Монастырь Святого Онуфрия стал униатским. Новые хозяева без особого почтения отнеслись к православным захоронениям на монастырском кладбище. Плиту с могилы Ивана Федорова сняли и использовали для замощения пола в церкви. Когда именно это произошло — неизвестно.
В 1771 году игумен Бонифатий Кровницкий в написанной им истории Онуфриевского монастыря упоминает, что при церкви был погребен «какой-то друкарь, называемый Московитским, о чем свидетельствует его каменное надгробие, использованное затем для настилки пола под алтарем Матери Божией». Игумен отмечает, что необходимо сохранить это надгробие «для доказательства существования основанной здесь друкарни». Однако никаких мер по сохранению плиты предпринято не было.
Интерес к надгробной плите Ивана Федорова культурная общественность начала проявлять лишь в XIX веке.
В 1813 году историк Константин Федорович Калайдович опубликовал первое специальное исследование об Иване Федорове — «Иоанн Федоров — первый московский типографщик». Калайдович еще не располагал большинством из тех сведений, которые стали известными сейчас, не знал ни точной даты, ни места кончины первопечатника. В 1819 году историк и археолог 3. Я. Доленга-Ходаковский в разговоре с Калайдовичем обмолвился, что слышал о существовании надгробной плиты Ивана Федорова в Онуфриевском монастыре во Львове. Калайдович заинтересовался и когда, два года спустя, его знакомый историк, этнограф и библиограф Петр Иванович Кеппен собирался во Львов, попросил его по возможности разузнать о плите. Кеппен отправился в Онуфриевский монастырь. Прокуратор монастыря, бывший в то же время ректором Львовского университета, Модест Гриневецкий показал ему вмонтированную в пол плиту, сказав: «Вот надгробок Друкаря московитского!» Кеппен сделал с нее зарисовку и по почте отправил Калайдовичу в Москву. Рисунок был опубликован в «Вестнике Европы» и стал сенсацией — одна из загадок биографии первопечатника была решена, стало известно время и место его кончины.
В 1835 году Онуфриевский монастырь посетили несколько московских ученых, среди которых был известный историк Михаил Петрович Погодин. Надгробная плита Ивана Федорова по-прежнему составляла часть пола. Погодин попросил нового прокуратора монастыря Варлаама Компаневича поднять плиту и вмуровать в стену. В подкрепление просьбы Погодин прислал из Москвы в монастырь подарок, сопроводив его письмом: «Честь имею представить в библиотеку Вашего монастыря, где покоится прах первого русского типографа, небольшое собрание исторических и педагогических книг… Прошу Вас покорнейше уведомить меня, исполнена ли моя просьба о переставлении камня над могилою типографщика Федорова из пола в стену!»
Но просьба выполнена не была, плита по-прежнему оставалась на полу.
В 1860 году ее видел профессор Львовского университета Яков Федорович Головацкий. В Львовском альманахе «Зоря Галицкая» он писал: «Я осматривал уже забытый тот памятник. Он лежит по правой стороне от входа в церковь Святого Онуфрия под лавками, на нем стоящими, вставленный в каменный пол». Значительная часть надписи «совсем истерта, что невозможно прочитать ничего». Головацкий привел обрывки слов, которые еще были видны, «… прочее вытерто или вытоптано ногами… Понеже камень разломанный на середине, то некоторые буквы надписи выкрошились».
В 1873 году во Львове побывал председатель Московского археологического общества граф Алексей Сергеевич Уваров. Сопровождавший его монах М. Мациевский рассказывал, что тот «вельми урадовался, ще еще подпись на камне не была совершенно стерта». Уваров заказал гипсовый слепок с плиты. Этот слепок был передан в библиотеку Синодальной типографии в Москве, помещавшуюся в здании Московского печатного двора на Никольской улице. Слепок был прикреплен к торцу одного из книжных шкафов.
В августе 1883 года плиту видел западноукраинский историк Антоний Стефанович Петрушевич. «Надгробный камень почти один сажень долготою находится ныне в церкви Святого Онуфрия в притворе близ главных дверей, с правой стороны под стеною, закрыт теперь скамейками». В тот год отмечалось трехсотлетие со дня смерти первопечатника. Украинские литераторы в преддверии юбилея отправились в монастырь почтить память Ивана Федорова. Но плиты на месте не оказалось — она бесследно исчезла.
Исчезновение надгробия московского первопечатника было воспринято культурной общественностью как политическая акция. Дело в том, что в то время территория Западной Украины вместе со Львовом входила в состав Австро-Венгрии и официальная власть отрицательно относилась к русско-украинским связям.