаций. Соответственно этому меньшее количество местонахождений приурочено к крупным зонам осадконакопления в краевых областях материков.
Количество известных местонахождений наземной фауны и флоры в глубь времени уменьшается, достигая минимума (для четвероногих) в девоне и ордовике (для рыб).
Местонахождения фауны и флоры палеозоя характеризуются однообразием форм и вмещающих отложений, несмотря на различия географического положения. Захоронения в палеозойских местонахождениях отличаются однообразием адаптаций, преимущественно водных. В местонахождениях мезозоя водные адаптации менее обильны; в кайнозое преобладают сухопутные формы и очень редки водные, что связано с выпадением большинства фаций водных, прибрежных и дельтовых обстановок осадконакопления.
Местонахождения кайнозоя рассмотрены в обзоре менее детально, и не затронута "морская тафономия"; то и другое И. А. Ефремов предполагал осветить во второй книге "Тафономии".
Местонахождения любого геологического возраста содержат редкие, «экзотические» формы, резко отличающиеся от преобладающих животных данного захоронения. В местонахождениях палеозоя они обычно являются сухопутными, реликтами древних групп или, наоборот, несут черты более высокой, прогрессивной организации по сравнению с животными основного комплекса фауны. И. А. Ефремов отмечает увеличение числа этих форм в палеозое по мере приближения местонахождений к области сноса осадков или местам обитания типично наземной фауны. Таким образом, редкие в местонахождениях остатки одновременно характеризуют вмещающие отложения и полнее раскрывают состав фауны и флоры за пределами района осадконакопления.
Как известно, объективным критерием прогресса считают освоение новых сред обитания. В этом плане выход позвоночных на сушу и освоение суши в конце палеозоя было прогрессом, который привел к возникновению многих адаптаций, позднее повторяемых во времени. Раскрыть специфику этих адаптаций, как бы не укладывающихся в общую картину захоронения, помогает тафономия.
На формирование тафономии наряду с В. О. Ковалевским и П. П. Сушкиным оказали влияние В. Квален и В. П. Амалицкий. Наблюдения В. Квалена над захоронением и распределением органических остатков в медистых песчаниках подтвердились лишь 50 лет спустя работами Неймайра и других исследователей. Поэтому для истории науки В. Квален, как считал Ефремов, остается одним из основателей учения о захоронении ископаемых остатков для континентальных отложений.
В. П. Амалицкий провел сравнительное изучение позднепермских моллюсков-двустворок Европейской части России и Южной Африки. Ему было известно, что в южноафриканских местонахождениях раковины двустворчатых моллюсков встречались вместе с многочисленными остатками позвоночных. На основании сходства двустворок Амалицкий заключил, что в красноцветных отложениях Европейской части России должны быть найдены пресмыкающиеся, близкие к южноафриканским. Крупнейшие раскопки, впервые проведенные в России, блестяще подтвердили его научное предвидение: открытая Амалицким богатейшая фауна наземных позвоночных получила мировую известность и составила знаменитую Северодвинскую галерею, которая послужила ядром будущего музея Палеонтологического института.
В числе предшественников тафономии Ефремов первым называет Ч. Дарвина. По словам А. А. Борисяка, часто забывают, что Дарвин был прежде всего геологом. В "Происхождении видов" он указывал: "Но если верно это учение о бесчисленных звеньях, связующих современных и вымерших обитателей земли, а в пределах каждого последующего периода — менее древние вымершие формы с формами более древними, то почему же каждая геологическая формация не переполнена этими звеньями?… Я могу ответить на эти вопросы и возражения только предположением, что геологическая летопись менее полна, чем предполагает большинство геологов. Число экземпляров в наших музеях абсолютно ничтожно по сравнению с несметными поколениями несметных видов, несомненно существовавших" [сноска]. Дарвин, как отмечал Ефремов, видел различие процессов захоронения в континентальных и морских осадках и полагал, что открывать переходные формы было бы труднее на поднимающихся участках суши.
Геологическая летопись и ее неполнота расценивались Ефремовым как один из узловых вопросов эволюционной теории — вопросов, требующих дополнительных доказательств. В работе 1935 г., вероятно под влиянием Дарвина, он обращается к неполноте геологической летописи и выпадению переходных форм. Подчеркивая роль палеонтологических документов в общем потоке развития наземных позвоночных, И. А. Ефремов показывает эти явления как вполне определенную закономерность, проистекающую из всего хода развития земли и органического мира. В работе 1936 г. эти закономерности виделись ему уже в рамках учения о захоронении.
Оформление тафономии для И. А. Ефремова закончилось во второй половине 30-х годов. Но внедрение идеи тафономии в сознание исследователей, а затем в палеонтологическую практику потребовало времени.